136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0150 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 
71 aa  146  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  92.96 
 
 
71 aa  136  8e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  84.51 
 
 
71 aa  127  5e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  80 
 
 
71 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0993  phage transcriptional regulator, AlpA  79.41 
 
 
68 aa  117  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  4.94305e-06 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0102  phage transcriptional regulator, AlpA  71.83 
 
 
71 aa  111  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.11769 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2652  phage transcriptional regulator, AlpA  70.59 
 
 
71 aa  108  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0273  phage transcriptional regulator, AlpA  70.59 
 
 
71 aa  108  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334205  normal  0.0643219 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  74.24 
 
 
66 aa  106  9e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  77.78 
 
 
72 aa  106  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3216  phage transcriptional regulator, AlpA  76.56 
 
 
68 aa  104  4e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1542  phage transcriptional regulator, AlpA  72.31 
 
 
76 aa  102  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0336  phage transcriptional regulator, AlpA  69.35 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1143  phage transcriptional regulator, AlpA  67.74 
 
 
68 aa  95.1  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21173  hitchhiker  1.68687e-05 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  58.49 
 
 
80 aa  70.1  1e-11  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
61 aa  68.9  2e-11  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  48.08 
 
 
70 aa  61.2  5e-09  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  44.83 
 
 
80 aa  60.1  1e-08  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  43.64 
 
 
71 aa  58.2  4e-08  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
65 aa  57.8  5e-08  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  43.1 
 
 
88 aa  57  8e-08  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  42.37 
 
 
75 aa  57  8e-08  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  44.64 
 
 
66 aa  57  9e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  49.06 
 
 
69 aa  56.2  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 
71 aa  56.6  1e-07  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  42.62 
 
 
95 aa  56.6  1e-07  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  43.86 
 
 
76 aa  56.2  1e-07  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  42.31 
 
 
68 aa  56.2  2e-07  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  42.37 
 
 
103 aa  55.5  2e-07  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1511  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
81 aa  55.8  2e-07  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  44.64 
 
 
77 aa  56.2  2e-07  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0440  Phage transcriptional regulator, AlpA  44.83 
 
 
80 aa  55.5  2e-07  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  42.11 
 
 
67 aa  55.5  3e-07  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 
73 aa  54.7  4e-07  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  40.98 
 
 
73 aa  54.7  4e-07  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  40.32 
 
 
86 aa  54.7  5e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  49.02 
 
 
80 aa  54.7  5e-07  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
64 aa  54.7  5e-07  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  41.1 
 
 
78 aa  54.3  6e-07  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  43.64 
 
 
66 aa  53.9  7e-07  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  36.07 
 
 
74 aa  53.9  7e-07  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  44.83 
 
 
88 aa  53.5  8e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  1.57452e-06 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  45.61 
 
 
62 aa  53.9  8e-07  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  46 
 
 
66 aa  53.5  9e-07  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  5.63179e-06 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 
60 aa  53.5  9e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  41.38 
 
 
86 aa  53.1  1e-06  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 
72 aa  53.5  1e-06  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 
64 aa  53.1  1e-06  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  43.4 
 
 
56 aa  52.4  2e-06  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4520  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 
88 aa  52  2e-06  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 
72 aa  52.4  2e-06  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2749  phage transcriptional regulator, AlpA  39.29 
 
 
67 aa  52.4  2e-06  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496617  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 
72 aa  52.4  2e-06  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  44.64 
 
 
79 aa  52.8  2e-06  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 
70 aa  52.8  2e-06  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 
68 aa  52.8  2e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  39.66 
 
 
86 aa  52  3e-06  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  48 
 
 
64 aa  52  3e-06  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  42.31 
 
 
81 aa  52  3e-06  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 
61 aa  52  3e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 
65 aa  52  3e-06  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  5.80996e-06 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0567  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 
75 aa  51.6  4e-06  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  39.06 
 
 
88 aa  51.2  4e-06  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  39.06 
 
 
88 aa  51.2  4e-06  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2390  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  32.79 
 
 
78 aa  51.2  4e-06  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179728  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  39.06 
 
 
88 aa  51.2  5e-06  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1562  phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 
79 aa  51.2  5e-06  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.544133  normal  0.10217 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  45.28 
 
 
75 aa  50.8  6e-06  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2255  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 
88 aa  50.8  6e-06  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379253  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 
70 aa  50.8  7e-06  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 
72 aa  50.4  8e-06  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  39.66 
 
 
86 aa  50.4  8e-06  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  41.38 
 
 
88 aa  50.1  9e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1231  Phage transcriptional regulator, AlpA  40.38 
 
 
70 aa  50.1  1e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0412  Phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 
75 aa  50.1  1e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338686  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 
69 aa  48.9  2e-05  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1696  phage transcriptional regulator, AlpA  32.35 
 
 
68 aa  49.3  2e-05  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.470891  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  41.07 
 
 
70 aa  49.3  2e-05  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2339  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 
73 aa  49.3  2e-05  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  39.66 
 
 
67 aa  49.3  2e-05  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0932  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 
76 aa  48.5  3e-05  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.412381  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1454  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 
70 aa  48.5  3e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 
67 aa  48.1  4e-05  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 
67 aa  48.1  4e-05  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2289  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 
70 aa  48.1  4e-05  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00398001  hitchhiker  8.34169e-05 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1320  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 
70 aa  48.1  4e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.362532  normal  0.0773061 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1765  phage transcriptional regulator, AlpA  41.82 
 
 
70 aa  48.1  4e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.993884  normal  0.447996 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3376  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 
70 aa  48.1  4e-05  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.658853  normal  0.605571 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0882  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 
75 aa  47.8  5e-05  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  38.89 
 
 
67 aa  47.4  8e-05  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4141  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 
70 aa  47  9e-05  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0715374  hitchhiker  7.72725e-05 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3698  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  44.23 
 
 
70 aa  46.2  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0152  phage transcriptional regulator, AlpA  36.76 
 
 
380 aa  45.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.221406  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2677  transcriptional regulator  43.64 
 
 
70 aa  46.2  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  32.26 
 
 
72 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2006  prophage regulatory protein AlpA family protein  33.96 
 
 
72 aa  45.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0927823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  44 
 
 
74 aa  45.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1051  phage transcriptional regulator, AlpA  35.48 
 
 
70 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.698345  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4519  phage transcriptional regulator, AlpA  32.73 
 
 
90 aa  46.2  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2033  phage transcriptional regulator, AlpA  41.67 
 
 
68 aa  46.2  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.917064  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>