More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0017 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
245 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.2 
 
 
245 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.16 
 
 
245 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.167282  normal  0.978745 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5150  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  84.9 
 
 
245 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.855408  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0314  putative acetoin(diacetyl) reductase  85.71 
 
 
245 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.417582  normal  0.615312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.31 
 
 
245 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.28 
 
 
247 aa  368  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000237685 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.15 
 
 
248 aa  330  9e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.14 
 
 
298 aa  262  4e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.18326  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.23 
 
 
242 aa  261  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.735069  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 
242 aa  254  8e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100527  hitchhiker  0.00000000000000573842 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0192  putative short chain dehydrogenase  52.03 
 
 
242 aa  253  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01430  putative short chain dehydrogenase  51.63 
 
 
242 aa  248  7e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6063  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.05 
 
 
244 aa  244  6.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
246 aa  238  6.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
244 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.0912876 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
243 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.997812  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2881  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.41 
 
 
243 aa  232  3e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.959841  normal  0.948307 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.56 
 
 
270 aa  232  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
243 aa  231  5e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.477245  normal  0.933916 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
243 aa  232  5e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.3 
 
 
243 aa  228  5e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.824433 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6052  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
244 aa  228  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110774  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.58 
 
 
243 aa  225  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3907  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.58 
 
 
242 aa  225  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180445  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.26 
 
 
246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.495414  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
246 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
246 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0431623 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0125  putative short-chain dehydrogenase  41.7 
 
 
251 aa  174  8e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1429  putative short chain dehydrogenase  41.26 
 
 
255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0142778 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0908  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.21 
 
 
246 aa  168  6e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.700496  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
246 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
231 aa  163  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
236 aa  161  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4758  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
229 aa  159  3e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000972291  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
233 aa  159  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
232 aa  153  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.406883 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
242 aa  153  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.73156 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.82 
 
 
236 aa  148  8e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7134  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.71 
 
 
233 aa  145  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.269687  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03293  conserved hypothetical protein  35.89 
 
 
264 aa  143  2e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00545103 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0714  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.55 
 
 
258 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1712  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.55 
 
 
258 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.595621  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0749  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.55 
 
 
258 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.66118  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1166  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.55 
 
 
253 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.932986  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1240  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.55 
 
 
258 aa  142  6e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2436  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.59 
 
 
292 aa  141  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.585089  normal  0.589272 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0240  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 
233 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.377738  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
233 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0675753 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1562  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.55 
 
 
278 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02694  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G14000)  33.06 
 
 
243 aa  135  7.000000000000001e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
233 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.32958  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
234 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.623849  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 
233 aa  129  4.0000000000000003e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.75 
 
 
233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.286182  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5092  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.12 
 
 
251 aa  121  9e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.49 
 
 
233 aa  119  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.325516  hitchhiker  0.000000000000965184 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_20677  predicted protein  31.58 
 
 
236 aa  99.8  4e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.732911  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00930  conserved hypothetical protein  30.42 
 
 
252 aa  93.2  4e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.2 
 
 
251 aa  89.4  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.383425 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.2 
 
 
249 aa  88.6  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.476786  normal  0.058074 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.89 
 
 
249 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.311099  normal  0.357873 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.89 
 
 
251 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.89 
 
 
259 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0150364  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  31.09 
 
 
254 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3005  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.22 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  32.35 
 
 
254 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.18 
 
 
217 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0937479  normal  0.693303 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.47 
 
 
249 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.012898 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.97 
 
 
246 aa  77.8  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.84 
 
 
234 aa  77.4  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  35.26 
 
 
254 aa  77  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 
246 aa  76.6  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.11 
 
 
249 aa  75.5  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.96 
 
 
246 aa  75.5  0.0000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.32 
 
 
262 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.32 
 
 
262 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.368954 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1794  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.25 
 
 
238 aa  74.7  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4414  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.32 
 
 
262 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.12 
 
 
241 aa  74.7  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.27 
 
 
233 aa  74.3  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.38 
 
 
247 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 
262 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.869283 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  30.25 
 
 
255 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.15 
 
 
239 aa  73.9  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.420603  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.43 
 
 
262 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0468  gluconate 5-dehydrogenase  33.53 
 
 
251 aa  73.6  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.175213  normal  0.323536 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 
251 aa  72.8  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4881  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.64 
 
 
271 aa  72.4  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.169206  normal  0.0484523 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.64 
 
 
271 aa  72.4  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.05 
 
 
239 aa  72.4  0.000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.55 
 
 
330 aa  72  0.000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0518  short chain dehydrogenase  25.88 
 
 
287 aa  72  0.000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.693984  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0528  short chain dehydrogenase  25.88 
 
 
287 aa  72  0.000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0540  short chain dehydrogenase  25.88 
 
 
287 aa  72  0.000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0506548  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1964  short chain dehydrogenase  30.17 
 
 
264 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.62 
 
 
227 aa  70.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0912  short chain dehydrogenase  30.17 
 
 
264 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.65 
 
 
248 aa  70.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>