More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4684 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
406 aa  830    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  93.42 
 
 
406 aa  740    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  90.53 
 
 
406 aa  722    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  57.63 
 
 
410 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  59.84 
 
 
410 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  53.35 
 
 
409 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  53.92 
 
 
410 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  55.16 
 
 
404 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  54.21 
 
 
407 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  53.35 
 
 
409 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  51.82 
 
 
410 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  53.65 
 
 
410 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  55.38 
 
 
395 aa  434  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  53.66 
 
 
409 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  51.86 
 
 
409 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  55.09 
 
 
411 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  54.31 
 
 
411 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  53.02 
 
 
401 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  53.51 
 
 
415 aa  424  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  52.09 
 
 
411 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  53.39 
 
 
406 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  53.93 
 
 
411 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  52.11 
 
 
406 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  53.03 
 
 
406 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  51.91 
 
 
405 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  49.34 
 
 
410 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  50.25 
 
 
407 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  51.04 
 
 
405 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  48.51 
 
 
418 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  48.34 
 
 
435 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  49.49 
 
 
407 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  49.26 
 
 
400 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  50.66 
 
 
403 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  49.23 
 
 
437 aa  382  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  49.3 
 
 
411 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  46.52 
 
 
407 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  47.74 
 
 
406 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  47.72 
 
 
406 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  45.11 
 
 
402 aa  358  9e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  46.09 
 
 
406 aa  349  4e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  44.7 
 
 
409 aa  348  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  44.24 
 
 
412 aa  324  2e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  43.65 
 
 
399 aa  317  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  43.05 
 
 
402 aa  310  4e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  34.29 
 
 
438 aa  181  2e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  35.71 
 
 
414 aa  177  4e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  33.83 
 
 
441 aa  175  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  31.82 
 
 
434 aa  169  9e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  31.5 
 
 
415 aa  146  6e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
436 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
408 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 
386 aa  113  5e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.42 
 
 
407 aa  112  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
398 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 
401 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  28.82 
 
 
390 aa  109  9.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.88 
 
 
425 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  28.62 
 
 
386 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  23.72 
 
 
480 aa  103  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 
384 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
382 aa  101  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.7 
 
 
519 aa  102  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 
403 aa  101  3e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  27.23 
 
 
382 aa  100  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  23.69 
 
 
472 aa  100  6e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 
423 aa  99.8  8e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
380 aa  98.2  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 
411 aa  98.6  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 
377 aa  97.8  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  26.41 
 
 
539 aa  97.4  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 
386 aa  96.7  6e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
411 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
378 aa  95.9  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
398 aa  95.1  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
377 aa  94.7  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  27.58 
 
 
447 aa  94.7  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  27.03 
 
 
497 aa  93.6  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  29.27 
 
 
592 aa  94  5e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  29.29 
 
 
426 aa  93.6  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
385 aa  92  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
385 aa  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
380 aa  92  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  33.98 
 
 
382 aa  90.5  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 
367 aa  90.5  5e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  33.98 
 
 
382 aa  90.1  7e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
425 aa  89.7  9e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.97 
 
 
512 aa  89.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.73 
 
 
517 aa  89.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.45 
 
 
496 aa  89.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  30.12 
 
 
373 aa  88.6  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  26.2 
 
 
385 aa  87.8  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
374 aa  87.8  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 
388 aa  87.4  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
392 aa  86.7  8e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  25.55 
 
 
386 aa  86.3  8e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  36.59 
 
 
368 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  21.25 
 
 
388 aa  86.3  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 
378 aa  85.5  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 
375 aa  85.5  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  29.59 
 
 
370 aa  84.7  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.544868 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>