More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4067 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1647  cobalamin synthesis protein P47K  89.14 
 
 		 402 aa  733    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4067  cobalamin synthesis protein, P47K  100 
 
 		 403 aa  823    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2183  hypothetical protein  72.25 
 
 		 404 aa  588  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.233817  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2385  cobalamin synthesis protein P47K  71.11 
 
 		 401 aa  587  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2719  cobalamin synthesis protein P47K  70.1 
 
 		 401 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0234236  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1120  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  68.75 
 
 		 400 aa  577  1.0000000000000001e-163  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.201392  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1025  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  68.75 
 
 		 400 aa  577  1.0000000000000001e-163  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4174  cobalamin synthesis protein P47K  68.75 
 
 		 401 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2829  cobalamin synthesis protein P47K  66.58 
 
 		 406 aa  546  1e-154  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.62152 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2707  cobalamin synthesis protein P47K  67.08 
 
 		 405 aa  541  1e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.217107 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2934  cobalamin synthesis protein P47K  66.83 
 
 		 406 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608688 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1091  cobalamin synthesis protein P47K  66.08 
 
 		 406 aa  533  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0862  cobalamin synthesis protein P47K  66.92 
 
 		 406 aa  528  1e-149  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00398183 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2203  putative regulatory protein (nitrile hydratase activator like)  67.09 
 
 		 401 aa  526  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.514388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2592  putative 47 kDa protein  66.58 
 
 		 403 aa  525  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00869737 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2487  putative 47 kDa protein  63.93 
 
 		 401 aa  526  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3502  cobalamin synthesis protein, P47K  63.66 
 
 		 410 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.461262 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2119  cobalamin synthesis protein P47K  65.14 
 
 		 393 aa  519  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0323303 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2254  cobalamin synthesis protein, P47K  62.59 
 
 		 403 aa  517  1.0000000000000001e-145  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0080  cobalamin synthesis protein, P47K  62.44 
 
 		 404 aa  512  1e-144  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1338  cobalamin synthesis protein, P47K  62.84 
 
 		 407 aa  513  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3393  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  63.09 
 
 		 399 aa  510  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0189919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6213  cobalamin synthesis protein P47K  62.25 
 
 		 403 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.575624  normal  0.0528203 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3566  cobalamin synthesis protein, P47K  63.09 
 
 		 399 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.107446  normal  0.0714729 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6215  cobalamin synthesis protein P47K  63.38 
 
 		 407 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.103879 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6409  cobalamin synthesis protein P47K  59.6 
 
 		 410 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6411  cobalamin synthesis protein P47K  61.01 
 
 		 394 aa  482  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.352865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1231  cobalamin synthesis protein, P47K  59.75 
 
 		 406 aa  479  1e-134  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.201771 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2441  cobalamin synthesis protein P47K  59.55 
 
 		 416 aa  471  1e-132  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1098  cobalamin synthesis protein P47K  60.65 
 
 		 397 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118986 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0316  cobalamin synthesis protein/P47K  60.35 
 
 		 423 aa  462  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3649  cobalamin synthesis protein P47K  60.55 
 
 		 423 aa  461  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493761  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4936  cobalamin synthesis protein P47K  59.45 
 
 		 402 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.753815 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3034  cobalamin synthesis protein, P47K  59.7 
 
 		 423 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0820283  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5332  cobalamin synthesis protein, P47K  59.7 
 
 		 423 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2135  cobalamin synthesis protein P47K  58.54 
 
 		 407 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.847477  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3105  cobalamin synthesis protein, P47K  57.64 
 
 		 417 aa  452  1.0000000000000001e-126  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.934746  normal  0.32479 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0192  cobalamin synthesis protein, P47K  55.8 
 
 		 410 aa  444  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2945  cobalamin synthesis protein P47K  57.72 
 
 		 406 aa  439  9.999999999999999e-123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.879984  hitchhiker  0.0065134 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4536  cobalamin synthesis protein, P47K  55.64 
 
 		 401 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1980  hypothetical protein  53.83 
 
 		 402 aa  441  9.999999999999999e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0097799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0608  cobalamin synthesis protein P47K  58.33 
 
 		 408 aa  438  9.999999999999999e-123  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.452974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0399  cobalamin synthesis protein P47K  54.25 
 
 		 441 aa  437  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.414566  normal  0.973857 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6337  hypothetical protein  55.22 
 
 		 400 aa  435  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0299  cobalamin synthesis protein, P47K  53.28 
 
 		 415 aa  436  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.376987  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1446  cobalamin synthesis protein P47K  53.15 
 
 		 403 aa  432  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.454825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5655  cobalamin synthesis protein/P47K  56.25 
 
 		 401 aa  431  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.108679 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73010  hypothetical protein  54.98 
 
