More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3550 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  100 
 
 		 381 aa  770    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  79.27 
 
 		 381 aa  631  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  60.61 
 
 		 401 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  65.35 
 
 		 381 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  55.81 
 
 		 382 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 381 aa  179  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 414 aa  170  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  40.81 
 
 		 346 aa  169  8e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 372 aa  167  4e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 357 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 388 aa  160  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 388 aa  157  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.91 
 
 		 901 aa  157  3e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.2 
 
 		 772 aa  154  2e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 377 aa  153  4e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 422 aa  149  7e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 459 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  46.91 
 
 		 413 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  41.43 
 
 		 370 aa  147  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  45.78 
 
 		 308 aa  146  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  45.18 
 
 		 308 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0893  diguanylate cyclase  34.89 
 
 		 424 aa  145  9e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.294746  normal  0.440044 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  45.11 
 
 		 491 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 381 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 381 aa  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.2 
 
 		 610 aa  144  2e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 556 aa  143  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 307 aa  144  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 559 aa  143  6e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 355 aa  143  6e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 768 aa  142  9e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 361 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 532 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  43.58 
 
 		 1004 aa  142  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  35.66 
 
 		 585 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.92 
 
 		 710 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 659 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 382 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 539 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.47 
 
 		 730 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  42.58 
 
 		 542 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  42.58 
 
 		 542 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 355 aa  140  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  36.88 
 
 		 554 aa  140  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 322 aa  139  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  40.76 
 
 		 551 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  42.11 
 
 		 308 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 362 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 300 aa  139  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 611 aa  138  1e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 464 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 381 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 620 aa  138  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 306 aa  138  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 336 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 405 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.23 
 
 		 1078 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  41.76 
 
 		 689 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.35 
 
 		 669 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.67 
 
 		 722 aa  137  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 476 aa  137  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 548 aa  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 355 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 357 aa  136  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 249 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  32.66 
 
 		 365 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  42.35 
 
 		 609 aa  136  7.000000000000001e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  40.13 
 
 		 551 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  40.8 
 
 		 454 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 466 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  40.8 
 
 		 466 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  40.8 
 
 		 466 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  40.8 
 
 		 466 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  40.8 
 
 		 454 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 614 aa  135  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 375 aa  136  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 466 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 343 aa  135  9e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  32.71 
 
 		 340 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  40 
 
 		 1637 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 563 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 492 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 540 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.45 
 
 		 715 aa  135  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 407 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.14 
 
 		 459 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2119  response regulatory protein  32.18 
 
 		 371 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  28.38 
 
 		 439 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.58 
 
 		 550 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>