More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4558 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4558  hypothetical protein  100 
 
 
290 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0927  ABC-3 protein  90.34 
 
 
290 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.426068  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0844  hypothetical protein  92.76 
 
 
290 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0721518 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4829  hypothetical protein  83.74 
 
 
291 aa  477  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0915  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport systems permease components  81.66 
 
 
289 aa  458  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.891696  normal  0.706737 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3427  hypothetical protein  82.01 
 
 
289 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1340  ABC transporter permease  78.97 
 
 
290 aa  457  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.562769 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4708  ABC-3 protein  65.16 
 
 
290 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.13978 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3130  ABC-3 protein  62.46 
 
 
291 aa  338  5e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362621  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0978  ABC-3 protein  62.76 
 
 
295 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1047  ABC-3 protein  62.5 
 
 
295 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0160155 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1175  ABC-3 protein  62.15 
 
 
295 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3703  ABC-3 transporter component  65.65 
 
 
290 aa  317  2e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.406266  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2634  cation ABC transporter, permease protein  58.68 
 
 
289 aa  310  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059277  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5583  ABC-3 protein  61.89 
 
 
288 aa  311  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0895448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2367  hypothetical protein  58.68 
 
 
289 aa  310  2e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00313159  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2783  ABC-3 protein  58.25 
 
 
291 aa  305  4.0000000000000004e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.314797  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1063  ABC transporter membrane spanning protein  58.42 
 
 
290 aa  304  1.0000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21744  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1596  ABC-3 protein  57.54 
 
 
288 aa  303  2.0000000000000002e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0434418 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1973  ABC transporter, membrane protein  55.52 
 
 
293 aa  302  5.000000000000001e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2471  ABC-3 protein  57.25 
 
 
296 aa  301  8.000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5388  ABC-3 protein  61.54 
 
 
288 aa  298  9e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.375408  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2228  ABC-3 protein  56.94 
 
 
289 aa  296  2e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0221  hypothetical protein  57.78 
 
 
300 aa  294  9e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.860948  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3499  ABC-3 protein  58.95 
 
 
288 aa  294  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0622  ABC-3 protein  58.97 
 
 
290 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.285827  normal  0.675779 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0677  ABC-3 protein  58.28 
 
 
290 aa  291  7e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  0.0650939 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0654  ABC-3 protein  54.8 
 
 
284 aa  290  3e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0704  ABC-3 protein  54.17 
 
 
286 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.462722  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0179  ABC-3 protein  56.9 
 
 
290 aa  285  8e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.958095 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3531  ABC-3 protein  53.19 
 
 
284 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1311  ABC-3 protein  59.52 
 
 
290 aa  282  4.0000000000000003e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3680  ABC-3 protein  53.74 
 
 
284 aa  281  8.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1143  ABC-3 protein  54.29 
 
 
294 aa  278  6e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2052  hypothetical protein  53.41 
 
 
299 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.146645  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1122  ABC-3 protein  55.91 
 
 
285 aa  272  4.0000000000000004e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000976582  unclonable  0.0000000110767 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3391  ABC-3 protein  54.68 
 
 
304 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0468601  normal  0.064332 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5660  hypothetical protein  51.96 
 
 
288 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.721685  normal  0.0964649 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3177  ABC-3 protein  51.4 
 
 
287 aa  246  3e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0351  ABC transporter, permease protein  46.45 
 
 
290 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3561  ABC-3 protein  56.03 
 
 
295 aa  211  9e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0105  cation ABC transporter, permease protein  44.09 
 
 
284 aa  211  1e-53  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.536532  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0655  ABC-3 protein  32.82 
 
 
278 aa  144  1e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00255792  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0670  ABC-3 protein  32.82 
 
 
278 aa  144  1e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0026627  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0952  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport systems, permease component  32.49 
 
 
280 aa  143  3e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.139683  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2804  ABC-3 protein  34.32 
 
 
289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1043  ABC-3 protein  32.62 
 
 
312 aa  139  6e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.151088 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2550  ABC-3 protein  31.99 
 
 
300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1599  hypothetical protein  32.07 
 
 
281 aa  133  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000345254  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0841  ABC-3 protein  32.6 
 
