79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4446 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3083  chlorophyll major facilitator superfamily (MFS) exporter PucC  74.08 
 
 		 475 aa  635    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3785  PUCC protein  94.5 
 
 		 475 aa  842    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0284698 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2398  PUCC protein  94.71 
 
 		 475 aa  843    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.6432  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3787  PUCC protein  80.6 
 
 		 483 aa  695    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1240  PUCC protein  80.59 
 
 		 484 aa  699    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000359132  unclonable  0.0000000283623 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4446  PucC chlorophyll MFS exporter  100 
 
 		 473 aa  918    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4031  PucC protein, chlorophyll MFS exporter  98.52 
 
 		 473 aa  908    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.344544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1680  PUCC protein  84.45 
 
 		 478 aa  756    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2898  pucC  60.18 
 
 		 467 aa  500  1e-140  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2037  PUCC protein  60.85 
 
 		 476 aa  495  1e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0979  PUCC protein  58.8 
 
 		 459 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6412  photosynthetic complex (LH1) assembly protein LhaA  58.94 
 
 		 477 aa  483  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1583  PUCC protein  61.35 
 
 		 465 aa  481  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0315  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  58.8 
 
 		 459 aa  475  1e-133  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1960  PUCC protein  58.8 
 
 		 459 aa  475  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.77527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0618  PUCC protein  56.41 
 
 		 480 aa  474  1e-132  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.328427  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1318  PUCC protein  58.4 
 
 		 477 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153345  normal  0.172961 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4811  PUCC protein  60.88 
 
 		 481 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3723  PUCC protein  61.09 
 
 		 476 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0690908 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3731  PUCC protein  57.98 
 
 		 477 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.532821  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1735  PUCC protein  57.56 
 
 		 477 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5356  PUCC protein  60.22 
 
 		 481 aa  456  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3976  LhaA protein  58.76 
 
 		 477 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.197279 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1843  PUCC protein  58.72 
 
 		 475 aa  444  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.085296 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5278  PUCC protein  60.66 
 
 		 481 aa  442  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3539  PUCC protein  53.61 
 
 		 481 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0156  PUCC protein  53.25 
 
 		 478 aa  384  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0290  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  53.88 
 
 		 479 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1933  PUCC protein  53.88 
 
 		 479 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1005  PUCC protein  53.88 
 
 		 479 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.516888 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1632  PUCC protein  47.53 
 
 		 475 aa  365  1e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.369944  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2893  PUCC protein  39.19 
 
 		 474 aa  239  1e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00562586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2807  PUCC protein  35.57 
 
 		 472 aa  218  1e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3165  PUCC protein  37.14 
 
 		 474 aa  218  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1903  PUCC protein  33.93 
 
 		 433 aa  164  3e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453505 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1287  PUCC protein  32.07 
 
 		 432 aa  160  3e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1022  PUCC protein  31.47 
 
 		 434 aa  146  9e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3432  PUCC protein  29.79 
 
 		 434 aa  143  6e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0654139 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0355  PUCC protein  27.91 
 
 		 488 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.446739 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0028  PUCC protein  25.57 
 
 		 477 aa  134  3e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.30591  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1543  PUCC protein  33.01 
 
 		 433 aa  131  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000848404 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3332  PUCC protein  25.65 
 
 		 481 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0614362 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0911  PUCC protein  29 
 
 		 449 aa  125  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.592939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0459  PUCC protein  27.38 
 
 		 478 aa  124  5e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.222585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1461  PucC protein  30.75 
 
 		 449 aa  123  6e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.833113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3746  PUCC protein  29.3 
 
 		 447 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00047851 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1762  hypothetical protein  30.73 
 
 		 483 aa  123  7e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0990  PUCC protein  28.6 
 
 		 452 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1707  PUCC protein  25.64 
 
 		 487 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0658  PUCC protein  26.67 
 
 		 472 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.573961 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1689  PUCC protein  25.64 
 
 		 487 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3991  light harvesting pigment MFS transporter Bch2  29.36 
 
 		 447 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.772479  normal  0.25213 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1303  PUCC protein  30.02 
 
 		 452 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1601  PUCC protein  29.89 
 
 		 447 aa  120  6e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1668  PUCC protein  29.18 
 
 		 448 aa  120  7.999999999999999e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1560  PUCC protein  28.77 
 
 		 450 aa  119  9.999999999999999e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.507042  hitchhiker  0.000951091 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1720  PUCC protein  28.82 
 
 		 438 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1912  PUCC protein  27.83 
 
 		 457 aa  107  6e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.199112  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0518  PUCC protein  27.31 
 
 		 449 aa  105  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0628  PUCC protein  29.65 
 
 		 449 aa  105  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319243  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3529  PUCC protein  28.12 
 
 		 433 aa  105  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.513682 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1849  PUCC protein  28.5 
 
 		 448 aa  104  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6423  light harvesting pigment major facilitator family (MFS) transporter, Bch2-like protein  28.81 
 
 		 444 aa  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03411  Na+/melibiose symporter  25.3 
 
 		 472 aa  103  6e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1017  PUCC protein  27.36 
 
 		 427 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0689  PucC protein  27.17 
 
 		 448 aa  101  4e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.85813  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2062  PUCC protein  29.19 
 
 		 455 aa  99  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.035842 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5366  PUCC protein  29.16 
 
 		 455 aa  98.2  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.238327  normal  0.20788 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1921  PUCC protein  27.5 
 
 		 427 aa  96.7  9e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.824161 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1534  PUCC protein  27.15 
 
 		 457 aa  96.3  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00123663  hitchhiker  0.002835 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0278  putative light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC  27.25 
 
 		 427 aa  94  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0166  PUCC protein  31.4 
 
 		 417 aa  92.4  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3713  PUCC protein  31.8 
 
 		 448 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368833  hitchhiker  0.000507532 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1652  light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC-like  27.63 
 
 		 459 aa  89  2e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5288  PUCC protein  30.28 
 
 		 458 aa  84.3  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4821  PUCC protein  30.18 
 
 		 459 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.052711 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3131  PUCC protein  24.94 
 
 		 452 aa  79.7  0.00000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.400987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1853  PUCC protein  28.79 
 
 		 512 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0108975 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0707  hypothetical protein  25.12 
 
 		 463 aa  44.3  0.005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>