More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3961 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3961  alpha/beta hydrolase fold  100 
 
 
260 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.611478 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1756  alpha/beta hydrolase fold  93.05 
 
 
260 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3719  alpha/beta hydrolase fold  89.58 
 
 
260 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.815141  hitchhiker  0.00169195 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1330  alpha/beta hydrolase fold  76.92 
 
 
260 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.515623  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3175  hypothetical protein  69.77 
 
 
260 aa  350  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.567712  normal  0.0913717 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1573  alpha/beta hydrolase fold protein  49.81 
 
 
281 aa  248  7e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1662  alpha/beta hydrolase fold protein  50.57 
 
 
274 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.665083  normal  0.0127757 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1992  alpha/beta hydrolase fold  50.19 
 
 
274 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.45941  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1561  hydrolase protein  49.81 
 
 
274 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1252  alpha/beta fold hydrolase  50.38 
 
 
274 aa  234  8e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0828608  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1133  alpha/beta hydrolase fold  49.25 
 
 
271 aa  234  9e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.03617  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2771  alpha/beta hydrolase fold  48.68 
 
 
277 aa  225  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1677  alpha/beta hydrolase fold protein  44.91 
 
 
270 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216999  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3159  alpha/beta hydrolase  43.02 
 
 
268 aa  203  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2759  alpha/beta hydrolase fold  44.74 
 
 
272 aa  202  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0191279  normal  0.157036 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1356  Alpha/beta hydrolase fold protein  49.62 
 
 
277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.965846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1835  alpha/beta hydrolase fold  43.18 
 
 
268 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0596048 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2049  alpha/beta hydrolase fold protein  41.79 
 
 
273 aa  182  7e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.181769  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1655  alpha/beta hydrolase fold  41.42 
 
 
273 aa  181  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.831884  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3781  alpha/beta hydrolase fold  43.8 
 
 
279 aa  180  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.812813 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4961  alpha/beta hydrolase fold  41.04 
 
 
269 aa  174  9e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2998  alpha/beta hydrolase fold  41.57 
 
 
269 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.186878 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1273  Alpha/beta hydrolase fold  39.1 
 
 
258 aa  170  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.879726  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0353  alpha/beta hydrolase fold  32.43 
 
 
256 aa  142  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1521  alpha/beta hydrolase fold  38.85 
 
 
287 aa  139  4.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0919196 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1365  alpha/beta hydrolase fold protein  40.24 
 
 
263 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.168978  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0396  alpha/beta hydrolase fold protein  34.19 
 
 
255 aa  99  6e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.075233 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3798  alpha/beta hydrolase fold protein  26.95 
 
 
258 aa  95.9  7e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1234  alpha/beta hydrolase fold  28.88 
 
 
262 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1436  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.33 
 
 
371 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00517321 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1861  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  33.33 
 
 
371 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0337473  normal  0.0227354 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3387  alpha/beta hydrolase fold  28.87 
 
 
306 aa  84.3  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.554659 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0728  alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
336 aa  83.2  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000117195  normal  0.409644 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6242  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.91 
 
 
371 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1837  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.91 
 
 
371 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.282403  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0751  alpha/beta hydrolase fold  27.51 
 
 
270 aa  82.8  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.158146 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4215  alpha/beta hydrolase fold  31.15 
 
 
271 aa  82.8  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756479  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3758  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.1 
 
 
370 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239484  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2375  alpha/beta hydrolase fold protein  32.24 
 
 
274 aa  82  0.000000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.153241  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0625  alpha/beta hydrolase fold  29.55 
 
 
423 aa  82  0.000000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.537293  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0254  alpha/beta hydrolase fold protein  31.41 
 
 
348 aa  80.5  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.328235  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2126  alpha/beta hydrolase fold protein  29.03 
 
 
263 aa  80.5  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3629  alpha/beta hydrolase fold  26.8 
 
 
306 aa  80.5  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.030304  hitchhiker  0.0000369585 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0321  alpha/beta hydrolase fold protein  29.27 
 
 
264 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0843  Alpha/beta hydrolase fold  29.46 
 
 
272 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2731  hydrolase, alpha/beta fold family  28.24 
 
 
258 aa  79.7  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0511  alpha/beta hydrolase fold protein  26.59 
 
 
265 aa  79.7  0.00000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327319  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2565  alpha/beta hydrolase fold protein  29.53 
 
 
287 aa  79.7  0.00000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0288912  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1712  alpha/beta hydrolase fold protein  26.76 
 
 
373 aa  79.7  0.00000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.641488  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3645  alpha/beta fold family hydrolase  31.23 
 
 
292 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0431011  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4516  alpha/beta hydrolase fold  29.51 
 
