More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0085 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0085  transport system permease protein  100 
 
 
349 aa  645    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813583  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0630  transport system permease protein  79.46 
 
 
341 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.317375  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3048  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  76.72 
 
 
358 aa  467  9.999999999999999e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0732  transport system permease protein  80.19 
 
 
341 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0794  transport system permease protein  80.25 
 
 
341 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3730  transport system permease protein  80.24 
 
 
341 aa  441  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4254  transport system permease protein  78.48 
 
 
329 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.325099 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2924  transport system permease protein  74.76 
 
 
336 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0561377  normal  0.953611 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2065  transport system permease protein  55.76 
 
 
332 aa  300  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1002  transport system permease protein  50.5 
 
 
333 aa  270  2e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.292434  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1384  transport system permease protein  55.88 
 
 
329 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0258  transport system permease protein  53.09 
 
 
334 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737096  normal  0.065439 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4384  transport system permease protein  52.81 
 
 
331 aa  248  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.122979 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2404  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  55.3 
 
 
329 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716678  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1067  transport system permease protein  55.3 
 
 
329 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6079  transport system permease protein  50.35 
 
 
348 aa  241  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3152  transport system permease protein  46.45 
 
 
346 aa  237  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2927  transport system permease protein  46.77 
 
 
346 aa  236  4e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1828  transport system permease protein  52.16 
 
 
333 aa  233  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0490  transport system permease protein  52.96 
 
 
333 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.176737  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5678  transport system permease protein  49.04 
 
 
342 aa  233  5e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3805  transport system permease protein  50.69 
 
 
348 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8244  transport system permease protein  49.31 
 
 
348 aa  229  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1345  iron compound ABC transporter, permease protein  52.08 
 
 
333 aa  228  9e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1304  iron compound ABC transporter, permease protein  52.08 
 
 
349 aa  228  2e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2739  transport system permease protein  47.72 
 
 
327 aa  221  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246804  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0510  transport system permease protein  51.76 
 
 
333 aa  219  7.999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.531169 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2512  transport system permease protein  48.46 
 
 
326 aa  217  2e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1341  transport system permease protein  43.03 
 
 
335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.925053  normal  0.253719 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1214  transport system permease protein  41.86 
 
 
342 aa  187  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  40.19 
 
 
356 aa  186  6e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  35.8 
 
 
336 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  35.96 
 
 
350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0463  hemin permease  39.86 
 
 
351 aa  184  3e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  40.98 
 
 
368 aa  182  6e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  37.82 
 
 
370 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  36.04 
 
 
372 aa  179  8e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3694  transport system permease protein  40.64 
 
 
325 aa  177  3e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.326225  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  37.88 
 
 
371 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  35.63 
 
 
340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  37.37 
 
 
347 aa  173  2.9999999999999996e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  34.18 
 
 
330 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  38.87 
 
 
354 aa  173  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  38.44 
 
 
368 aa  172  5e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5560  iron compound ABC transporter, permease protein  35.76 
 
 
338 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5505  iron compound ABC transporter, permease protein  35.57 
 
 
338 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5511  iron compound ABC transporter, permease protein  35.76 
 
 
338 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2266  transport system permease protein  39.17 
 
 
350 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  33.86 
 
 
330 aa  171  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  35.67 
 
 
367 aa  172  1e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5231  iron compound ABC transporter permease  35.76 
 
 
338 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5062  iron compound ABC transporter, permease  35.76 
 
 
338 aa  171  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5079  iron compound ABC transporter, permease  35.47 
 
 
338 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5474  iron compound ABC transporter, permease protein  35.76 
 
 
338 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5630  iron compound ABC transporter permease protein  35.76 
 
 
338 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5446  iron compound ABC transporter, permease protein  35.28 
 
 
338 aa  171  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  39.37 
 
 
345 aa  171  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  39.02 
 
 
330 aa  170  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  37.59 
 
 
366 aa  170  3e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  42.12 
 
 
354 aa  169  4e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  40.83 
 
 
358 aa  170  4e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  37.65 
 
 
338 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  35.71 
 
 
345 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1089  hypothetical protein  32.77 
 
 
355 aa  167  2e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  37.11 
 
 
347 aa  168  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  35.01 
 
 
362 aa  167  2e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  35 
 
 
344 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  34.06 
 
 
344 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2017  transport system permease protein  34.17 
 
 
369 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0745  iron compound ABC transporter, permease protein  35 
 
 
352 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000514041  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0583  iron compound ABC transporter permease  35.51 
 
 
352 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0527  iron(III) dicitrate ABC transporter, permease  35.51 
 
 
352 aa  166  5e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000106314  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0527  iron(III) dicitrate ABC transporter, permease  35 
 
 
352 aa  166  5e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0617  iron compound ABC transporter permease protein  35.51 
 
 
352 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223529  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4683  iron compound ABC transporter, permease protein  36.14 
 
 
352 aa  166  5e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.106219  hitchhiker  2.60339e-21 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0672  iron compound ABC transporter, permease protein  35.51 
 
 
352 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.75136e-27 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0531  transport system permease protein  34.69 
 
 
352 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00495047  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  37.38 
 
 
357 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1703  heme/hemin ABC transporter, permease protein  34.38 
 
 
352 aa  166  6.9999999999999995e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  30.63 
 
 
337 aa  166  8e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1736  transport system permease protein  37.61 
 
 
351 aa  165  8e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.914625  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  35.42 
 
 
338 aa  165  9e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  35.24 
 
 
338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0654  iron compound ABC transporter, permease protein  36.02 
 
 
352 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000513448  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5175  transport system permease protein  36.05 
 
 
338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  36.68 
 
 
345 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  36.36 
 
 
343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0685  iron compound ABC transporter, permease protein  34.69 
 
 
352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  39.09 
 
 
351 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  34.47 
 
 
328 aa  163  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  33.23 
 
 
331 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5747  transport system permease protein  36.26 
 
 
353 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1431  transport system permease protein  36.33 
 
 
312 aa  162  6e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  38.17 
 
 
357 aa  162  6e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  37.35 
 
 
348 aa  162  6e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  39.46 
 
 
338 aa  162  8.000000000000001e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1473  iron(III) ABC transporter, permease protein  38.31 
 
 
338 aa  162  9e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2222  transport system permease protein  34.16 
 
 
346 aa  161  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.205591  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  40.93 
 
 
336 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  37.05 
 
 
348 aa  160  2e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>