More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0041 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0416  hypothetical protein  79.72 
 
 		 493 aa  827    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0107  hypothetical protein  82.76 
 
 		 493 aa  819    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0041  hypothetical protein  100 
 
 		 493 aa  1001    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0695  hypothetical protein  80.53 
 
 		 493 aa  818    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00365  hypothetical protein  58.65 
 
 		 510 aa  560  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3627  hypothetical protein  57.54 
 
 		 507 aa  542  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.401936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4704  hypothetical protein  57.54 
 
 		 507 aa  542  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0146867 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2924  hypothetical protein  56.36 
 
 		 491 aa  534  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0110  hypothetical protein  44.44 
 
 		 549 aa  394  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12324  normal  0.549417 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1037  peptidase M20  44.56 
 
 		 497 aa  374  1e-102  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1065  hypothetical protein  43.89 
 
 		 490 aa  353  4e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.961267 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4262  hypothetical protein  38.79 
 
 		 487 aa  352  1e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6284  peptidase M20  42.06 
 
 		 489 aa  345  1e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0982  hypothetical protein  38.14 
 
 		 508 aa  327  3e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4389  hypothetical protein  36.22 
 
 		 440 aa  269  1e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0450  hypothetical protein  33.18 
 
 		 477 aa  264  3e-69  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000307009  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3615  hypothetical protein  33.64 
 
 		 494 aa  252  1e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0748  hypothetical protein  34.01 
 
 		 465 aa  223  9e-57  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000168707  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02910  Gly-X carboxypeptidase, putative  30.29 
 
 		 573 aa  220  3.9999999999999997e-56  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI02790  vacuole protein, putative  32.66 
 
 		 591 aa  216  5.9999999999999996e-55  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10500  hypothetical protein  30.7 
 
 		 483 aa  215  9.999999999999999e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB04480  carboxypeptidase s precursor, putative  31.03 
 
 		 587 aa  186  8e-46  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0506615  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34371  Gly-X carboxypeptidase  28.66 
 
 		 582 aa  183  8.000000000000001e-45  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10986  conserved hypothetical protein  29.77 
 
 		 564 aa  175  1.9999999999999998e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01640  conserved hypothetical protein  28.07 
 
 		 660 aa  170  5e-41  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04810  vacuolar carboxypeptidase Cps1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07040)  29.08 
 
 		 581 aa  160  4e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0953418  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL06270  carboxypeptidase s precursor, putative  26.51 
 
 		 602 aa  151  3e-35  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28659  predicted protein  27.36 
 
 		 600 aa  144  2e-33  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.262753 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19930  hypothetical protein  31.94 
 
 		 434 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.000000770232  decreased coverage  0.0000700572 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2619  hypothetical protein  31.54 
 
 		 444 aa  136  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.913218  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3665  hypothetical protein  29.44 
 
 		 478 aa  133  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2768  hypothetical protein  32.41 
 
 		 449 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000530587  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3160  peptidase M20  28.41 
 
 		 421 aa  132  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.119571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4882  hypothetical protein  28.97 
 
 		 443 aa  127  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.76417  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12171  hypothetical protein  30.51 
 
 		 450 aa  127  7e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.744068 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1670  hypothetical protein  28.54 
 
 		 467 aa  124  4e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0904676  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3176  hypothetical protein  29.2 
 
 		 444 aa  124  4e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.168778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3226  hypothetical protein  29.2 
 
 		 444 aa  124  4e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.236057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3164  hypothetical protein  29.2 
 
 		 444 aa  124  4e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.258961  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17060  hypothetical protein  28.32 
 
 		 439 aa  123  8e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.760831 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4600  peptidase M20  25.99 
 
 		 473 aa  123  8e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0248  hypothetical protein  25.87 
 
 		 469 aa  122  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2787  hypothetical protein  27.89 
 
 		 433 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3489  hypothetical protein  28.54 
 
 		 430 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4949  peptidase M20  29.22 
 
