More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3958 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3958  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 291 aa  591  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3716  dihydrodipicolinate synthetase  92.44 
 
 		 291 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.131295 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1759  dihydrodipicolinate synthetase  89.69 
 
 		 291 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0300118  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6698  putative dihydrodipicolinate synthase  80.49 
 
 		 303 aa  487  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.176073 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0016  dihydrodipicolinate synthetase  63.92 
 
 		 294 aa  380  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0016  dihydrodipicolinate synthetase  62.54 
 
 		 294 aa  374  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6692  dihydrodipicolinate synthetase  65.85 
 
 		 294 aa  367  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6171  dihydrodipicolinate synthetase  65.51 
 
 		 294 aa  363  3e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1441  dihydrodipicolinate synthetase  62.2 
 
 		 294 aa  361  7.0000000000000005e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.681531  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5604  dihydrodipicolinate synthase  31.51 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1886  hypothetical protein  32.4 
 
 		 390 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2194  dihydrodipicolinate synthetase family protein  32.4 
 
 		 306 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.872577  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1420  dihydrodipicolinate synthetase family protein  32.4 
 
 		 306 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0587759  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0568  dihydrodipicolinate synthetase  32.4 
 
 		 306 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.397945  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0879  dihydrodipicolinate synthetase family protein  32.4 
 
 		 306 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.600236  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0471  dihydrodipicolinate synthetase  32.4 
 
 		 306 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.230388  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1531  dihydrodipicolinate synthetase family protein  30.58 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00114549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0722  dihydrodipicolinate synthase  30.82 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2362  dihydrodipicolinate synthase  29.66 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000117821  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2068  dihydrodipicolinate synthetase family protein  31.36 
 
 		 390 aa  157  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.790569  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1895  dihydrodipicolinate synthetase  30.31 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.305178 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3380  dihydrodipicolinate synthetase  30.31 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.434141  normal  0.344387 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4227  dihydrodipicolinate synthetase  30.31 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0531975  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4139  dihydrodipicolinate synthetase  30.31 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.405813  normal  0.104892 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0476  dihydrodipicolinate synthase  35.07 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0921  dihydrodipicolinate synthase  33.21 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4304  putative dihydrodipicolinate synthetase  32.29 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.172011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48000  putative dihydrodipicolinate synthetase  30.31 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00397266  normal  0.801152 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4138  putative dihydrodipicolinate synthetase  30.42 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.565611  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2517  dihydrodipicolinate synthetase  30.53 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.35455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2066  dihydrodipicolinate synthetase  33.33 
 
 		 304 aa  152  5e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1838  dihydrodipicolinate synthetase  31.38 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1568  dihydrodipicolinate synthetase  29.76 
 
 		 295 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1762  dihydrodipicolinate synthase  28.28 
 
 		 304 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000163874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1396  dihydrodipicolinate synthase  35.4 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.158147  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2036  dihydrodipicolinate synthetase  29.82 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  36 
 
 		 292 aa  149  4e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2258  dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 		 294 aa  148  8e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.269277  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2822  dihydrodipicolinate synthetase  27.93 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0197523  normal  0.589984 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0803  dihydrodipicolinate synthase, putative  31.58 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  33.57 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3706  dihydrodipicolinate synthetase  29.47 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1307  dihydrodipicolinate synthetase  30.45 
 
 		 293 aa  146  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2714  dihydrodipicolinate synthetase  31.34 
 
 		 304 aa  146  3e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0873  putative dihydrodipicolinate synthase  30.9 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.414654 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3063  dihydrodipicolinate synthase  35.14 
 
 		 290 aa  146  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0542018  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4559  dihydrodipicolinate synthetase  31.25 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0297  dihydrodipicolinate synthetase  31.56 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.168579 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003669  1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase  30.14 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3586  dihydrodipicolinate synthase  31.94 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6523  dihydrodipicolinate synthetase  30.27 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107378 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1492  dihydrodipicolinate synthase  35.86 
 
 		 291 aa  142  7e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.944504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4666  dihydrodipicolinate synthetase  30.63 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0656669  normal  0.616699 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0341  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  31.56 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4271  dihydrodipicolinate synthetase  30.71 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0956  putative dihydrodipicolinate synthase  30.53 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1449  dihydrodipicolinate synthetase family protein  28.28 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.365355  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1958  dihydrodipicolinate synthase, putative  30.53 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0869  putative dihydrodipicolinate synthase  30.53 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1160  DapA_1  30.53 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0279  putative dihydrodipicolinate synthase  30.53 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0518166  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1006  putative dihydrodipicolinate synthase  30.53 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1484  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 		 300 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853225  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4439  dihydrodipicolinate synthetase  29.86 
 
 		 290 aa  138  8.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.609265 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4615  dihydrodipicolinate synthase  29.86 
 
 		 298 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.330125  hitchhiker  0.00385635 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0999  putative dihydrodipicolinate synthase  31.6 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3702  dihydrodipicolinate synthetase  32.19 
 
 		 301 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0078  dihydrodipicolinate synthase  29.86 
 
 		 298 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00671629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0566  dihydrodipicolinate synthase  30.18 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.427592 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3705  dihydrodipicolinate synthetase  29.67 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0168037  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5442  dihydrodipicolinate synthase  29.86 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5246  dihydrodipicolinate synthase  29.69 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5613  dihydrodipicolinate synthase  29.69 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292937  normal  0.171207 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4892  dihydrodipicolinate synthase  29.86 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0566089 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0103  dihydrodipicolinate synthase  30.53 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.148353  normal  0.278132 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02730  putative dihydrodipicolinate synthetase  27.43 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0690835 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6951  dihydrodipicolinate synthase  29.12 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0309  putative dihydrodipicolinate synthetase  27.43 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.922253  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0848  dihydrodipicolinate synthase  32.64 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1537  dihydrodipicolinate synthase  29.12 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6292  dihydrodipicolinate synthase  29.12 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.454745 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0697  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.31564  normal  0.111382 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5586  dihydrodipicolinate synthetase  27.18 
 
 		 304 aa  132  6.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.285938  normal  0.789314 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0149  dihydrodipicolinate synthase  35.95 
 
 		 291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2635  dihydrodipicolinate synthase  25.67 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0452  dihydrodipicolinate synthetase  29.07 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0883  dihydrodipicolinate synthetase  28.77 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01439  dihydrodipicolinate synthetase  32.59 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3086  dihydrodipicolinate synthase  34.02 
 
 		 326 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.167482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5966  dihydrodipicolinate synthase  28.77 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1134  dihydrodipicolinate synthase  28.28 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2838  dihydrodipicolinate synthase  24.67 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000864796 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2641  dihydrodipicolinate synthase  24.67 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.267093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2832  dihydrodipicolinate synthase  24.67 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.152609  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2883  dihydrodipicolinate synthase  25 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.399498  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2449  dihydrodipicolinate synthase  24.67 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2592  dihydrodipicolinate synthase  25 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2861  dihydrodipicolinate synthase  24.67 
 
 		 298 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.224352  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0667  dihydrodipicolinate synthase  30.9 
 
 		 332 aa  129  8.000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.448308  decreased coverage  0.00548285 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0673  dihydrodipicolinate synthase  33.74 
 
 		 294 aa  128  9.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517741  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>