More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0084 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 671 aa  1374    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  71.72 
 
 		 673 aa  974    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  51.75 
 
 		 695 aa  615  1e-175  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  50 
 
 		 690 aa  594  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  49.76 
 
 		 692 aa  589  1e-167  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  45.66 
 
 		 680 aa  553  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  47.62 
 
 		 655 aa  551  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  44.46 
 
 		 662 aa  535  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  45.52 
 
 		 656 aa  521  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  35.85 
 
 		 714 aa  392  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  34.74 
 
 		 634 aa  379  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  35.62 
 
 		 646 aa  367  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  34.6 
 
 		 642 aa  348  1e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  34.75 
 
 		 638 aa  324  3e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  32.88 
 
 		 634 aa  289  1e-76  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  32.01 
 
 		 659 aa  277  4e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  30.67 
 
 		 670 aa  262  1e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  30.28 
 
 		 623 aa  257  5e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0628  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  28.44 
 
 		 638 aa  248  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000288278  normal  0.81106 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3097  TonB-dependent receptor, plug  32.31 
 
 		 671 aa  239  1e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  30.51 
 
 		 618 aa  231  3e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2063  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 		 645 aa  228  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.785465  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 		 641 aa  226  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  30.45 
 
 		 613 aa  224  3e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 		 627 aa  224  4e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 625 aa  221  3e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  28.85 
 
 		 634 aa  204  4e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 		 627 aa  203  9e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 		 614 aa  201  3.9999999999999996e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 635 aa  199  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3696  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 620 aa  196  8.000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.405494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  28.81 
 
 		 611 aa  194  3e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 632 aa  194  4e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 611 aa  193  9e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  28.59 
 
 		 615 aa  192  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.31 
 
 		 631 aa  187  4e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.31 
 
 		 615 aa  187  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.56 
 
 		 623 aa  187  6e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.79 
 
 		 614 aa  187  6e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.64 
 
 		 614 aa  186  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.64 
 
 		 614 aa  186  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.48 
 
 		 614 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.48 
 
 		 614 aa  184  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.79 
 
 		 614 aa  184  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.79 
 
 		 614 aa  183  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.79 
 
 		 614 aa  183  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.79 
 
 		 614 aa  183  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.64 
 
 		 614 aa  182  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.33 
 
 		 614 aa  182  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.64 
 
 		 630 aa  179  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 655 aa  179  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.64 
 
 		 630 aa  179  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.46 
 
 		 615 aa  177  6e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 602 aa  177  7e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  28.7 
 
 		 617 aa  175  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  28.66 
 
 		 593 aa  172  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 		 626 aa  169  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  27.65 
 
 		 597 aa  169  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  26.14 
 
 		 614 aa  168  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  28.2 
 
 		 626 aa  168  4e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  29.62 
 
 		 628 aa  167  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 616 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.88 
 
 		 616 aa  161  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 		 624 aa  160  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 641 aa  160  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  26.61 
 
 		 661 aa  159  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  26.93 
 
 		 637 aa  156  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 627 aa  155  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4483  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 737 aa  154  5.9999999999999996e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.00000231942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 		 614 aa  153  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  29.69 
 
 		 612 aa  152  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.99 
 
 		 613 aa  149  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  26.6 
 
 		 617 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 613 aa  147  5e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0521  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 617 aa  145  2e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  26.71 
 
 		 628 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  28.97 
 
 		 619 aa  145  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 653 aa  144  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 709 aa  144  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  24.8 
 
 		 630 aa  143  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  37.7 
 
 		 682 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  27.08 
 
 		 628 aa  140  7e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 640 aa  140  8.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  25.83 
 
 		 627 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1684  TonB-dependent receptor  23.45 
 
 		 668 aa  137  6.0000000000000005e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  25.55 
 
 		 653 aa  137  7.000000000000001e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 635 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  27.3 
 
 		 680 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.66 
 
 		 1023 aa  135  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.04 
 
 		 616 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  26.32 
 
 		 686 aa  130  8.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  26.01 
 
 		 656 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 624 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 681 aa  125  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  49.66 
 
 		 631 aa  125  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  27.22 
 
 		 685 aa  123  9e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  27.06 
 
 		 821 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 627 aa  123  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  27.06 
 
 		 685 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>