191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4401 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2296  TonB-dependent receptor  75.93 
 
 
752 aa  1172    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.339438 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4401  TonB-dependent receptor  100 
 
 
756 aa  1535    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.78723  normal  0.0995472 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2622  TonB-dependent receptor plug  73.81 
 
 
743 aa  1130    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00560047  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0296  TonB-dependent receptor  40.79 
 
 
652 aa  413  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4268  GntR domain-containing protein  37.59 
 
 
644 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3056  TonB dependent-iron siderophore receptor  37.95 
 
 
644 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3784  TonB-dependent receptor  37.65 
 
 
644 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.60396 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2610  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 
665 aa  216  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.846582 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1093  TonB dependent receptor domain-containing protein  29.19 
 
 
654 aa  213  1e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1190  TonB dependent receptor domain-containing protein  28.87 
 
 
661 aa  210  9e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0340628  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3532  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.79 
 
 
657 aa  187  7e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.339275  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3918  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 
681 aa  183  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0796  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 
649 aa  179  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0550386  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1602  TonB-dependent receptor, plug  29.06 
 
 
652 aa  177  6e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.218944 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1239  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  26.67 
 
 
646 aa  160  9e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1746  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 
668 aa  154  8.999999999999999e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0996  enterobactin receptor VctA  26.06 
 
 
659 aa  147  8.000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000420276  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1906  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 
693 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0435  heavy metal transport/detoxification protein  25.19 
 
 
668 aa  137  9e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0389  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 
667 aa  128  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06114  hypothetical protein  29.72 
 
 
490 aa  126  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0966  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.77 
 
 
696 aa  126  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942987  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1306  iron-regulated outer membrane protein  24.7 
 
 
692 aa  125  3e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000656516  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3414  TonB-dependent receptor  35.34 
 
 
687 aa  124  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1054  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.68 
 
 
696 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000147815  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3338  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.61 
 
 
696 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000719833  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1945  TonB-dependent receptor, plug  31.25 
 
 
300 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583164  normal  0.445387 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1021  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.68 
 
 
696 aa  117  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000037848  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0952  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.93 
 
 
696 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000391517  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000326  enterobactin receptor VctA  23.67 
 
 
668 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000334593  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0859  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  23.53 
 
 
676 aa  112  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32697  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3669  heme transport protein  23.24 
 
 
697 aa  111  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3235  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.94 
 
 
695 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000386167  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2159  TonB-dependent receptor  22.86 
 
 
684 aa  110  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0790  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  21.11 
 
 
690 aa  109  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000110471  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1564  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 
654 aa  102  2e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.364337  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3327  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.81 
 
 
688 aa  101  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0926253  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4510  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  27.37 
 
 
867 aa  101  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531112  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  26.74 
 
 
862 aa  100  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  27.07 
 
 
859 aa  100  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  27.17 
 
 
861 aa  99  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0387  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 
683 aa  97.4  9e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.84983  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1284  TonB-dependent outer membrane heme receptor  27.47 
 
 
857 aa  94  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4004  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.22 
 
 
681 aa  94  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.371484 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1005  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  26.48 
 
 
862 aa  92.8  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.14 
 
 
862 aa  92.8  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1912  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  22.72 
 
 
697 aa  89.4  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0648198 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1017  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  30.22 
 
 
704 aa  82.4  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0112436  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  28.64 
 
 
698 aa  80.9  0.00000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  29.7 
 
 
693 aa  80.1  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4089  putative heme utilization protein precursor  24.58 
 
 
851 aa  80.5  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1519  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.97 
 
 
677 aa  77.8  0.0000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4195  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.55 
 
 
849 aa  77  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3699  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.89 
 
 
1186 aa  77  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0724462  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3030  putaive Fe-regulated protein B precursor  25.33 
 
 
693 aa  75.1  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000310305  hitchhiker  0.000241006 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1440  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  30.3 
 
 
685 aa  73.6  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0111178  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47380  putative heme utilization protein precursor  23.45 
 
