More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0092 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_5279  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  84.65 
 
 
468 aa  806    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.332035  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0416  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  71.95 
 
 
468 aa  672    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3593  cytochrome ubiquinol oxidase subunit 1 transmembrane protein  72.51 
 
 
472 aa  662    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3858  hypothetical protein  69.98 
 
 
465 aa  635    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.84507  normal  0.940576 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0171  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  73.65 
 
 
471 aa  684    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.805856 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0708  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I (cydA, QxtA)  78.26 
 
 
470 aa  728    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4323  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.25 
 
 
478 aa  663    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3333  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  73.09 
 
 
478 aa  680    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4670  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  84.65 
 
 
468 aa  803    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.402337  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1787  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  72.77 
 
 
481 aa  657    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.268506 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0092  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  100 
 
 
469 aa  940    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4378  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  84.01 
 
 
468 aa  778    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4927  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.49 
 
 
472 aa  678    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000735116 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4010  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  70.43 
 
 
467 aa  662    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2425  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  68.31 
 
 
480 aa  630  1e-179  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3212  quinol oxidase subunit I QxtA  70.13 
 
 
465 aa  622  1e-177  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.94532  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1025  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  69.74 
 
 
473 aa  622  1e-177  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3952  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  69.91 
 
 
465 aa  621  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0206665  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000807  putative Cytochrome bd2 subunit I  66.52 
 
 
462 aa  607  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3834  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  64.22 
 
 
474 aa  593  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4143  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  64.01 
 
 
474 aa  591  1e-167  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5132  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  64.57 
 
 
474 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.616127 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0560  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  63.11 
 
 
476 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4072  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  60.69 
 
 
473 aa  572  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.508302  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1615  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  60.98 
 
 
484 aa  565  1e-160  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3118  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  58.91 
 
 
480 aa  525  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0193  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  63.77 
 
 
480 aa  527  1e-148  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4651  ubiquinol oxidase subunit I, cyanide insensitive  59.45 
 
 
478 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3307  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  57.43 
 
 
535 aa  523  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4645  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.45 
 
 
478 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4513  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.45 
 
 
478 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.307129  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0943  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.46 
 
 
476 aa  523  1e-147  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1087  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.46 
 
 
476 aa  523  1e-147  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3130  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  58.41 
 
 
467 aa  521  1e-146  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0400  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  57.4 
 
 
467 aa  514  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.603816  hitchhiker  5.12206e-16 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0412  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  57.4 
 
 
467 aa  515  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.534696  hitchhiker  0.0000241042 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1177  cyanide insensitive terminal oxidase  57.14 
 
 
482 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0454  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  57.4 
 
 
467 aa  514  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.84306  hitchhiker  0.00000000000000419123 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0391  cytochrome bd-II oxidase subunit 1  57.4 
 
 
467 aa  514  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  3.45959e-19 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13030  CioA, cyanide insensitive terminal oxidase  56.93 
 
 
488 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1515  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.27 
 
 
507 aa  514  1e-144  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0787  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  57.82 
 
 
478 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1694  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.27 
 
 
497 aa  513  1e-144  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.199449  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0394  cyanide-insensitive oxidase CioA  57.4 
 
 
467 aa  514  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11050  Cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  58.61 
 
 
476 aa  512  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3386  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  55.51 
 
 
471 aa  509  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0740  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  57.44 
 
 
468 aa  507  9.999999999999999e-143  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5365  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  57.71 
 
 
473 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0175  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.65 
 
 
470 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.770178  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4791  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  57.21 
 
 
470 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2859  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  57.87 
 
 
466 aa  507  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.664602 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5383  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.21 
 
 
559 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.330151  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4853  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.06 
 
 
470 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.887906  normal  0.189641 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4818  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.71 
 
 
473 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5478  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.21 
 
 
470 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0727881  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3153  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  57.21 
 
 
466 aa  507  9.999999999999999e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2529  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.96 
 
 
471 aa  504  1e-141  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.895258  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4893  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.64 
 
 
478 aa  503  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.455192  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000387  putative Cytochrome bd2 subunit I  55.73 
 
 
457 aa  501  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0964  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.11 
 
 
446 aa  501  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.694189  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2644  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.52 
 
 
474 aa  501  1e-141  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4284  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.86 
 
 
480 aa  501  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0696889  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5120  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.66 
 
 
465 aa  499  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.204733 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0928  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  56.63 
 
 
446 aa  499  1e-140  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177592  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4648  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  56.03 
 
 
479 aa  495  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0930  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.11 
 
 
444 aa  497  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4955  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.31 
 
 
477 aa  496  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0914  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.65 
 
 
444 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3272  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  55.28 
 
 
473 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.967783  normal  0.83445 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3573  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.65 
 
 
444 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0993209 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4282  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  55.7 
 
 
479 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.586205  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0836  ubiquinol oxidase family protein  56.93 
 
 
592 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0222344  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2100  ubiquinol oxidase family protein  56.93 
 
 
470 aa  488  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1835  ubiquinol oxidase family protein  56.93 
 
 
470 aa  488  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00477233  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1770  ubiquinol oxidase family protein  56.93 
 
 
617 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.257846  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0596  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.92 
 
 
463 aa  491  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1810  putative cytochrome oxidase subunit I  57.43 
 
 
471 aa  490  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0784206 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2131  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.76 
 
 
468 aa  490  1e-137  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.566764  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0428  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  56.93 
 
 
470 aa  488  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1127  ubiquinol oxidase family protein  56.93 
 
 
470 aa  488  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.586085  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0335  cyanide-insensitive terminal oxidase CioA  56.93 
 
 
470 aa  488  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148907  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0119  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  54.32 
 
 
462 aa  483  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2148  ubiquinol oxidase family protein  56.77 
 
 
553 aa  484  1e-135  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3840  putative cytochrome oxidase subunit I  55.93 
 
 
462 aa  482  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.354412  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3376  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.65 
 
 
444 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6443  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.88 
 
 
466 aa  479  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.470691 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6552  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  57.14 
 
 
466 aa  481  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6968  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  56.88 
 
 
466 aa  481  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.798449 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5724  hypothetical protein  53.29 
 
 
462 aa  481  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1472  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.44 
 
 
466 aa  480  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.412208 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2040  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  55.12 
 
 
472 aa  477  1e-133  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.760814  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6192  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.85 
 
 
462 aa  477  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1250  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  53.63 
 
 
482 aa  476  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3449  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.19 
 
 
444 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4101  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  55.45 
 
 
483 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.142601  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0746  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  54.33 
 
 
479 aa  474  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.265352  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7066  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  56.65 
 
 
466 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319737  normal  0.558791 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1422  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  56.65 
 
 
491 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6407  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  56.65 
 
 
491 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4066  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  53.83 
 
 
478 aa  456  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.487615  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>