More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3731 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  83.63 
 
 		 399 aa  649    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 398 aa  805    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  78.14 
 
 		 410 aa  634    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1738  RNA methyltransferase TrmH, group 1  85.14 
 
 		 397 aa  665    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1295  RNA methyltransferase TrmH, group 1  75.25 
 
 		 403 aa  572  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1624  RNA methyltransferase TrmH, group 1  76.23 
 
 		 410 aa  565  1e-160  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  71.83 
 
 		 399 aa  542  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4570  RNA methyltransferase  54.69 
 
 		 298 aa  266  5e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0223529  normal  0.0756262 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2581  RNA methyltransferase  54.37 
 
 		 262 aa  259  6e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0271019  normal  0.93463 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  48.53 
 
 		 276 aa  243  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  48.67 
 
 		 276 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1268  RNA methyltransferase  51.81 
 
 		 262 aa  239  6.999999999999999e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.681367  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1915  tRNA/rRNA methyltransferase  46.74 
 
 		 286 aa  239  8e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1517  RNA methyltransferase  49.8 
 
 		 276 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.9954 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  53.16 
 
 		 248 aa  235  9e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695937  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50 
 
 		 271 aa  231  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.277848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0394  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.16 
 
 		 281 aa  231  2e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2632  RNA methyltransferase  51.24 
 
 		 250 aa  231  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  51.05 
 
 		 261 aa  228  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  49.79 
 
 		 245 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.64 
 
 		 279 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  49.15 
 
 		 245 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  49.15 
 
 		 245 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0788  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.52 
 
 		 248 aa  212  7e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0987211  normal  0.0803398 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3522  RNA methyltransferase  51.28 
 
 		 243 aa  212  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0833085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3829  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.28 
 
 		 243 aa  212  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  45.78 
 
 		 281 aa  210  4e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3810  hypothetical protein  50.43 
 
 		 243 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0410022  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  45.16 
 
 		 276 aa  208  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  45.16 
 
 		 291 aa  208  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1403  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.56 
 
 		 257 aa  208  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.81 
 
 		 249 aa  207  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2433  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.7 
 
 		 258 aa  204  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.127939  normal  0.10084 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1513  putative tRNA/rRNA methyltransferase  45.65 
 
 		 255 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.217497  normal  0.686219 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0828  RNA methyltransferase  44.62 
 
 		 275 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151565  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.96 
 
 		 258 aa  196  6e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674451  normal  0.0345812 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3522  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.27 
 
 		 266 aa  192  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3698  RNA methyltransferase  46.32 
 
 		 246 aa  191  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.274562  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2243  tRNA/rRNA methyltransferase  44.21 
 
 		 251 aa  188  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.7 
 
 		 253 aa  187  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.26 
 
 		 249 aa  177  4e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2187  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.8 
 
 		 271 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  35.98 
 
 		 263 aa  129  1.0000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  35.98 
 
 		 263 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  38.53 
 
 		 247 aa  127  3e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  35.65 
 
 		 251 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.74 
 
 		 254 aa  127  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  35.78 
 
 		 251 aa  126  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  35.78 
 
 		 279 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  36.44 
 
 		 251 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  32.48 
 
 		 257 aa  125  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  32.05 
 
 		 257 aa  124  3e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1258  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.1 
 
 		 245 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00338281  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1571  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.45 
 
 		 258 aa  124  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152101  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.1 
 
 		 257 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.54 
 
 		 268 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000217405  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  34.24 
 
 		 262 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2624  RNA methyltransferase  34.29 
 
 		 260 aa  120  6e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.15 
 
 		 246 aa  119  7e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00198375  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  37.07 
 
 		 244 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.98 
 
 		 245 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  35.68 
 
 		 254 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1301  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.53 
 
 		 249 aa  116  6e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.375594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.87 
 
 		 256 aa  116  6e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  35 
 
 		 254 aa  116  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0645  RNA methyltransferase  34.02 
 
 		 251 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0451004  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2746  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.12 
 
 		 256 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.504131  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3565  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.73 
 
 		 243 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.2 
 
 		 258 aa  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1369  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.69 
 
 		 248 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000282911  hitchhiker  0.0000077591 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  33.21 
 
 		 287 aa  113  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  35.74 
 
 		 241 aa  113  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  35.32 
 
 		 241 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  33.47 
 
 		 254 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0441  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  31.72 
 
 		 248 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1155  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.19 
 
 		 266 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.043355 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  34.26 
 
 		 252 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.52 
 
 		 264 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.12 
 
 		 289 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0974  RNA methyltransferase  33.48 
 
 		 253 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2687  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  32.51 
 
 		 245 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.491891  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2119  RNA methyltransferase  35.04 
 
 		 273 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1161  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  35.59 
 
 		 287 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal  0.325888 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  34.32 
 
 		 241 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.44 
 
 		 289 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1989  RNA methyltransferase  34.04 
 
 		 273 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.418465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  35.32 
 
 		 241 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  35.44 
 
 		 289 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  31.93 
 
 		 247 aa  111  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0463  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.61 
 
 		 256 aa  110  3e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.74203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1552  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.74 
 
 		 245 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000140105 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  35.32 
 
 		 241 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2705  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.71 
 
 		 253 aa  110  5e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.29092 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  30.51 
 
 		 246 aa  110  5e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2389  RNA methyltransferase  35.06 
 
 		 242 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000450659  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2505  RNA methyltransferase  35.06 
 
 		 242 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000223047  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.06 
 
 		 244 aa  109  8.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0620173  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1958  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.06 
 
 		 242 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144903  hitchhiker  0.00948062 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2400  RNA methyltransferase  35.06 
 
 		 242 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000262197  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01352  putative tRNA/rRNA methyltransferase (trmH family) protein  31.65 
 
 		 261 aa  108  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0228097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>