 
280 aa  130  3e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0291  ABC transporter, permease protein  29.74 
 
 
278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3000  ABC-3 protein  31.21 
 
 
285 aa  124  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0223089  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1439  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system, permease component  28.06 
 
 
279 aa  124  1e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.315206  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3635  ABC-3 protein  27.34 
 
 
288 aa  123  4e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2066  metal ABC transporter, permease protein  28.62 
 
 
288 aa  122  9e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0918  ABC-3 protein  34.88 
 
 
278 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0960733  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1531  manganese ABC transporter, permease protein  25.28 
 
 
277 aa  120  3e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0231944  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2573  manganese transport system membrane protein MntB  35.14 
 
 
276 aa  120  3e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.449069  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0892  ABC-3 protein  34.88 
 
 
278 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0037  manganese ABC transporter, permease  28.42 
 
 
288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000275951  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0325  chelated iron ABC transporter, permease  28.73 
 
 
280 aa  119  7e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.057736  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2965  ABC transporter permease  29.66 
 
 
288 aa  118  9e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000539845  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3190  ABC transporter permease  29.66 
 
 
288 aa  118  9e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1661  putative ABC transporter membrane protein  32.95 
 
 
303 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.726587  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2130  ABC-3 protein  29.41 
 
 
286 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0882717 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2045  ABC-3 protein  30.97 
 
 
278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00377513  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3701  ABC-3 protein  28.57 
 
 
282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1656  ABC-3 metal transporter  30.14 
 
 
283 aa  115  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.764054  hitchhiker  0.000770166 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0776  ABC-3 protein  31.65 
 
 
290 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0803  ABC-3 protein  31.65 
 
 
290 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.117912  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3358  hypothetical protein  31.88 
 
 
297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0130649  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2174  ABC-3 protein  31.54 
 
 
306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4744  ABC-3 protein  27.37 
 
 
285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2066  ABC-3 protein  29.12 
 
 
304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1702  chelated iron ABC transporter, permease protein YfeD  26.74 
 
 
297 aa  114  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1812  ABC-3 protein  26.74 
 
 
297 aa  114  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0136745  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2633  chelated iron transport system membrane protein  26.74 
 
 
297 aa  114  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.754634  normal  0.711765 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3260  ABC-3 protein  24.73 
 
 
294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00406808  normal  0.279428 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1916  ABC-3 protein  29.93 
 
 
285 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0155805  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2208  ABC-3 protein  29.93 
 
 
285 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.033424  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3405  hypothetical protein  26.88 
 
 
285 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.555758 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1013  ABC transporter  28.88 
 
 
291 aa  108  1e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.134252  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1547  ABC-3 protein  31.77 
 
 
279 aa  108  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4926  ABC-3 protein  29.86 
 
 
277 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.255252  normal  0.854448 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1236  anchored repeat-type ABC transporter, permease subunit  30.92 
 
 
287 aa  105  9e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000156655 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1256  ABC-3 protein  30.99 
 
 
280 aa  104  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.400724  hitchhiker  0.000923088 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2602  ABC-3 protein  27.44 
 
 
285 aa  103  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13210  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system, permease component  32.28 
 
 
276 aa  101  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10471  ABC transporter  27.17 
 
 
289 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.246572  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2143  ABC-3 protein  29.96 
 
 
304 aa  100  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3455  ABC-3 protein  26.81 
 
 
281 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1400  ABC-3 protein  30.83 
 
 
351 aa  100  4e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0212461  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06591  ABC transporter  27.66 
 
 
290 aa  100  4e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2603  ABC-3 protein  31.12 
 
 
275 aa  99.8  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1143  hypothetical protein  29.21 
 
 
287 aa  98.6  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06291  ABC transporter  29.25 
 
 
290 aa  98.2  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0039  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system permease components  27.82 
 
 
290 aa  97.8  2e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1485  ABC transporter  27.86 
 
 
274 aa  98.2  2e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.122101  normal  0.297655 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3725  ABC-3 protein  32.5 
 
 
441 aa  98.2  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06591  ABC transporter  29.25 
 
 
290 aa  97.8  2e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.591644  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>