63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0054 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0054  hypothetical protein  100 
 
 
170 aa  342  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0688  hypothetical protein  79.35 
 
 
158 aa  252  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0114  hypothetical protein  77.71 
 
 
159 aa  247  4e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.544151  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0424  protein of unknown function DUF1332  74.83 
 
 
175 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0476  hypothetical protein  70.06 
 
 
159 aa  231  3e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0275  hypothetical protein  72.73 
 
 
155 aa  225  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0605  hypothetical protein  68.15 
 
 
159 aa  221  3e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2028  hypothetical protein  48.55 
 
 
159 aa  129  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1840  protein of unknown function DUF1332  46.06 
 
 
172 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0425637 
 
 
-
 
NC_004310  BR1882  hypothetical protein  41.55 
 
 
159 aa  115  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1811  hypothetical protein  41.55 
 
 
159 aa  115  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.828251  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4024  protein of unknown function DUF1332  39.62 
 
 
161 aa  112  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.37493  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3703  protein of unknown function DUF1332  38.99 
 
 
161 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.814089  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0979  hypothetical protein  38.41 
 
 
159 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.145675  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2970  hypothetical protein  43.2 
 
 
159 aa  107  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4149  hypothetical protein  37.27 
 
 
169 aa  107  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.640166  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3245  hypothetical protein  36.2 
 
 
157 aa  102  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3198  hypothetical protein  38.51 
 
 
156 aa  97.4  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0246  hypothetical protein  29.73 
 
 
149 aa  72  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01718  hypothetical protein  31.15 
 
 
126 aa  71.6  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.501257  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1696  hypothetical protein  32.91 
 
 
154 aa  71.2  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.290801 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4562  hypothetical protein  27.45 
 
 
149 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3499  hypothetical protein  28.57 
 
 
149 aa  68.6  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000117371  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2294  hypothetical protein  30.34 
 
 
149 aa  67.4  0.00000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000519813  normal  0.553436 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1484  hypothetical protein  28.67 
 
 
157 aa  66.6  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0056262  normal  0.976718 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0318  hypothetical protein  27.15 
 
 
152 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.355873  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0247  hypothetical protein  27.03 
 
 
150 aa  64.7  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4279  hypothetical protein  27.33 
 
 
157 aa  63.9  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.061664 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1709  hypothetical protein  32.33 
 
 
147 aa  63.5  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1818  hypothetical protein  29.45 
 
 
160 aa  62.8  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.677446  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3830  hypothetical protein  26.67 
 
 
153 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0188  hypothetical protein  27.33 
 
 
157 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4146  hypothetical protein  27.33 
 
 
157 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1845  hypothetical protein  27.7 
 
 
150 aa  63.2  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.176164  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3955  hypothetical protein  26.67 
 
 
153 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515319  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0189  protein of unknown function DUF1332  27.33 
 
 
157 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3757  hypothetical protein  26.67 
 
 
153 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3390  hypothetical protein  30.6 
 
 
153 aa  62  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.515399  normal  0.0925664 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3454  hypothetical protein  30.71 
 
 
145 aa  61.2  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3595  hypothetical protein  31.03 
 
 
150 aa  59.3  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0538316  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2116  hypothetical protein  33.61 
 
 
171 aa  59.3  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.627377  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1136  hypothetical protein  33.33 
 
 
146 aa  56.6  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.863269  normal  0.342516 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2850  hypothetical protein  31.3 
 
 
151 aa  56.6  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.289824  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0076  hypothetical protein  31.58 
 
 
151 aa  55.8  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193644  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0286  hypothetical protein  25.52 
 
 
149 aa  55.8  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003554  hypothetical protein  31.36 
 
 
146 aa  55.5  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0508881  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2767  hypothetical protein  30.51 
 
 
158 aa  55.5  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02515  hypothetical protein  31.36 
 
 
146 aa  54.3  0.0000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2220  hypothetical protein  31.39 
 
 
146 aa  53.1  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3646  hypothetical protein  30.41 
 
 
216 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1920  hypothetical protein  24.31 
 
 
149 aa  52.8  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3939  protein of unknown function DUF1332  30.41 
 
 
158 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3930  protein of unknown function DUF1332  33.6 
 
 
158 aa  51.6  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.232156 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1599  hypothetical protein  28.45 
 
 
149 aa  51.2  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0663  protein of unknown function DUF1332  33.33 
 
 
160 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1856  hypothetical protein  33.82 
 
 
172 aa  48.9  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.827405  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0994  hypothetical protein  29.93 
 
 
154 aa  48.5  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3963  hypothetical protein  28.92 
 
 
155 aa  47.4  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2179  hypothetical protein  27.27 
 
 
145 aa  44.7  0.0007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.110663 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2925  hypothetical protein  28.89 
 
 
175 aa  43.9  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.161172  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0370  hypothetical protein  27.55 
 
 
145 aa  42  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2014  hypothetical protein  27.55 
 
 
145 aa  41.6  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0188674  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3707  hypothetical protein  39.29 
 
 
153 aa  40.8  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.783471 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>