More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4063 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4063  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 256 aa  520  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5518  transcriptional regulator, GntR family  59.32 
 
 		 241 aa  301  8.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0560672  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1119  GntR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.196429 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3895  putative transcriptional regulator  33.06 
 
 		 249 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.221719  normal  0.3606 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3509  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393643  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  30.96 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1294  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 243 aa  89  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.014181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2038  GntR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 247 aa  89  8e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.335666 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3135  transcriptional regulator GntR  31.19 
 
 		 247 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4023  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 243 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1697  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1691  GntR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 276 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0269955  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0267  GntR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0756  DNA-binding transcriptional repressor MngR  29.95 
 
 		 240 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0649  DNA-binding transcriptional repressor MngR  30.54 
 
 		 240 aa  84  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3762  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 264 aa  83.2  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  29.21 
 
 		 240 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  29.21 
 
 		 240 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  29.21 
 
 		 240 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  29.21 
 
 		 240 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2799  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 243 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.726282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 256 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0694  transcriptional regulator  29.1 
 
 		 266 aa  81.6  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  28.71 
 
 		 240 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 249 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5014  GntR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 249 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5870  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 260 aa  79.7  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1898  GntR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000197182  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5389  GntR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 260 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2738  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 256 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4179  regulatory protein GntR HTH  30.28 
 
 		 243 aa  78.6  0.00000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 244 aa  77  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 256 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 256 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 256 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 255 aa  76.6  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 248 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4840  GntR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 270 aa  75.9  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1749  transcriptional regulator, GntR family  29.15 
 
 		 249 aa  75.5  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.37809  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1196  GntR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 248 aa  75.5  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3203  transcriptional regulator, GntR family  26.15 
 
 		 249 aa  75.5  0.0000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05542  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  25.63 
 
 		 273 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  25.32 
 
 		 270 aa  74.7  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  26.38 
 
 		 243 aa  74.7  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 256 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 243 aa  75.1  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4635  transcriptional regulator, GntR family  24.17 
 
 		 250 aa  74.7  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000503298  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0801  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 238 aa  75.1  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.912886  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1903  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  27.76 
 
 		 266 aa  73.9  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.380423 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0543  GntR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 254 aa  74.7  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.464871  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5259  transcriptional regulator, GntR family  29.83 
 
 		 254 aa  74.3  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0194  transcriptional regulator, GntR family  25.65 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000195939  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 249 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000127927  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5996  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 274 aa  73.9  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.473556  normal  0.0312743 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 243 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 248 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2619  transcriptional regulator, GntR family  26.92 
 
 		 252 aa  71.6  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1554  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 241 aa  71.2  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00139668  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1926  GntR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 270 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4080  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  27.78 
 
 		 255 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.515439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0426  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 232 aa  71.6  0.00000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2760  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 231 aa  70.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0304853  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.03 
 
 		 253 aa  70.1  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 253 aa  70.1  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2745  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1251  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 245 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116745  normal  0.0613053 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0968  GntR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0972  GntR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0283  GntR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0046  transcriptional regulator, GntR family  28.19 
 
 		 244 aa  69.3  0.00000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1096  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.113015  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0081  histidine utilization repressor  24.24 
 
 		 234 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0791  transcriptional regulator, GntR family  27.16 
 
 		 261 aa  68.9  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0016  GntR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 248 aa  68.9  0.00000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15470  regulatory protein GntR HTH  41.05 
 
 		 321 aa  68.9  0.00000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230103  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  28.46 
 
 		 241 aa  68.9  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 247 aa  68.9  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03225  predicted DNA-binding transcriptional regulator  23.31 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0338  transcriptional regulator, GntR family  23.31 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03035  transcription regulator protein  26.2 
 
 		 240 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.838829  normal  0.141117 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3844  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  23.31 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3570  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  23.31 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03177  hypothetical protein  23.31 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  25.42 
 
 		 247 aa  68.2  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4012  transcriptional regulator, GntR family  28.19 
 
 		 240 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.696075  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4125  transcriptional regulator, GntR family  28.19 
 
 		 240 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3752  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  23.31 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1166  GntR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 261 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.448437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0338  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  23.31 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.456013 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2432  GntR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 240 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4687  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  23.73 
 
 		 265 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 225 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>