More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3392 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1216  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  86.19 
 
 
362 aa  640    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  94.49 
 
 
363 aa  697    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
362 aa  754    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  91.44 
 
 
362 aa  661    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  97.24 
 
 
362 aa  696    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  88.71 
 
 
363 aa  671    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  88.95 
 
 
362 aa  652    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  64.74 
 
 
365 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  65.3 
 
 
368 aa  489  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3328  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  67.22 
 
 
363 aa  482  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0914439  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3374  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  62.57 
 
 
368 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.630322 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1563  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  65.58 
 
 
374 aa  466  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0179378  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3676  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  62.3 
 
 
368 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.318097 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  63.64 
 
 
365 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  63.64 
 
 
365 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  62.85 
 
 
362 aa  457  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1719  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  63.11 
 
 
368 aa  456  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.457663  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4720  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  60.94 
 
 
364 aa  443  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.607383  normal  0.0697574 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  61.45 
 
 
362 aa  438  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7131  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  54.7 
 
 
359 aa  421  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3396  twin-arginine translocation pathway signal  58.61 
 
 
397 aa  415  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485475  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3543  twin-arginine translocation pathway signal  59.45 
 
 
379 aa  416  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568783  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2460  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  56.56 
 
 
369 aa  412  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.790522  normal  0.16157 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  54.21 
 
 
360 aa  412  1e-114  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  53.24 
 
 
360 aa  408  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2532  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  53.42 
 
 
369 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.403327  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2755  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  53.42 
 
 
373 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.759944  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0446  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  54.84 
 
 
372 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  57.1 
 
 
368 aa  402  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  54.79 
 
 
372 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6361  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  52.47 
 
 
359 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.104437 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3764  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  55.52 
 
 
379 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.411475 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  55.77 
 
 
356 aa  395  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  51.26 
 
 
359 aa  395  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  52.81 
 
 
361 aa  392  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  51.55 
 
 
359 aa  394  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50.7 
 
 
360 aa  392  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  53.37 
 
 
360 aa  390  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2016  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  51.27 
 
 
359 aa  389  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0633546  normal  0.0167782 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  52.53 
 
 
360 aa  391  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0528  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  54.8 
 
 
360 aa  382  1e-105  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50.28 
 
 
360 aa  379  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  49.86 
 
 
359 aa  379  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  50.7 
 
 
359 aa  378  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  53.48 
 
 
360 aa  380  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  51.12 
 
 
360 aa  378  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  49.44 
 
 
358 aa  371  1e-102  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  51.51 
 
 
364 aa  371  1e-102  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  49.16 
 
 
360 aa  372  1e-102  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0361  extracellular solute-binding protein  52.69 
 
 
317 aa  374  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.908183  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.17 
 
 
360 aa  368  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  49.18 
 
 
370 aa  368  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0066  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  54.57 
 
 
403 aa  366  1e-100  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000558926  hitchhiker  0.00313159 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4010  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  54.6 
 
 
403 aa  367  1e-100  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000079745  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50.45 
 
 
368 aa  363  2e-99  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0193  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  49.58 
 
 
362 aa  363  3e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320423  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.71 
 
 
379 aa  360  2e-98  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.44 
 
 
379 aa  358  7e-98  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.62 
 
 
371 aa  357  9.999999999999999e-98  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  46.59 
 
 
374 aa  358  9.999999999999999e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.78 
 
 
360 aa  355  5e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3063  TRAP dicarboxylate transporter DctM subunit  52.11 
 
 
402 aa  355  5e-97  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0234034  hitchhiker  0.000132937 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2244  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.17 
 
 
359 aa  350  3e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.342958  normal  0.0290816 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1039  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.03 
 
 
360 aa  350  3e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0821806 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0957  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.03 
 
 
360 aa  350  3e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.861985  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50.3 
 
 
373 aa  348  1e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.841176  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4196  family 1 extracellular solute-binding protein  50 
 
 
333 aa  334  1e-90  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  46.33 
 
 
361 aa  317  2e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.42 
 
 
379 aa  286  5.999999999999999e-76  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.4 
 
 
387 aa  271  1e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.43 
 
 
369 aa  268  1e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.53 
 
 
367 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  41.07 
 
 
363 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.75 
 
 
366 aa  264  2e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.94 
 
 
371 aa  262  8e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.48 
 
 
369 aa  259  6e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.17 
 
 
371 aa  257  2e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.6 
 
 
370 aa  256  3e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.73 
 
 
400 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  37.11 
 
 
378 aa  257  3e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.84 
 
 
400 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.84 
 
 
372 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.69 
 
 
364 aa  256  6e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.73 
 
 
369 aa  254  1.0000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.75 
 
 
370 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.53 
 
 
367 aa  252  7e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.53 
 
 
400 aa  251  1e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.02 
 
 
374 aa  251  1e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.27 
 
 
366 aa  248  9e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.14 
 
 
364 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.25 
 
 
360 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.91 
 
 
369 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  38.83 
 
 
363 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 
370 aa  243  5e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2882  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.51 
 
 
357 aa  242  7e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000710816 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2815  twin-arginine translocation pathway signal  38.56 
 
 
364 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.793224  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.62 
 
 
360 aa  238  2e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3150  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.69 
 
 
359 aa  235  8e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.117485  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2292  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.9 
 
 
357 aa  229  7e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2343  hypothetical protein  36.51 
 
 
361 aa  223  3e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.264147 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>