More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4521 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6960  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative signal peptide  74.68 
 
 		 464 aa  705    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2957  lytic murein transglycosylase  77.29 
 
 		 470 aa  672    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.344089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 464 aa  947    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  74.14 
 
 		 451 aa  706    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4363  lytic murein transglycosylase  83.69 
 
 		 469 aa  773    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1132  lytic murein transglycosylase  80.76 
 
 		 481 aa  669    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  83.11 
 
 		 461 aa  738    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  57.62 
 
 		 443 aa  476  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  48.66 
 
 		 398 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  48.93 
 
 		 398 aa  365  1e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  46.28 
 
 		 445 aa  352  8e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  46.01 
 
 		 445 aa  352  1e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  45.74 
 
 		 427 aa  351  1e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1704  lytic murein transglycosylase  49.44 
 
 		 400 aa  350  4e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.030456  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  47.47 
 
 		 404 aa  349  7e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  46.62 
 
 		 429 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  46.4 
 
 		 398 aa  343  4e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03307  transglycolase  47.33 
 
 		 720 aa  333  5e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0752099  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  45.19 
 
 		 438 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  45.45 
 
 		 440 aa  329  7e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0041  lytic murein transglycosylase  45.99 
 
 		 398 aa  329  7e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.765237  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  44.89 
 
 		 438 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  45.72 
 
 		 398 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  44.89 
 
 		 438 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  45.16 
 
 		 438 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  44.92 
 
 		 398 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  45.99 
 
 		 398 aa  326  5e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  45.41 
 
 		 438 aa  325  1e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  46.3 
 
 		 413 aa  325  1e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  45.77 
 
 		 413 aa  324  2e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  45.65 
 
 		 417 aa  324  2e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  45.74 
 
 		 419 aa  323  4e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  43.78 
 
 		 421 aa  323  6e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  48.03 
 
 		 418 aa  322  8e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  45.72 
 
 		 422 aa  322  8e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  46.47 
 
 		 448 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  44.33 
 
 		 409 aa  319  6e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  43.86 
 
 		 418 aa  317  3e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  41.55 
 
 		 448 aa  317  4e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4047  lytic murein transglycosylase  46.44 
 
 		 423 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  44.72 
 
 		 438 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0357  lytic murein transglycosylase  43.62 
 
 		 514 aa  310  5e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  44.47 
 
 		 470 aa  306  4.0000000000000004e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  43.05 
 
 		 419 aa  301  1e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  40.53 
 
 		 455 aa  301  2e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  43.16 
 
 		 417 aa  298  2e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  43.62 
 
 		 415 aa  297  3e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1233  lytic murein transglycosylase  42.19 
 
 		 405 aa  297  3e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0329877 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  42.34 
 
 		 432 aa  296  6e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  41.67 
 
 		 424 aa  295  1e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  43.65 
 
 		 430 aa  295  1e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  44.05 
 
 		 474 aa  293  4e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  43.78 
 
 		 466 aa  291  2e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  39.81 
 
 		 434 aa  289  9e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3727  lytic murein transglycosylase  41.58 
 
 		 405 aa  288  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3356  lytic murein transglycosylase  41.58 
 
 		 430 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2708  lytic murein transglycosylase  40.8 
 
 		 405 aa  285  2.0000000000000002e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.384305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3612  lytic murein transglycosylase  41.05 
 
 		 407 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0852  type III helper protein HopAJ1  40.4 
 
 		 413 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3314  lytic murein transglycosylase  40.99 
 
 		 407 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1952  transglycolase  39.63 
 
 		 491 aa  282  8.000000000000001e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1174  lytic murein transglycosylase  42.86 
 
 		 392 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  37.17 
 
 		 409 aa  281  2e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1972  lytic murein transglycosylase  42.65 
 
 		 486 aa  281  2e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000382948  normal  0.768189 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  44.05 
 
 		 457 aa  280  6e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0286  lytic murein transglycosylase  40 
 
 		 474 aa  279  7e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2246  lytic murein transglycosylase  39.37 
 
 		 490 aa  279  8e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.27518 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  41.82 
 
 		 393 aa  279  1e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  39.79 
 
 		 438 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  41.82 
 
 		 393 aa  277  3e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  39.95 
 
 		 410 aa  276  7e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  39.53 
 
 		 438 aa  276  8e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  39.53 
 
 		 411 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  39.53 
 
 		 436 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0064  putative transglycosylase  39.9 
 
 		 412 aa  275  2.0000000000000002e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  39.4 
 
 		 439 aa  272  1e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03184  putative transglycosylase protein  41.93 
 
 		 390 aa  271  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0378496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4273  lytic murein transglycosylase  39.63 
 
 		 412 aa  271  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2740  lytic murein transglycosylase  41.21 
 
 		 407 aa  271  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.788715  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  37.7 
 
 		 421 aa  270  2.9999999999999997e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  41.62 
 
 		 400 aa  270  4e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  37.56 
 
 		 430 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  37.16 
 
 		 424 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  36.62 
 
 		 395 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0070  transglycosylase, putative  39.37 
 
 		 408 aa  266  4e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.18416  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  38.46 
 
 		 433 aa  267  4e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  38.67 
 
 		 424 aa  267  4e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  38.67 
 
 		 395 aa  266  5.999999999999999e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1807  lytic murein transglycosylase  42.05 
 
 		 391 aa  266  7e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.230491 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  40.48 
 
 		 462 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1902  lytic murein transglycosylase  36.66 
 
 		 435 aa  265  1e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  40.48 
 
 		 413 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  38.28 
 
 		 395 aa  265  2e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  39.1 
 
 		 454 aa  263  3e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  38.57 
 
 		 377 aa  263  6e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  40.43 
 
 		 411 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3846  lytic murein transglycosylase  40.35 
 
 		 416 aa  260  4e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.977376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  38.89 
 
 		 415 aa  260  4e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2522  lytic murein transglycosylase  42.34 
 
 		 406 aa  259  7e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  38.75 
 
 		 401 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>