More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3666 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3666  hypothetical protein  100 
 
 		 390 aa  779    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.335217  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1794  hypothetical protein  91.54 
 
 		 390 aa  680    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.0000152274  normal  0.41124 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  90.26 
 
 		 390 aa  703    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5303  putative ABC transporter (fused ATP-binding and permease components)  85.79 
 
 		 385 aa  625  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664808 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0719  hypothetical protein  82.05 
 
 		 385 aa  627  1e-178  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.348943  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0458  ABC-2 type transporter  67.57 
 
 		 378 aa  493  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.108602 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1721  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  50 
 
 		 380 aa  382  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.759741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0698  putative transmembrane protein  50 
 
 		 376 aa  373  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4162  ABC-2 type transporter  49.46 
 
 		 384 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80712  normal  0.28462 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3454  hypothetical protein  50.81 
 
 		 374 aa  370  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.206797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  49.87 
 
 		 384 aa  371  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4327  ABC-2 type transporter  49.21 
 
 		 378 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3689  ABC-2 type transporter  49.73 
 
 		 384 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.093618  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2056  export ABC transporter permease protein  48.66 
 
 		 379 aa  368  1e-100  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00520961  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1746  ABC efflux pump, inner membrane subunit  50.27 
 
 		 384 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0249268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1082  ABC-2 type transport system permease protein  53.35 
 
 		 378 aa  363  2e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  49.2 
 
 		 381 aa  362  5.0000000000000005e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3129  ABC-2 transporter component  50.8 
 
 		 378 aa  356  5e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.0000316988  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0407  hypothetical protein  49.34 
 
 		 382 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10374  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1340  ABC-2 type transporter  46.93 
 
 		 378 aa  352  8.999999999999999e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  45.91 
 
 		 388 aa  351  1e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0504  ABC-2 type transporter  53.8 
 
 		 368 aa  351  2e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0820778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0057  ABC-2 type transporter  45.5 
 
 		 387 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4663  ABC-2 type transporter  50.53 
 
 		 390 aa  348  9e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000515456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2927  ABC-2 type transporter  49.73 
 
 		 378 aa  343  4e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0465  ABC transporter, permease protein  49.19 
 
 		 377 aa  336  5e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0404  ABC transporter, permease protein  49.73 
 
 		 377 aa  333  3e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5055  ABC-2 type transporter  47.81 
 
 		 371 aa  332  9e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.863659 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1037  hypothetical protein  46.13 
 
 		 382 aa  327  2.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.209314  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2708  ABC transporter related  46.53 
 
 		 691 aa  323  4e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.163982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1422  ABC-2 type transporter  43.54 
 
 		 373 aa  290  2e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  42.37 
 
 		 367 aa  290  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1551  ABC-2 type transporter  43.54 
 
 		 373 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2831  ABC-2 type transporter  43.54 
 
 		 373 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.335891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1515  ABC-2 type transporter  43.54 
 
 		 373 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1524  ABC-2 type transporter  43.27 
 
 		 373 aa  289  7e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2748  ABC-2 type transporter  43.34 
 
 		 373 aa  288  8e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2640  ABC-2 type transporter  43.34 
 
 		 373 aa  288  1e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1356  ABC-2 type transporter  45.38 
 
 		 370 aa  287  2e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000392503  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1707  ABC transporter, permease protein, putative  42.56 
 
 		 373 aa  286  4e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  42.67 
 
 		 371 aa  286  5e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2573  ABC-2 type transporter  43.08 
 
 		 373 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1265  ABC-type multidrug transport system, permease component  43.09 
 
 		 365 aa  284  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000431089  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3587  ABC transporter, permease protein, putative  41.32 
 
 		 375 aa  281  1e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  41.69 
 
 		 369 aa  278  9e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1248  ABC transporter, permease protein  39.95 
 
 		 382 aa  278  1e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  40.27 
 
 		 369 aa  275  1.0000000000000001e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4201  ABC-2 type transporter  39.74 
 
 		 381 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0425  ABC-2 type transporter  41.89 
 
 		 366 aa  270  4e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001402  ABC-type multidrug transport system permease component  39.4 
 
 		 366 aa  267  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06359  hypothetical protein  40.22 
 
 		 366 aa  263  6e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  39.63 
 
 		 379 aa  261  1e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0720  hypothetical protein  36.12 
 
 		 378 aa  260  2e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0739  hypothetical protein  35.85 
 
 		 378 aa  259  6e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  39.46 
 
 		 369 aa  258  1e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0873  ABC-2 type transporter  38.85 
 
 		 380 aa  252  9.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.344098 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  40.05 
 
 		 380 aa  251  1e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  38.17 
 
 		 376 aa  242  7e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  37.14 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  35.45 
 
 		 376 aa  221  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1512  ABC-2 type transporter  36.14 
 
 		 369 aa  219  6e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.179387  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  34.92 
 
 		 376 aa  218  1e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  35.41 
 
 		 370 aa  216  5e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  35.64 
 
 		 376 aa  210  3e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  34.3 
 
 		 377 aa  209  8e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  37.57 
 
 		 376 aa  209  9e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  31.82 
 
 		 377 aa  208  1e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3069  ABC-2 type transporter  35.31 
 
 		 373 aa  207  2e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.669525  normal  0.261942 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0255  ABC-2 type transporter  35.58 
 
 		 373 aa  207  4e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.889591 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  34.13 
 
 		 405 aa  206  5e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  35.79 
 
 		 366 aa  206  8e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  37.11 
 
 		 376 aa  204  2e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  37.33 
 
 		 369 aa  203  5e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  34.76 
 
 		 376 aa  199  7.999999999999999e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1911  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  34.39 
 
 		 378 aa  197  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0168619  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  35.28 
 
 		 376 aa  196  6e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  34.04 
 
 		 378 aa  195  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  34.67 
 
 		 377 aa  192  8e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  31.48 
 
 		 377 aa  190  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1295  ABC transporter permease protein  33.69 
 
 		 376 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0481069  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0858  hypothetical protein  34.13 
 
 		 378 aa  188  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137935  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1603  ABC transporter, permease protein, putative  33.68 
 
 		 378 aa  188  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0911  inner membrane transport permease YbhS  33.78 
 
 		 376 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0943  inner membrane transport permease YbhS  33.78 
 
 		 376 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.638107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0964  inner membrane transport permease YbhS  33.78 
 
 		 376 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0879  inner membrane transport permease YbhS  33.78 
 
 		 376 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.585114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0851  inner membrane transport permease YbhS  33.78 
 
 		 376 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3104  ABC-2 type transporter  32.27 
 
 		 375 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2919  ABC-2 type transporter  32.87 
 
 		 368 aa  184  3e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.856849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0656  hypothetical protein  32.63 
 
 		 377 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1284  ABC-2 type transporter  33.24 
 
 		 377 aa  183  6e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1738  ABC-2 type transporter  30.43 
 
 		 372 aa  182  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3114  ABC transporter, inner membrane subunit  35.31 
 
 		 380 aa  179  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  29.33 
 
 		 376 aa  178  2e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1519  ABC-2 type transporter  32.71 
 
 		 391 aa  178  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.762827  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6564  ABC-2 type transporter  35.41 
 
 		 375 aa  177  3e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3040  hypothetical protein  33.61 
 
 		 371 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2850  ABC-2 type transporter  33.82 
 
 		 377 aa  177  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0149412 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00777  hypothetical protein  33.82 
 
 		 377 aa  177  4e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0847  ABC-2 type transporter, permease protein  33.82 
 
 		 377 aa  177  4e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>