297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_R0030 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0048  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.480879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309368  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0023  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0049  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136195  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0037  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0012  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0019  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.2337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309176  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309279  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.211711 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0013  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000258053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309103  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0620243  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2167  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0800  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000572817  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2240  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.475399  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0020  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.845791  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0053  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2016  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0028    86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0036  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.550861 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4582  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0034  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0032  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.163942  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.394889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_R0064  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>