 		 400 aa  431  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00487394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03818  nitrile hydratase activator  53.21 
 
 		 441 aa  430  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3017  cobalamin synthesis protein P47K  56.96 
 
 		 415 aa  429  1e-119  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.168872  normal  0.358971 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1815  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  52.99 
 
 		 402 aa  427  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.22864  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0639  cobalamin synthesis protein P47K  55.16 
 
 		 402 aa  427  1e-118  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000744918  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22980  Cobalamin synthesis protein  54.64 
 
 		 401 aa  427  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3705  cobalamin synthesis protein P47K  57.11 
 
 		 435 aa  424  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3679  cobalamin synthesis protein, P47K  56.99 
 
 		 405 aa  424  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.191921  normal  0.393021 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0064  cobalamin synthesis protein P47K  54.24 
 
 		 436 aa  423  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3382  cobalamin synthesis protein P47K  56.62 
 
 		 435 aa  424  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5526  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  54.73 
 
 		 403 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5269  cobalamin synthesis protein, P47K  54.14 
 
 		 402 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5139  cobalamin synthesis protein P47K  53.58 
 
 		 402 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.522234 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0054  cobalamin synthesis protein, P47K  53.98 
 
 		 436 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5361  CobW/P47K family protein  53.63 
 
 		 402 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0083  cobalamin synthesis protein P47K  53.46 
 
 		 437 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1533  cobalamin synthesis protein P47K  55.53 
 
 		 422 aa  418  9.999999999999999e-116  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5075  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  54.36 
 
 		 402 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0065  cobalamin synthesis protein P47K  53.22 
 
 		 433 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3246  cobalamin synthesis protein/P47K  53.75 
 
 		 437 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.499544 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1101  cobalamin synthesis protein P47K  52.07 
 
 		 442 aa  415  9.999999999999999e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5410  cobalamin synthesis protein P47K  53.63 
 
 		 401 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589592 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0006  cobalamin synthesis protein, P47K  53.7 
 
 		 470 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273813  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0064  cobalamin synthesis protein, P47K  53.7 
 
 		 437 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1193  hypothetical protein  51.61 
 
 		 442 aa  412  1e-114  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.619068  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0045  hypothetical protein  55.56 
 
 		 424 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3934  cobalamin synthesis protein P47K  53.04 
 
 		 438 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2626  cobalamin synthesis protein P47K  52.78 
 
 		 395 aa  407  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.53013 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0005  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  53.35 
 
 		 519 aa  404  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4503  putative cobalamin synthesis protein/P47K  52.8 
 
 		 438 aa  402  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1720  cobalamin synthesis protein P47K  51.77 
 
 		 396 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00319553  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2614  cobalamin synthesis protein P47K  53.38 
 
 		 410 aa  399  9.999999999999999e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.729102 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0005  CobW/P47K family protein  50.36 
 
 		 446 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1893  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  50.12 
 
 		 446 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2789  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  50.36 
 
 		 446 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0635224  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0218  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  50.36 
 
 		 446 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3520  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  50.36 
 
 		 446 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3630  cobalamin synthesis protein P47K  50.25 
 
 		 399 aa  393  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0621429 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0005  CobW/P47K family protein  50.48 
 
 		 446 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.938262  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3014  cobalamin synthesis protein, P47K  53.13 
 
 		 540 aa  390  1e-107  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0581  cobalamin synthesis protein P47K  50.63 
 
 		 394 aa  390  1e-107  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0485  cobalamin synthesis protein P47K  48.22 
 
 		 400 aa  374  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0473  cobalamin synthesis protein, P47K  48.22 
 
 		 400 aa  374  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1611  cobalamin synthesis protein  46.82 
 
 		 395 aa  369  1e-101  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.661095  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2212  cobalamin synthesis protein P47K  48.77 
 
 		 423 aa  370  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.614725  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1776  putative cobalamin synthesis protein  46.19 
 
 		 395 aa  367  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.909372  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1836  cobalamin synthesis protein, putative  47.21 
 
 		 395 aa  367  1e-100  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.196672  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1633  cobalamin synthesis protein  46.56 
 
 		 527 aa  367  1e-100  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0829989  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1584  cobalamin synthesis protein  46.45 
 
 		 395 aa  366  1e-100  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0280902  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1760  cobalamin synthesis protein  46.45 
 
 		 395 aa  366  1e-100  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3568  putative cobalamin synthesis protein  46.19 
 
 		 395 aa  365  1e-100  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.490171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1810  putative cobalamin synthesis protein  46.82 
 
 		 395 aa  368  1e-100  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2062  cobalamin synthesis protein P47K  48.36 
 
 		 397 aa  364  1e-99  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.410151  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>