41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4552 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004311  BRA0078  homospermidine synthase  67.02 
 
 		 481 aa  680    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2317  Homospermidine synthase  76.53 
 
 		 482 aa  759    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.102013  normal  0.442581 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1154  Homospermidine synthase  68.01 
 
 		 476 aa  665    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00185878 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3300  Homospermidine synthase  75.26 
 
 		 483 aa  754    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5462  Homospermidine synthase  75.95 
 
 		 478 aa  759    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.52008 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0933  Homospermidine synthase  92.87 
 
 		 476 aa  931    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2003  Homospermidine synthase  75.26 
 
 		 482 aa  749    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.205758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1078  homospermidine synthase  72.67 
 
 		 476 aa  713    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1646  homospermidine synthase  76.86 
 
 		 476 aa  754    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322403  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3707  homospermidine synthase  73.49 
 
 		 480 aa  748    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.134775  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0451  homospermidine synthase  75.64 
 
 		 476 aa  758    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.045579 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5045  homospermidine synthase  75.58 
 
 		 481 aa  745    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.501527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2042  homospermidine synthase  75.9 
 
 		 482 aa  756    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.418846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2138  homospermidine synthase  75.64 
 
 		 476 aa  744    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4263  homospermidine synthase  67.86 
 
 		 481 aa  689    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.393392  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2688  homospermidine synthase  73.24 
 
 		 483 aa  756    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.621214 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1345  homospermidine synthase  88.4 
 
 		 474 aa  892    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.284447 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3602  Homospermidine synthase  74.84 
 
 		 483 aa  749    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0921  homospermidine synthase  86.97 
 
 		 478 aa  888    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.126033  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4552  homospermidine synthase  100 
 
 		 477 aa  997    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.900238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4834  homospermidine synthase  92.44 
 
 		 478 aa  917    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.109645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0850  homospermidine synthase  91.3 
 
 		 475 aa  910    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.369039 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3423  homospermidine synthase  85.92 
 
 		 477 aa  875    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.532331  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2727  homospermidine synthase  75.16 
 
 		 481 aa  754    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0073  homospermidine synthase  66.18 
 
 		 476 aa  666    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.124838  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0956  homospermidine synthase  63.73 
 
 		 473 aa  628  1e-179  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2947  homospermidine synthase  62.92 
 
 		 472 aa  615  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0190455 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3337  homospermidine synthase  57.87 
 
 		 471 aa  538  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1354  homospermidine synthase  56.56 
 
 		 475 aa  526  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.249376 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1700  homospermidine synthase  53.19 
 
 		 486 aa  499  1e-140  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.914151  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2012  Homospermidine synthase  52.51 
 
 		 474 aa  485  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.50019  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2416  hypothetical protein  45.91 
 
 		 472 aa  433  1e-120  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2562  hypothetical protein  45.79 
 
 		 472 aa  434  1e-120  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35790  putative homospermidine synthase  44.95 
 
 		 469 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000430191  decreased coverage  6.17783e-20 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3061  homospermidine synthase  44.95 
 
 		 469 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1868  homospermidine synthase  46.14 
 
 		 470 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0878  Homospermidine synthase  38.41 
 
 		 485 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0694  homospermidine synthase  38.83 
 
 		 486 aa  324  2e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1047  homospermidine synthase  35.92 
 
 		 480 aa  305  2.0000000000000002e-81  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.129007 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2685  homospermidine synthase  36.65 
 
 		 482 aa  295  2e-78  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0137056  normal  0.192597 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2622  homospermidine synthase  37.76 
 
 		 481 aa  285  1.0000000000000001e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>