128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3679 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3679  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  100 
 
 
151 aa  303  6e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1781  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  95.36 
 
 
153 aa  293  6e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.378744 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4327  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  94.67 
 
 
154 aa  282  9e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.510988  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1630  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  86.3 
 
 
155 aa  259  8e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.442595  normal  0.5824 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5319  putative carbon monoxide dehydrogenase, coxG accessory protein  85.03 
 
 
148 aa  257  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.500561 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2608  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  77.55 
 
 
148 aa  231  3e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2206  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  71.43 
 
 
148 aa  219  9e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0292084  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3097  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  71.23 
 
 
147 aa  218  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.889249  normal  0.544468 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1748  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  64.86 
 
 
154 aa  187  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5438  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  64.19 
 
 
154 aa  187  5.999999999999999e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.304437 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2963  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  60.4 
 
 
216 aa  185  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.748718  normal  0.0394978 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0470  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  60.14 
 
 
213 aa  180  8.000000000000001e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0023  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  56.46 
 
 
152 aa  170  6.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000137248 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0006  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  57.33 
 
 
156 aa  168  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.35222  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3377  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  57.33 
 
 
155 aa  166  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.370754  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1141  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  51.02 
 
 
178 aa  155  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.654627  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1525  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  50.34 
 
 
176 aa  152  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.187738  normal  0.0565449 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2879  hypothetical protein  49.66 
 
 
176 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.434233  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5862  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  52.11 
 
 
158 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2531  hypothetical protein  51.75 
 
 
161 aa  149  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0528604 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1598  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  49.06 
 
 
204 aa  148  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0573  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  51.06 
 
 
197 aa  147  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0056  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  44.83 
 
 
151 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752516  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0360  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  47.3 
 
 
187 aa  145  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3553  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  48.59 
 
 
157 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.530671  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0040  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  43.45 
 
 
151 aa  144  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.269242 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2253  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  49.66 
 
 
243 aa  142  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0481685 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0420  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  45.52 
 
 
182 aa  141  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110218  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0072  putative carbon monoxide dehydrogenase subunit G  47.26 
 
 
246 aa  140  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.766775  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4535  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  45.64 
 
 
202 aa  139  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1283  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  50.7 
 
 
158 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.112632  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1445  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  50.7 
 
 
158 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.101992  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0090  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  46.71 
 
 
193 aa  138  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4356  putative carbon monoxide dehydrogenase, CoxG subunit  47.89 
 
 
232 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0365  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  45.95 
 
 
198 aa  136  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1464  hypothetical protein  46.05 
 
 
213 aa  135  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.273128 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0298  hypothetical protein  43.75 
 
 
150 aa  133  9e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0284  hypothetical protein  43.75 
 
 
150 aa  132  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.364944  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1413  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  46.58 
 
 
224 aa  133  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.271744  normal  0.135915 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1349  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  46.58 
 
 
224 aa  133  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.224808  normal  0.101404 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0368  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  43.48 
 
 
152 aa  128  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1814  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  53.17 
 
 
208 aa  125  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.96745  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2090  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  50 
 
 
151 aa  119  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.679244  normal  0.391598 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2661  putative carbon monoxide dehydrogenase  51.7 
 
 
176 aa  118  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283506  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2526  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  52.48 
 
 
181 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0339  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  39.71 
 
 
241 aa  113  6.9999999999999995e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.30715 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0844  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  36.55 
 
 
249 aa  110  8.000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.777561  hitchhiker  0.00161698 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0848  carbon-monoxide dehydrogenase  40.56 
 
 
997 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.682595 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0971  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  35.14 
 
 
269 aa  105  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00301105  normal  0.374469 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1744  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  36.73 
 
 
1011 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.919932 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2052  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  36.73 
 
 
1011 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.806962 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2185  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  35.37 
 
 
1012 aa  94.7  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5890  xanthine dehydrogenase, molybdenum binding subunit apoprotein  34.69 
 
 
1012 aa  94.4  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614012  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2235  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  35.51 
 
 
152 aa  94  6e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.000000000688113  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2073  xanthine dehydrogenase, molybdenum binding subunit apoprotein  34.69 
 
 
980 aa  93.2  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.576081  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6673  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  36.88 
 
 
1019 aa  92.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.581747  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3719  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  38.19 
 
 
983 aa  91.7  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3296  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  36.73 
 
 
987 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0204451  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20930  hypothetical protein  36.05 
 
 
221 aa  89  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.451934  normal  0.0186523 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6656  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  38.85 
 
 
222 aa  88.6  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4723  carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)  39.31 
 
 
991 aa  87.4  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102833  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1301  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  40.98 
 
 
988 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.648743 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0668  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  36.11 
 
 
988 aa  81.3  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.295598  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2227  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  31.47 
 
 
229 aa  79  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.237222 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2767  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  31.37 
 
 
185 aa  78.6  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0168  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  35.97 
 
 
220 aa  79  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2694  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  32.26 
 
 
153 aa  74.3  0.0000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0998879  normal  0.661336 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1874  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  31.54 
 
 
223 aa  73.6  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0644  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  28.08 
 
 
141 aa  70.5  0.000000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0290775  normal  0.389247 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0213  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  28.1 
 
 
154 aa  68.6  0.00000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3597  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  26.32 
 
 
254 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237636  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2147  putative carbon monoxide dehydrogenase, CoxG subunit  29.41 
 
 
208 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.295033  normal  0.334057 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1231  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  24.16 
 
 
150 aa  63.9  0.0000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.99571  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1865  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  25.32 
 
 
254 aa  63.5  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4562  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  30.37 
 
 
306 aa  62  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5354  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  32.03 
 
 
204 aa  62  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1564  carbon monoxide dehydrogenase, large subunit apoprotein  28.19 
 
 
1027 aa  61.6  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151361  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1636  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  28.57 
 
 
237 aa  60.5  0.000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1492  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  28.86 
 
 
216 aa  60.5  0.000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.619524  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1377  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  30.14 
 
 
149 aa  60.5  0.000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.667187  normal  0.46376 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3032  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  24.31 
 
 
225 aa  60.1  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0343994  normal  0.0106587 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4106  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  28.47 
 
 
208 aa  60.1  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.875742  normal  0.142553 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0704  hypothetical protein  29.09 
 
 
253 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0120  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  25.33 
 
 
212 aa  59.3  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.391115  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1572  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  28.48 
 
 
241 aa  58.5  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.615405  normal  0.536684 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3210  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  27.7 
 
 
237 aa  58.9  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.924727  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2034  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  27.08 
 
 
241 aa  57.8  0.00000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0321774  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1217  hypothetical protein  28.77 
 
 
289 aa  56.6  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0793988 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0593  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  25.95 
 
 
244 aa  55.1  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3262  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  23.46 
 
 
253 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.234433  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0032  putative carbon monoxide dehydrogenase, CoxG subunit  27.21 
 
 
206 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.262475 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1563  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  28.06 
 
 
234 aa  53.9  0.0000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0474  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  25.61 
 
 
248 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0413426 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4601  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  26.67 
 
 
240 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0119  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  25.71 
 
 
147 aa  53.1  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.128418  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4689  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  26.67 
 
 
240 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.969168 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5184  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  26 
 
 
232 aa  53.5  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.184935 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4984  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  26.67 
 
 
240 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.990283 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10374  oxidoreductase  27.86 
 
 
200 aa  53.5  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00057735  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0235  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  23.91 
 
 
139 aa  52.8  0.000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.548712  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>