51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0047 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0047  uroporphyrinogen III synthase HEM4  100 
 
 		 248 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0257  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  67.35 
 
 		 248 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.013852  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0314  uroporphyrinogen III synthase HEM4  65.32 
 
 		 265 aa  319  3e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.798447  normal  0.471144 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0469  uroporphyrinogen III synthase HEM4  65.32 
 
 		 247 aa  314  8e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.230216 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0563  uroporphyrinogen III synthase HEM4  58.87 
 
 		 248 aa  277  1e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.109058  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0288  putative uroporphyrinogen-III synthase  61.07 
 
 		 245 aa  256  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0472  uroporphyrinogen III synthase HEM4  60 
 
 		 248 aa  256  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.850849 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1159  uroporphyrinogen III synthase HEM4  37.66 
 
 		 232 aa  109  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1350  uroporphyrinogen III synthase HEM4  36.93 
 
 		 237 aa  108  6e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0706582 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0290  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.98 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.583848  normal  0.971702 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1814  uroporphyrinogen-III synthase  33.88 
 
 		 235 aa  97.4  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390309  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1886  uroporphyrinogen-III synthase  33.88 
 
 		 235 aa  97.4  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1000  uroporphyrinogen-III synthase, putative  26.25 
 
 		 235 aa  95.5  6e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0374763  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4534  uroporphyrinogen III synthase HEM4  39.24 
 
 		 262 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2070  uroporphyrinogen III synthase HEM4  38.11 
 
 		 239 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239723  normal  0.0510209 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3567  uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.55 
 
 		 734 aa  94  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0733  uroporphyrinogen III synthase HEM4  35.56 
 
 		 236 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3700  uroporphyrinogen-III synthase  35.48 
 
 		 235 aa  93.2  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0976  uroporphyrinogen-III synthase  34.16 
 
 		 244 aa  92.4  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0747  uroporphyrinogen III synthase HEM4  35.56 
 
 		 236 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.607642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4021  uroporphyrinogen-III synthase  34.68 
 
 		 235 aa  86.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0041  uroporphyrinogen III synthase HEM4  33.33 
 
 		 245 aa  86.3  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0706  uroporphyrinogen III synthase HEM4  35.95 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.827185 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0008  uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.65 
 
 		 246 aa  80.9  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000296597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4146  uroporphyrinogen-III synthase  31.17 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373106  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0480  uroporphyrinogen-III synthase  22.69 
 
 		 229 aa  76.3  0.0000000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2967  uroporphyrinogen-III synthase  31.33 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4324  hypothetical protein  29.51 
 
 		 246 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.328763 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4468  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  36.96 
 
 		 262 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3201  uroporphyrinogen-III synthase  31.25 
 
 		 232 aa  72.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0546  uroporphyrinogen III synthase HEM4  21.95 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0119  uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.01 
 
 		 234 aa  68.6  0.00000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0006  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.1 
 
 		 253 aa  65.1  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0127  uroporphyrinogen III synthase HEM4  36.45 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1937  uroporphyrinogen III synthase HEM4  36.73 
 
 		 229 aa  58.5  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0356015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0441  hypothetical protein  26.23 
 
 		 236 aa  57.8  0.0000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.964124  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2787  uroporphyrinogen-III synthase  29.91 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5486  uroporphyrinogen-III synthase  32.08 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4081  uroporphyrinogen-III synthase, putative  30 
 
 		 231 aa  55.8  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.378457 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0736  uroporphyrinogen-III synthase  29.11 
 
 		 259 aa  54.3  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.512163 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3416  uroporphyrinogen-III synthase  29.2 
 
 		 238 aa  50.1  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0185  uroporphyrinogen-III synthase  30.7 
 
 		 237 aa  49.3  0.00006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0061  uroporphyrinogen-III synthase  27.16 
 
 		 257 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1223  uroporphyrinogen-III synthase  29.25 
 
 		 209 aa  45.8  0.0006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.732844  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0493  uroporphyrinogen-III synthase  32.43 
 
 		 212 aa  45.4  0.0008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1248  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrinogen-III synthase  24.78 
 
 		 520 aa  45.4  0.0008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.472521 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6005  uroporphyrinogen-III synthase  27.62 
 
 		 251 aa  45.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201687  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1751  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.07 
 
 		 260 aa  44.3  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.452444 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1890  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.78 
 
 		 238 aa  44.3  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1098  uroporphyrinogen-III synthase  28.44 
 
 		 209 aa  42.7  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.236356  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4438  Uroporphyrin-III C/tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) methyltransferase  28.65 
 
 		 526 aa  42  0.01  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>