More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0003 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  100 
 
 		 379 aa  753    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  82.76 
 
 		 378 aa  617  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  82.76 
 
 		 378 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  79.95 
 
 		 379 aa  597  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  79.2 
 
 		 378 aa  596  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  78.67 
 
 		 385 aa  582  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  81.91 
 
 		 379 aa  568  1e-161  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  60.42 
 
 		 378 aa  384  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  55.88 
 
 		 382 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  55.23 
 
 		 398 aa  374  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  56.12 
 
 		 382 aa  371  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.76 
 
 		 385 aa  362  6e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  54.4 
 
 		 384 aa  362  8e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  54.64 
 
 		 384 aa  359  5e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.18 
 
 		 385 aa  358  7e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  51.62 
 
 		 374 aa  349  5e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  51.35 
 
 		 391 aa  345  8e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  49.86 
 
 		 374 aa  335  5.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  49.59 
 
 		 374 aa  334  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  52.29 
 
 		 412 aa  330  3e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  50 
 
 		 384 aa  319  6e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  49.46 
 
 		 384 aa  314  1.9999999999999998e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  50 
 
 		 387 aa  312  4.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  51.2 
 
 		 403 aa  308  9e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  47.7 
 
 		 378 aa  305  7e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  49.19 
 
 		 409 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  48.27 
 
 		 356 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  45.9 
 
 		 363 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  46.13 
 
 		 368 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  45.58 
 
 		 363 aa  259  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  42.01 
 
 		 375 aa  260  4e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  44.85 
 
 		 375 aa  258  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  41.58 
 
 		 361 aa  251  2e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.35 
 
 		 384 aa  239  5.999999999999999e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  47.06 
 
 		 357 aa  235  1.0000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  43.85 
 
 		 392 aa  232  7.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  40.44 
 
 		 357 aa  228  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  41.18 
 
 		 358 aa  228  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  46.26 
 
 		 369 aa  220  3e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  44.01 
 
 		 373 aa  213  3.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  42.78 
 
 		 379 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  31.54 
 
 		 372 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  31.54 
 
 		 372 aa  196  6e-49  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  28.42 
 
 		 365 aa  171  3e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  29.39 
 
 		 349 aa  135  9.999999999999999e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  28.99 
 
 		 360 aa  126  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  29.49 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  29.49 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  29.49 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  29.22 
 
 		 360 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  27.73 
 
 		 360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  27.86 
 
 		 360 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  27.86 
 
 		 360 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  28.07 
 
 		 357 aa  120  4.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  27.86 
 
 		 360 aa  120  6e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  26.44 
 
 		 374 aa  119  9e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  28.12 
 
 		 357 aa  118  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  26.91 
 
 		 359 aa  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  27.6 
 
 		 360 aa  117  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  27.49 
 
 		 357 aa  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  27.97 
 
 		 374 aa  117  5e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  27.39 
 
 		 370 aa  116  6e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  29.1 
 
 		 360 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  26.6 
 
 		 366 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  27.34 
 
 		 360 aa  113  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  27.66 
 
 		 365 aa  113  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  27.49 
 
 		 368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  27.44 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  27.44 
 
 		 367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.3 
 
 		 372 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  24.86 
 
 		 377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.26 
 
 		 372 aa  111  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  28.79 
 
 		 398 aa  111  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  26.3 
 
 		 360 aa  110  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  26.82 
 
 		 338 aa  109  7.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000571812  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  26.3 
 
 		 369 aa  109  7.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.78 
 
 		 372 aa  109  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  28.76 
 
 		 361 aa  109  9.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.3 
 
 		 386 aa  109  9.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  26.63 
 
 		 359 aa  108  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  27.88 
 
 		 392 aa  106  5e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0003  recombination protein F  27.11 
 
 		 360 aa  106  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000366734  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  25.46 
 
 		 359 aa  106  7e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  27.42 
 
 		 361 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  25.13 
 
 		 369 aa  105  1e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  27.15 
 
 		 361 aa  105  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  24.81 
 
 		 367 aa  105  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  27.69 
 
 		 369 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  28.34 
 
 		 367 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.21 
 
 		 376 aa  104  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2505  recombination protein F  26.6 
 
 		 363 aa  104  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0488541  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  25.87 
 
 		 358 aa  103  5e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.93 
 
 		 373 aa  103  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  21.24 
 
 		 362 aa  103  6e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.04 
 
 		 372 aa  103  7e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  27.69 
 
 		 361 aa  103  7e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  27.69 
 
 		 369 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.19 
 
 		 367 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  24.68 
 
 		 370 aa  102  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  24.68 
 
 		 370 aa  102  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>