More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3437 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2147  outer membrane autotransporter barrel domain protein  74.89 
 
 
1134 aa  1705    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3437  Outer membrane autotransporter  100 
 
 
1179 aa  2358    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0360967 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2586  Outer membrane autotransporter barrel  75.39 
 
 
1154 aa  1711    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.501537  normal  0.680105 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2017  Outer membrane autotransporter barrel  75.26 
 
 
1156 aa  1731    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.375408 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2102  outer membrane autotransporter  26.4 
 
 
1006 aa  197  8.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4232  beta strand repeat-containing protein  32.18 
 
 
1446 aa  179  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.819177  normal  0.109622 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1650  autotransporter, putative  25.79 
 
 
1055 aa  173  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3733  Outer membrane autotransporter barrel  25.9 
 
 
1038 aa  171  7e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418268  normal  0.311183 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6125  beta strand repeat-containing protein  30.83 
 
 
1325 aa  161  6e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4738  outer membrane autotransporter  25.62 
 
 
1004 aa  161  8e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2684  Outer membrane autotransporter barrel  25.11 
 
 
1028 aa  154  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.335444  unclonable  0.0000368637 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3734  Outer membrane autotransporter barrel  25.14 
 
 
1001 aa  154  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.29394 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1649  autotransporter, putative  25.02 
 
 
1001 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4737  outer membrane autotransporter  24.69 
 
 
1033 aa  144  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4538  outer membrane autotransporter barrel domain protein  33.33 
 
 
710 aa  143  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2683  Outer membrane autotransporter barrel  24.23 
 
 
983 aa  135  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.525643  hitchhiker  0.000404465 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2063  autotransporter beta-domain-containing protein  26.61 
 
 
954 aa  131  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.217829  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1611  putative serine protease  24.65 
 
 
991 aa  130  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18630  putative serine protease  24.95 
 
 
995 aa  129  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.169589 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3549  outer membrane autotransporter barrel domain protein  24.89 
 
 
1125 aa  127  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0308  beta strand repeat-containing protein  29.26 
 
 
970 aa  124  9.999999999999999e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.000000319801  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1004  beta strand repeat-containing protein  24.51 
 
 
909 aa  122  4.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2701  outer membrane autotransporter barrel domain protein  22.14 
 
 
906 aa  119  5e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000419199  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0340  serine protease  28.85 
 
 
949 aa  117  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.000000485293  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2954  autotransporter-associated beta strand repeat protein  26.41 
 
 
947 aa  117  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154236  hitchhiker  0.00450699 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1114  serine protease  27.75 
 
 
965 aa  114  1.0000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0955353  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24360  hypothetical protein  28.6 
 
 
974 aa  114  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.861832  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0488  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  30.06 
 
 
577 aa  112  5e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.718847  normal  0.491604 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0234  serine protease  28.22 
 
 
998 aa  108  5e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.249897  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0206  beta strand repeat-containing protein  28.42 
 
 
970 aa  107  9e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4035  deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase Dut  28.46 
 
 
994 aa  103  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.565458 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01745  serine protease  27.78 
 
 
942 aa  102  5e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0365  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  30.45 
 
 
487 aa  102  6e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0364  subtilisin-like serine protease-like  31.08 
 
 
692 aa  100  1e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.75506  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4066  outer membrane autotransporter barrel domain protein  26.92 
 
 
1081 aa  100  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.392825  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7520  outer membrane autotransporter domain-containing protein  26.74 
 
 
1177 aa  99  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1928  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.26 
 
 
452 aa  97.8  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0135  outer membrane autotransporter barrel domain protein  28.31 
 
 
910 aa  97.4  1e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5268  putative outer membrane autotransporter barrel  26.15 
 
 
1078 aa  94  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.362559 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1082  outer membrane autotransporter barrel domain protein  28.57 
 
 
915 aa  94.4  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0552  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.17 
 
 
490 aa  93.6  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3729  outer membrane autotransporter barrel domain protein  28.44 
 
 
913 aa  92.8  3e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3122  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.19 
 
 
1205 aa  92.4  5e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.950129  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5200  autotransporter, putative  26.03 
 
 
986 aa  92  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2277  outer membrane autotransporter  29.46 
 
 
980 aa  90.9  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4060  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.15 
 