 
310 aa  78.6  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.320967  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2410  alpha/beta hydrolase fold protein  29.58 
 
 
265 aa  79  0.00000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.991498  normal  0.124354 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2085  alpha/beta hydrolase fold  31.23 
 
 
277 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.622652  normal  0.427031 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0341  alpha/beta hydrolase fold  28.86 
 
 
265 aa  78.6  0.00000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2793  alpha/beta hydrolase fold protein  29.23 
 
 
281 aa  78.2  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.370056 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2379  alpha/beta hydrolase fold protein  29.44 
 
 
261 aa  78.6  0.0000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.173076  normal  0.904893 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2357  alpha/beta hydrolase fold protein  31.23 
 
 
305 aa  77.4  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0142155  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5918  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.08 
 
 
370 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0636  alpha/beta hydrolase fold protein  28.93 
 
 
237 aa  77.8  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.809032  normal  0.841425 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2263  alpha/beta hydrolase fold  30.55 
 
 
277 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0198  alpha/beta hydrolase fold  28.14 
 
 
311 aa  77.4  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.593906 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2307  alpha/beta fold family hydrolase  25.74 
 
 
277 aa  77.4  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.974393 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0285  3-oxoadipate enol-lactonase, putative  26.94 
 
 
259 aa  76.6  0.0000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0385204 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5996  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)  27.47 
 
 
260 aa  75.9  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2792  alpha/beta hydrolase fold protein  29.57 
 
 
260 aa  75.1  0.0000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.377437 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3126  alpha/beta hydrolase fold  29.71 
 
 
303 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.221809  normal  0.0127742 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0391  alpha/beta hydrolase fold  28.46 
 
 
291 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.115733 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6938  alpha/beta hydrolase fold protein  26.23 
 
 
279 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.178748 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0403  alpha/beta hydrolase fold  28.46 
 
 
291 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0610  alpha/beta hydrolase fold protein  29.06 
 
 
350 aa  74.7  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.38332 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0412  alpha/beta hydrolase fold  28.46 
 
 
291 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0866892  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4266  alpha/beta hydrolase fold protein  29.59 
 
 
364 aa  73.9  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3756  alpha/beta hydrolase fold  29.87 
 
 
504 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.740741  normal  0.0321393 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0725  alpha/beta hydrolase fold protein  28.35 
 
 
286 aa  73.6  0.000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2212  putative lipase  26.87 
 
 
315 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.799877  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25910  putative lipase  26.87 
 
 
315 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0600573 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4983  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.46 
 
 
367 aa  73.6  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.40688 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1142  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  27.59 
 
 
390 aa  73.6  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.152589  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4887  3-oxoadipate enol-lactonase  29.09 
 
 
397 aa  73.2  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.307912  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3602  alpha/beta hydrolase fold  27.73 
 
 
264 aa  72.8  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0901  alpha/beta hydrolase fold  27.73 
 
 
360 aa  72.4  0.000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3822  alpha/beta hydrolase fold  29.23 
 
 
308 aa  72  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0572  alpha/beta hydrolase fold  28.81 
 
 
266 aa  72  0.000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2705  alpha/beta hydrolase fold  28.29 
 
 
309 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.601677  normal  0.0914485 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0315  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  47.92 
 
 
370 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2809  alpha/beta hydrolase fold  39.17 
 
 
271 aa  71.6  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0479  alpha/beta hydrolase fold  30.27 
 
 
262 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.108292 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1595  alpha/beta hydrolase fold  27.85 
 
 
275 aa  71.6  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.649162  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0878  alpha/beta hydrolase fold  27.57 
 
 
317 aa  70.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0136792  hitchhiker  0.00000592996 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0891  alpha/beta hydrolase fold  30.24 
 
 
271 aa  70.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.020907 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0177  alpha/beta hydrolase fold protein  26.59 
 
 
329 aa  70.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5138  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  33.05 
 
 
371 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.184434  normal  0.586519 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0263  Alpha/beta hydrolase fold  28.96 
 
 
266 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.191481  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6134  alpha/beta hydrolase fold  27.6 
 
 
273 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.639564  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5285  3-oxoadipate enol-lactonase  30.89 
 
 
261 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221975  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2443  alpha/beta hydrolase fold  26.36 
 
 
275 aa  71.2  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.752916  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3656  alpha/beta hydrolase fold protein  27.91 
 
 
347 aa  70.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.292184  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2912  alpha/beta hydrolase fold  27.84 
 
 
295 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00287314  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6010  alpha/beta hydrolase fold  30.3 
 
 
421 aa  70.5  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.773155  normal  0.16375 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4130  alpha/beta hydrolase fold protein  28.81 
 
 
301 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>