More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3829 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  570  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  57.39 
 
 		 290 aa  303  2.0000000000000002e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  55.24 
 
 		 298 aa  290  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  41.07 
 
 		 280 aa  235  5.0000000000000005e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 281 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  46.92 
 
 		 284 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  39.93 
 
 		 283 aa  214  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 283 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  39.22 
 
 		 283 aa  210  3e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  46.54 
 
 		 284 aa  208  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  40.94 
 
 		 284 aa  198  9e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 284 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 283 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  44.96 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 287 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  40.68 
 
 		 292 aa  190  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 292 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0243  LysR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  38.65 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 287 aa  185  8e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 313 aa  185  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 283 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 321 aa  185  9e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 322 aa  183  3e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  45.8 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 322 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 288 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 322 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 288 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 294 aa  182  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 288 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.08 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 287 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 293 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 283 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 294 aa  179  7e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 316 aa  178  8e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 287 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 287 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  41.7 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 289 aa  176  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 283 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 283 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 287 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  36.43 
 
 		 324 aa  175  9e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 286 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 286 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 286 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 286 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 367 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  36.97 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4938  transcriptional regulator, LysR family  39.29 
 
 		 283 aa  172  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 292 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 284 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 285 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 282 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 283 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.36 
 
 		 296 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 284 aa  169  7e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  43.11 
 
 		 289 aa  168  7e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2650  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 283 aa  167  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 312 aa  167  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  32.06 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3593  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 283 aa  166  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 285 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  39.23 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  38.58 
 
 		 309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  38.58 
 
 		 309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1168  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 291 aa  165  6.9999999999999995e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.851796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  40.29 
 
 		 289 aa  165  9e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  38.65 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>