 
851 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0440985  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0672  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.94 
 
 
694 aa  71.6  0.00000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41127  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3043  TonB-dependent siderophore receptor  30.77 
 
 
819 aa  70.1  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.635062  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  26.37 
 
 
712 aa  69.3  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1603  TonB-dependent receptor, plug  26.43 
 
 
771 aa  68.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0535477  unclonable  0.000000514373 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5426  outer membrane hemin receptor  26.76 
 
 
764 aa  68.2  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1976  TonB-dependent siderophore receptor  32.2 
 
 
829 aa  68.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.935502  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2779  TonB-dependent siderophore receptor  31.61 
 
 
863 aa  67.8  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62350  putative haem/haemoglobin uptake outer membrane receptor PhuR precursor  26.76 
 
 
764 aa  67.8  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3314  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 
973 aa  67  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.510297 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4591  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.09 
 
 
743 aa  66.6  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.880102  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0725  TonB-dependent receptor protein  37.5 
 
 
633 aa  65.5  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.321904  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0590  hemoglobin and hemoglobin-haptoglobin binding protein B  24.19 
 
 
998 aa  65.9  0.000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2395  TonB-dependent siderophore receptor  35.2 
 
 
812 aa  65.1  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3544  TonB-dependent siderophore receptor  27.49 
 
 
808 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64710  putative extracellular heme-binding protein  28.45 
 
 
989 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.572363  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2193  TonB-dependent siderophore receptor  28.24 
 
 
817 aa  64.3  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.819603  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1338  TonB-dependent siderophore receptor  39.83 
 
 
815 aa  64.3  0.000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1732  TonB-dependent siderophore receptor  29.6 
 
 
864 aa  63.5  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0884061  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3446  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.05 
 
 
717 aa  63.9  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.494808  decreased coverage  0.00031135 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4535  TonB-dependent siderophore receptor  37.61 
 
 
778 aa  63.5  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.453333 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1006  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.16 
 
 
759 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4273  TonB-dependent receptor protein  24.1 
 
 
791 aa  62  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.12812  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1817  TonB-dependent siderophore receptor  27.6 
 
 
808 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673878  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0449  transferrin-binding protein A  23.53 
 
 
992 aa  61.2  0.00000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0459359  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0728  hemin receptor, outer membrane protein  24.24 
 
 
314 aa  59.7  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.403402  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3601  TonB-dependent siderophore receptor  40 
 
 
836 aa  59.3  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.743224  normal  0.189186 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  29.45 
 
 
728 aa  59.3  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004277  TonB-dependent heme receptor  24.4 
 
 
730 aa  58.9  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1720  heme uptake outer membrane receptor HasR precursor  27.03 
 
 
885 aa  58.2  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95463  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2049  TonB-dependent siderophore receptor  40.2 
 
 
833 aa  58.5  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0931  TonB-dependent siderophore receptor  38 
 
 
809 aa  58.5  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.79278  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0162  TonB-dependent iron siderophore receptor  26.43 
 
 
778 aa  58.5  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2881  TonB-dependent siderophore receptor  37.4 
 
 
821 aa  58.2  0.0000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.196032  normal  0.431289 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3802  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  37.25 
 
 
660 aa  58.2  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.241464 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4857  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  37.25 
 
 
660 aa  58.2  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.803267 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4191  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.06 
 
 
734 aa  57.8  0.0000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398881  normal  0.278972 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2503  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  28.65 
 
 
744 aa  56.6  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.955771  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2169  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  30.57 
 
 
694 aa  56.2  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.108589 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1440  TonB-dependent siderophore receptor  42.86 
 
 
827 aa  56.6  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4121  TonB-dependent siderophore receptor  23.19 
 
 
791 aa  56.2  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20010  heme uptake outer membrane receptor HasR precursor  25.68 
 
 
891 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0486368  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3544  TonB-dependent siderophore receptor  26.1 
 
 
844 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.40142  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1741  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  30 
 
 
661 aa  54.7  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000016514  normal  0.0458944 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>