More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4547 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0938  Ornithine decarboxylase  92.37 
 
 		 380 aa  731    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1349  ornithine decarboxylase  89.74 
 
 		 380 aa  694    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.758302  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  88.95 
 
 		 380 aa  711    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.215223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4547  ornithine decarboxylase  100 
 
 		 380 aa  783    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.727864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4837  ornithine decarboxylase  94.74 
 
 		 380 aa  751    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0856  ornithine decarboxylase  93.42 
 
 		 380 aa  741    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.310254 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3419  ornithine decarboxylase  89.21 
 
 		 380 aa  715    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268803  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1649  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  75.77 
 
 		 388 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.648031  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0446  ornithine decarboxylase  75.77 
 
 		 390 aa  594  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4245  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  74.67 
 
 		 377 aa  590  1e-168  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2715  ornithine decarboxylase  74.41 
 
 		 377 aa  593  1e-168  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2320  Ornithine decarboxylase  73.37 
 
 		 388 aa  585  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  0.55371 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0100  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  74.67 
 
 		 377 aa  583  1.0000000000000001e-165  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.938006  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2006  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  73.37 
 
 		 388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.447532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2045  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  73.11 
 
 		 388 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0092  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  74.67 
 
 		 377 aa  583  1.0000000000000001e-165  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1080  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  72.11 
 
 		 376 aa  575  1.0000000000000001e-163  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143277 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  72.37 
 
 		 376 aa  576  1.0000000000000001e-163  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4655  ornithine decarboxylase  72.16 
 
 		 388 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.203932 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3689  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  72.03 
 
 		 377 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192406  normal  0.735507 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3390  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  71.77 
 
 		 377 aa  570  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151925 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1157  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  72.11 
 
 		 376 aa  570  1e-161  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214354 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3806  ornithine decarboxylase  71.5 
 
 		 377 aa  561  1.0000000000000001e-159  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.16357  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2772  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  72.3 
 
 		 377 aa  548  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  66.49 
 
 		 377 aa  531  1e-150  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3234  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  61.94 
 
 		 433 aa  479  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2057  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.58 
 
 		 376 aa  402  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1693  ornithine decarboxylase  53.02 
 
 		 421 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0801  ornithine decarboxylase  50.67 
 
 		 387 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0410  ornithine decarboxylase  50.92 
 
 		 391 aa  395  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0077  ornithine decarboxylase  50 
 
 		 391 aa  392  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12320  Ornithine decarboxylase  49.6 
 
 		 387 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5135  ornithine decarboxylase  49.6 
 
 		 387 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58630  ornithine decarboxylase  49.34 
 
 		 387 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2175  ornithine decarboxylase  50.96 
 
 		 388 aa  387  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.174065 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3392  ornithine decarboxylase  49.47 
 
 		 391 aa  388  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000026968  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4136  decarboxylase, pyridoxal-dependent  48.16 
 
 		 391 aa  382  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4247  ornithine decarboxylase  50 
 
 		 387 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4314  ornithine decarboxylase  50.28 
 
 		 387 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0146694 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2177  ornithine decarboxylase  48.81 
 
 		 390 aa  382  1e-105  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.024937  normal  0.209204 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0801  ornithine decarboxylase  49.72 
 
 		 387 aa  382  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0541  diaminopimelate decarboxylase  48.42 
 
 		 391 aa  382  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0699456  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3507  ornithine decarboxylase  48.42 
 
 		 391 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00021864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0445  ornithine decarboxylase  48.42 
 
 		 391 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00713541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3405  diaminopimelate decarboxylase  48.95 
 
 		 391 aa  384  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0864  ornithine decarboxylase  49.17 
 
 		 371 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0894  ornithine decarboxylase  49.17 
 
 		 387 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.199626 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0908  ornithine decarboxylase  49.17 
 
 		 387 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226551 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4572  pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain protein  49.72 
 
 		 359 aa  378  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5654  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.73 
 
 		 397 aa  379  1e-104  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0486  diaminopimelate decarboxylase  48.16 
 
 		 391 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000602971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3682  ornithine decarboxylase  48.16 
 
 		 391 aa  381  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00110632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0576  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.98 
 
 		 392 aa  380  1e-104  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0465  diaminopimelate decarboxylase  48.16 
 
 		 391 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000104832  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3075  diaminopimelate decarboxylase  48.28 
 
 		 391 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000605202  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3854  diaminopimelate decarboxylase  48.16 
 
 		 391 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000739123  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0489  Diaminopimelate decarboxylase  48.16 
 
 		 391 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000118387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0801  ornithine decarboxylase  49.01 
 
 		 389 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3110  ornithine decarboxylase  52.39 
 
 		 390 aa  370  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0037  ornithine decarboxylase  48.95 
 
 		 391 aa  367  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0029  ornithine decarboxylase  48.95 
 
 		 391 aa  364  1e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1109  pyridoxal-dependent family decarboxylase  47.68 
 
 		 389 aa  363  3e-99  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2180  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.74 
 
 		 376 aa  360  2e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0693915  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1375  ornithine decarboxylase  52.53 
 
 		 398 aa  360  3e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1416  ornithine decarboxylase  47.81 
 
 		 392 aa  359  4e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24620  ornithine decarboxylase  47.92 
 
 		 389 aa  355  5e-97  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0531  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.44 
 
 		 390 aa  306  5.0000000000000004e-82  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.077204  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.18 
 
 		 388 aa  299  7e-80  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.38 
 
 		 393 aa  298  8e-80  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.38 
 
 		 388 aa  298  1e-79  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1333  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.54 
 
 		 386 aa  295  7e-79  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000335599  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5043  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.73 
 
 		 403 aa  292  9e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  38.59 
 
 		 400 aa  256  5e-67  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.5 
 
 		 391 aa  209  7e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3803  Ornithine decarboxylase  33.51 
 
 		 392 aa  201  1.9999999999999998e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.390604  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.57 
 
 		 379 aa  187  2e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.44 
 
 		 379 aa  171  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03846  ornithine decarboxylase (Eurofung)  33.15 
 
 		 434 aa  169  6e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000212473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.61 
 
 		 404 aa  169  9e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.19 
 
 		 397 aa  166  8e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.627883  normal  0.114267 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0274  ornithine decarboxylase  31.13 
 
 		 398 aa  157  4e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000805907  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0258  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.87 
 
 		 420 aa  152  8e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90612  ornithine decarboxylase  30.51 
 
 		 458 aa  152  1e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.253647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2321  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.4 
 
 		 387 aa  145  9e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671563  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3089  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.22 
 
 		 381 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.334962 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12642  ornithine decarboxylase 2  28.79 
 
 		 390 aa  142  8e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0840  putative decarboxylase, pyridoxal-dependent  32.95 
 
 		 396 aa  140  3.9999999999999997e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0377  ornithine decarboxylase  32.72 
 
 		 417 aa  139  8.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.412388  normal  0.928081 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2895  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.44 
 
 		 382 aa  139  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000922142 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1991  putative ornithine decarboxylase  30.59 
 
 		 381 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.709374  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0701  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.59 
 
 		 381 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  31.36 
 
 		 427 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  31.36 
 
 		 427 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0731  ornithine decarboxylase  32.56 
 
 		 400 aa  136  8e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  29 
 
 		 418 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  31.07 
 
 		 427 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  31.61 
 
 		 415 aa  134  3e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  30 
 
 		 420 aa  130  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  28.68 
 
 		 417 aa  129  9.000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1197  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.95 
 
 		 397 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>