More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3417 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  60.69 
 
 		 304 aa  375  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  56.08 
 
 		 353 aa  348  8e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  38.57 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 292 aa  189  5e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 307 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  45.95 
 
 		 287 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  31.86 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 361 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 304 aa  106  4e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  28.36 
 
 		 296 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  37.2 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  26.25 
 
 		 331 aa  102  8e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  35.67 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 292 aa  102  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 		 278 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  35.62 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  25.08 
 
 		 301 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 295 aa  99.4  7e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 322 aa  98.6  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  31.53 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 312 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  34.36 
 
 		 292 aa  94.7  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  32.98 
 
 		 272 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  29.85 
 
 		 294 aa  93.2  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  28.96 
 
 		 296 aa  92.8  6e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 299 aa  92.8  6e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  27.97 
 
 		 294 aa  92.8  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 299 aa  92.4  8e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 304 aa  92.4  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 293 aa  92.4  9e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  32.14 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  38.62 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3089  helix-turn-helix domain-containing protein  29.44 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  34.46 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  32.77 
 
 		 295 aa  89.4  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  26.49 
 
 		 310 aa  89.4  6e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 301 aa  89  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 316 aa  89.4  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 301 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 301 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  36.43 
 
 		 322 aa  88.6  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  46.3 
 
 		 250 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  30.73 
 
 		 289 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 287 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  45.79 
 
 		 250 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  28.87 
 
 		 293 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5093  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 301 aa  87  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  34.51 
 
 		 302 aa  86.7  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  33.8 
 
 		 275 aa  86.7  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3244  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 301 aa  86.3  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 154 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 196 aa  85.9  8e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  41.9 
 
 		 164 aa  85.5  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 277 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4871  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412804  normal  0.401729 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  41.75 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 249 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  43.88 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  33.33 
 
 		 278 aa  83.2  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4747  AraC family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 320 aa  82.8  0.000000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169446 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1549  transcriptional regulator, AraC family  40.37 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0143415  hitchhiker  0.00302933 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2387  AraC family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 209 aa  82.4  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0159935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 279 aa  82.4  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1506  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 182 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1881  transcriptional regulator, AraC family  29.74 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0117859 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 		 288 aa  82.4  0.000000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.69 
 
 		 164 aa  82  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  36.03 
 
 		 277 aa  81.6  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  34.38 
 
 		 530 aa  81.6  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  44.9 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1861  helix-turn-helix domain-containing protein  39.23 
 
 		 259 aa  82  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0711253  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 280 aa  81.3  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  39.8 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>