 
627 aa  90.5  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0156752  normal  0.194218 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00703  serine protease  29.9 
 
 
911 aa  90.1  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.585891  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1099  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  28.27 
 
 
495 aa  90.5  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0536343  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3844  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.99 
 
 
926 aa  89.4  4e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0787  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.24 
 
 
612 aa  88.6  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0449  Outer membrane autotransporter barrel  26.12 
 
 
816 aa  87.4  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.761733 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2188  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.17 
 
 
415 aa  86.7  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.180724  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2354  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.02 
 
 
453 aa  86.7  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2173  Outer membrane autotransporter barrel  27.25 
 
 
1180 aa  85.1  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.193519  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2318  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  31.75 
 
 
771 aa  84  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.848662  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1417  serine protease  27.41 
 
 
1175 aa  84.3  0.00000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2600  subtilisin-like serine protease-like  30.37 
 
 
1315 aa  84  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0639979  normal  0.124831 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0245  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.72 
 
 
882 aa  82.8  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.983074  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1805  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.23 
 
 
396 aa  82.8  0.00000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0411901  normal  0.0459712 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0357  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.84 
 
 
577 aa  82.4  0.00000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0453  outer membrane autotransporter  25.36 
 
 
959 aa  82.4  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0931  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.26 
 
 
500 aa  82  0.00000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143808  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0336  Outer membrane autotransporter barrel  23.77 
 
 
995 aa  80.9  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.988518 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1429  serine protease  25.72 
 
 
1130 aa  81.3  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1837  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.67 
 
 
770 aa  81.3  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00570496  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4085  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  29.91 
 
 
615 aa  81.3  0.0000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1068  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.72 
 
 
682 aa  80.1  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0223  FHA domain-containing protein  26.82 
 
 
513 aa  79.7  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.443938 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2056  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.32 
 
 
392 aa  79.3  0.0000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.317337  normal  0.564481 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17620  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.77 
 
 
595 aa  78.6  0.0000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2458  outer membrane autotransporter  23.88 
 
 
1369 aa  78.6  0.0000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00908706  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5739  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  27.73 
 
 
298 aa  78.2  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.750481  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2826  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.9 
 
 
718 aa  78.2  0.0000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.460965  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7274  hypothetical protein  25.97 
 
 
990 aa  78.2  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1062  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.09 
 
 
710 aa  78.2  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00000196875  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7237  putative outer membrane autotransporter barrel precursor  27.02 
 
 
882 aa  77.4  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0678  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.11 
 
 
510 aa  77.8  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0623565  normal  0.0400211 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.97 
 
 
797 aa  77  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0527  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.98 
 
 
688 aa  77  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.841411  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4300  Outer membrane autotransporter barrel  25.8 
 
 
987 aa  77  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0162  subtilisin-like serine proteases-like  23.28 
 
 
576 aa  77  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.107211  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1327  serine protease  26.14 
 
 
1131 aa  76.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2572  serine protease  26.14 
 
 
1129 aa  76.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1891  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.65 
 
 
626 aa  76.3  0.000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5186  outer membrane autotransporter  25.43 
 
 
1056 aa  75.9  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1788  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  30.73 
 
 
635 aa  75.9  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0664  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.32 
 
 
689 aa  75.9  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.38238  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0256  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.05 
 
 
868 aa  75.5  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1478  Outer membrane autotransporter barrel  23.44 
 
 
650 aa  75.5  0.000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3593  subtilisin Carlsberg  27.43 
 
 
298 aa  75.1  0.000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.940861  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1263  serine protease  26.51 
 
 
1129 aa  75.1  0.000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1063  serine protease  26.51 
 
 
1131 aa  74.7  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1203  outer membrane autotransporter  22.82 
 
 
1769 aa  74.7  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0234  serine protease  26.51 
 
 
1131 aa  74.7  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.411978  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1888  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.71 
 
 
626 aa  74.7  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.67203  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05170  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  32.28 
 
 
653 aa  74.3  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3087  Outer membrane autotransporter barrel  28.39 
 
 
2407 aa  74.3  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0506  serine protease  26.51 
 
 
1131 aa  74.7  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0488  outer membrane autotransporter barrel domain protein  28.3 
 
 
774 aa  73.6  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.510592  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1827  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.32 
 
 
1054 aa  73.6  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.426628  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>