More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4060 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4060  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 		 256 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5517  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.73 
 
 		 256 aa  337  9.999999999999999e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.16627  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21990  ABC transporter, inner membrane permease component  56.3 
 
 		 273 aa  264  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1188  taurine ABC transporter, permease protein  46.55 
 
 		 250 aa  208  6e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0612406  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.09 
 
 		 267 aa  201  9e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 		 280 aa  190  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.228654 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.24 
 
 		 256 aa  181  9.000000000000001e-45  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 		 279 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33405  hitchhiker  0.000710194 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.71 
 
 		 279 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.588836 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 		 279 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0570948  normal  0.0921514 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5321  taurine ABC transporter, permease protein  38.3 
 
 		 285 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0254  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.49 
 
 		 279 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 		 279 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 		 255 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.135552 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 		 412 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3936  taurine transporter subunit  36.25 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4564  taurine transporter subunit  35.32 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.746145 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0260  taurine transporter subunit  36.25 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3693  taurine transporter subunit  36.25 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0620  permease component of taurine ABC transporter  37.55 
 
 		 253 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00192231  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2019  taurine ABC transporter, permease protein  37.55 
 
 		 285 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.484134  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0697  taurine ABC transporter, permease protein  37.55 
 
 		 283 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2133  taurine ABC transporter, permease protein  37.55 
 
 		 283 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.186654  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1580  taurine ABC transporter, permease protein  37.55 
 
 		 253 aa  156  4e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.477521  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1171  taurine ABC transporter permease  38.05 
 
 		 272 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.104716  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2220  taurine ABC transporter, permease protein  37.55 
 
 		 283 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215273  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6225  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  39.51 
 
 		 320 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 		 283 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3058  taurine ABC transporter, permease protein  36.29 
 
 		 274 aa  152  5e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 		 321 aa  151  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0085  taurine ABC transporter inner membrane protein  39.92 
 
 		 283 aa  150  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.664827  normal  0.135193 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2535  putative taurine ABC transporter, permease protein  36.02 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 		 269 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00317  taurine transporter subunit  35.55 
 
 		 275 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00321  hypothetical protein  35.55 
 
 		 275 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0802  taurine ABC transporter, permease protein  35.44 
 
 		 283 aa  149  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.207449  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3261  taurine transporter subunit  35.55 
 
 		 275 aa  150  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.87 
 
 		 321 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.438311 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 		 259 aa  149  6e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.832577  normal  0.34867 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0391  taurine transporter subunit  35.16 
 
 		 275 aa  148  7e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2748  sulfonate/taurine ABC transporter permease  37.27 
 
 		 274 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.947189  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2719  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.51 
 
 		 284 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0442  taurine transporter subunit  35.16 
 
 		 275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3060  taurine ABC transporter, permease protein  36.82 
 
 		 274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0244271  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.780444  normal  0.280504 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 		 276 aa  146  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.374556  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3240  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.77 
 
 		 275 aa  146  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0840  taurine transporter subunit  36.73 
 
 		 275 aa  146  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.276647 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4207  ABC taurine transporter, inner membrane subunit  40.08 
 
 		 289 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12960  taurine ABC transporter permease  38.5 
 
 		 272 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.299757  normal  0.321121 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0431  taurine transporter subunit  34.77 
 
 		 275 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0280  taurine transporter subunit  34.77 
 
 		 275 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1488  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.9 
 
 		 280 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.106569  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2477  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0948255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.73 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.201741 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 		 291 aa  142  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.582448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0396  taurine transporter subunit  35.94 
 
 		 275 aa  142  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0049  ABC taurine transporter, binding protein inner membrane component  34.32 
 
 		 330 aa  142  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0656508 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.6 
 
 		 273 aa  142  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  0.452833 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.97 
 
 		 273 aa  142  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.395379 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2012  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.37 
 
 		 280 aa  142  7e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.338733  normal  0.193625 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1470  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.44 
 
 		 301 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4887  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.68 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0123695  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.12 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159688 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.085274 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.59 
 
 		 259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00122675  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 		 273 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 		 273 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.306936 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.29 
 
 		 272 aa  137  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0949532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1369  ABC transporter membrane protein  30.67 
 
 		 272 aa  137  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0458182 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.41 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.334714  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 		 282 aa  136  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.56 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.589472  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  31.73 
 
 		 252 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 		 275 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.197989  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 		 259 aa  135  9e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.9 
 
 		 279 aa  135  9e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.208956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0735  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  29.12 
 
 		 273 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.714635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3844  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3299  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  34.6 
 
 		 286 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.201269  normal  0.262094 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.17 
 
 		 275 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0877464 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 		 278 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.37818 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4930  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.49 
 
 		 267 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0924  ABC transporter permease protein  34.34 
 
 		 258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.175022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.02 
 
 		 275 aa  133  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.142025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2968  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.62 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0761961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 		 306 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 		 294 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.106321 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.22 
 
 		 262 aa  132  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.577279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 		 268 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0692  ABC taurine transporter, inner membrane subunit  36.02 
 
 		 306 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000618741  normal  0.0440204 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.47 
 
 		 275 aa  132  5e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.02 
 
 		 257 aa  132  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.369486  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.62 
 
 		 265 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.791848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.16 
 
 		 252 aa  132  6e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000799696  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>