183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4615 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0873  porin  73.35 
 
 		 449 aa  639    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  100 
 
 		 449 aa  897    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  81.14 
 
 		 454 aa  698    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  67.55 
 
 		 447 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  59.27 
 
 		 452 aa  505  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  58.7 
 
 		 453 aa  486  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  29.65 
 
 		 997 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  37.23 
 
 		 258 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  37.77 
 
 		 261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  35.43 
 
 		 248 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  37.1 
 
 		 240 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  37.5 
 
 		 206 aa  114  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  36.86 
 
 		 250 aa  114  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  35.74 
 
 		 240 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  40.76 
 
 		 207 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  37.56 
 
 		 245 aa  111  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  40.49 
 
 		 207 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  40 
 
 		 236 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  41.54 
 
 		 207 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.71 
 
 		 206 aa  109  9.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  35.29 
 
 		 225 aa  109  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  38.87 
 
 		 241 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  37.05 
 
 		 207 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  37.56 
 
 		 232 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  39.17 
 
 		 251 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  33.5 
 
 		 250 aa  107  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  37.92 
 
 		 245 aa  108  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  36.07 
 
 		 243 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  37.02 
 
 		 207 aa  106  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  33.88 
 
 		 244 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  33.75 
 
 		 206 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  36.1 
 
 		 710 aa  102  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  33.47 
 
 		 242 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  30.25 
 
 		 228 aa  101  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  33.78 
 
 		 243 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  36.84 
 
 		 246 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  33.64 
 
 		 238 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  37.56 
 
 		 236 aa  99  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  34.11 
 
 		 240 aa  98.6  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  35.65 
 
 		 255 aa  98.6  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  33.86 
 
 		 247 aa  97.8  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.27 
 
 		 243 aa  97.4  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  36.78 
 
 		 237 aa  96.7  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  28.94 
 
 		 229 aa  96.7  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  37.1 
 
 		 274 aa  96.3  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  35.15 
 
 		 212 aa  95.9  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  32.67 
 
 		 254 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  33.85 
 
 		 248 aa  94.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  31.92 
 
 		 693 aa  94.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  32.57 
 
 		 239 aa  94.4  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  36.65 
 
 		 237 aa  93.2  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  33.19 
 
 		 237 aa  91.3  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  34.83 
 
 		 689 aa  91.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  31.09 
 
 		 230 aa  90.9  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  33.17 
 
 		 234 aa  90.9  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  31.09 
 
 		 230 aa  90.9  4e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  32.11 
 
 		 661 aa  89.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  35.56 
 
 		 692 aa  89  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  36.36 
 
 		 241 aa  88.2  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6698  porin  33.33 
 
 		 246 aa  88.2  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.76 
 
 		 236 aa  88.2  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  32.06 
 
 		 662 aa  88.2  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  31.69 
 
 		 665 aa  87.4  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  36.15 
 
 		 240 aa  87  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  33.07 
 
 		 251 aa  87  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  31.44 
 
 		 258 aa  86.3  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  31.44 
 
 		 652 aa  85.1  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  29.92 
 
 		 570 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  29.55 
 
 		 254 aa  85.5  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  33.49 
 
 		 255 aa  85.5  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  34.26 
 
 		 255 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  28.84 
 
 		 236 aa  84.3  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  31.78 
 
 		 570 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  32.76 
 
 		 260 aa  84  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  29.81 
 
 		 566 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  27.27 
 
 		 228 aa  80.1  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  35.92 
 
 		 209 aa  80.1  0.00000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  30.8 
 
 		 229 aa  80.1  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  27.27 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  35.75 
 
 		 238 aa  79.3  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  32.52 
 
 		 234 aa  79.3  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  31.64 
 
 		 251 aa  79  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6124  porin  33.07 
 
 		 288 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  30 
 
 		 571 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  30 
 
 		 562 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  32.76 
 
 		 561 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  33.9 
 
 		 674 aa  77  0.0000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  32.34 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  30.57 
 
 		 724 aa  77  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  34.64 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  30.21 
 
 		 559 aa  75.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3299  porin  34.12 
 
 		 287 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.466189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  32.86 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  31.42 
 
 		 670 aa  73.2  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  33.81 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  27.9 
 
 		 213 aa  73.2  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  29.49 
 
 		 213 aa  73.2  0.000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1292  porin  33.62 
 
 		 276 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  34.02 
 
 		 274 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  35.44 
 
 		 277 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>