 		 440 aa  121  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138857  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3211  peptidase M20  29.7 
 
 		 468 aa  120  7e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2128  peptidase M20  27.78 
 
 		 446 aa  119  9.999999999999999e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.797778  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3037  hypothetical protein  28.5 
 
 		 451 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13850  hypothetical protein  27.86 
 
 		 437 aa  118  1.9999999999999998e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000318209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3604  peptidase M20  32.33 
 
 		 434 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.682601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1781  hypothetical protein  28.53 
 
 		 485 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4903  hypothetical protein  28.57 
 
 		 462 aa  117  5e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0308008  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2159  hypothetical protein  29.64 
 
 		 442 aa  117  6e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2253  hypothetical protein  28.23 
 
 		 441 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2433  peptidase M20  28.26 
 
 		 448 aa  114  4.0000000000000004e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00897679  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1922  hypothetical protein  28.35 
 
 		 446 aa  114  5e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6756  hypothetical protein  28.12 
 
 		 468 aa  113  7.000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.557555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4547  peptidase M20  29.8 
 
 		 440 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2654  hypothetical protein  28.78 
 
 		 452 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal  0.0556402 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3468  hypothetical protein  30.1 
 
 		 428 aa  112  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2313  hypothetical protein  28.15 
 
 		 442 aa  110  5e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00701703 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2654  peptidase M20  26.34 
 
 		 443 aa  108  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0989  hypothetical protein  27.59 
 
 		 476 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.306467 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11770  hypothetical protein  25.87 
 
 		 441 aa  108  2e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.235527  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2015  peptidase M20  29.3 
 
 		 442 aa  108  3e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.251609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1820  hypothetical protein  27.39 
 
 		 494 aa  107  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2647  peptidase M20  27.75 
 
 		 442 aa  107  6e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.490872  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1474  peptidase M20  29.06 
 
 		 438 aa  104  3e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.739931  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3473  peptidase M20  28.77 
 
 		 432 aa  103  5e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.407843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9227  peptidase M20  28.39 
 
 		 435 aa  103  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03550  hypothetical protein  26.89 
 
 		 451 aa  103  8e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  28.35 
 
 		 434 aa  101  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0216  hypothetical protein  25.65 
 
 		 457 aa  100  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.675958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1165  hypothetical protein  26.39 
 
 		 429 aa  100  5e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0235842  normal  0.624672 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1905  hypothetical protein  26.42 
 
 		 434 aa  99.8  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000097088 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2162  hypothetical protein  26.87 
 
 		 434 aa  98.6  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.335606  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0141  hypothetical protein  25.19 
 
 		 468 aa  96.7  8e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0813471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.06 
 
 		 393 aa  95.9  2e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1192  hypothetical protein  25.57 
 
 		 439 aa  95.1  2e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0330579  normal  0.0773998 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1467  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.32 
 
 		 388 aa  94.4  4e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21030  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  27.75 
 
 		 445 aa  93.6  7e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.575645 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3309  hypothetical protein  26.7 
 
 		 472 aa  90.1  9e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0974288  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1231  peptidase M20  24.68 
 
 		 485 aa  87  6e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0591  peptidase M20  23.72 
 
 		 390 aa  86.7  9e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.83 
 
 		 375 aa  84.3  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.16 
 
 		 375 aa  84  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.19 
 
 		 375 aa  82.8  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7887  hypothetical protein  34.86 
 
 		 444 aa  82.8  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0760347  normal  0.0510662 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.03 
 
 		 374 aa  82  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.03 
 
 		 374 aa  81.6  0.00000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.68 
 
 		 375 aa  80.9  0.00000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.06 
 
 		 375 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.06 
 
 		 375 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.06 
 
 		 375 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1265  hypothetical protein  23.91 
 
 		 395 aa  79  0.0000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.729138 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.06 
 
 		 375 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.52 
 
 		 375 aa  79  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.06 
 
 		 375 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  25.06 
 
 		 375 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.06 
 
 		 375 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>