More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3339 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 410 aa  839    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  90.49 
 
 		 410 aa  754    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  69.11 
 
 		 411 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  68.23 
 
 		 411 aa  564  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  68.49 
 
 		 411 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  67.89 
 
 		 410 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  65.51 
 
 		 404 aa  555  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  65.97 
 
 		 411 aa  554  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  66.23 
 
 		 407 aa  553  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  63.5 
 
 		 410 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  62.79 
 
 		 409 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  63.38 
 
 		 409 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  62.4 
 
 		 409 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  61.63 
 
 		 407 aa  517  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  61.36 
 
 		 410 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  58.13 
 
 		 409 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  61.64 
 
 		 406 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  61.78 
 
 		 406 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  61.3 
 
 		 395 aa  494  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  56.97 
 
 		 435 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  58.84 
 
 		 410 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  60.47 
 
 		 406 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  56.14 
 
 		 418 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  58.04 
 
 		 415 aa  483  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  57.62 
 
 		 411 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  57.1 
 
 		 401 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  59.15 
 
 		 405 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  54.95 
 
 		 405 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  58.4 
 
 		 406 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  57.94 
 
 		 406 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  57.67 
 
 		 406 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  52.45 
 
 		 437 aa  429  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  55.53 
 
 		 403 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  50.37 
 
 		 400 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  50.78 
 
 		 407 aa  403  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  48.48 
 
 		 407 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  49.74 
 
 		 402 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  49.25 
 
 		 406 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  47.86 
 
 		 406 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  47.38 
 
 		 409 aa  382  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  49.46 
 
 		 406 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  44.15 
 
 		 402 aa  342  7e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  43.48 
 
 		 399 aa  330  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  40.71 
 
 		 412 aa  305  7e-82  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  34.52 
 
 		 438 aa  187  3e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  32.69 
 
 		 414 aa  182  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 		 441 aa  175  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  33.04 
 
 		 415 aa  171  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  29.64 
 
 		 434 aa  167  2.9999999999999998e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 		 436 aa  146  7.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 		 408 aa  137  5e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  28.03 
 
 		 480 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 		 423 aa  122  9e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 		 472 aa  119  7e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.64 
 
 		 425 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 		 386 aa  118  1.9999999999999998e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 		 382 aa  116  7.999999999999999e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  30.47 
 
 		 403 aa  114  3e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.83 
 
 		 519 aa  112  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 		 407 aa  110  5e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.24 
 
 		 517 aa  109  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 		 375 aa  107  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 		 386 aa  107  5e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 380 aa  106  8e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 		 392 aa  105  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  30.45 
 
 		 426 aa  103  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  31.5 
 
 		 401 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 		 394 aa  103  6e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 		 377 aa  103  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 		 378 aa  103  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 		 384 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  25.41 
 
 		 379 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 		 388 aa  102  1e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 		 386 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  29.09 
 
 		 425 aa  101  3e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 		 398 aa  101  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  27.52 
 
 		 411 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 		 387 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 377 aa  100  6e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.06 
 
 		 512 aa  99.4  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 		 387 aa  99  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 389 aa  99.4  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 		 382 aa  98.6  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 		 373 aa  97.8  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  26.27 
 
 		 539 aa  97.4  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 		 411 aa  97.4  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 		 385 aa  96.7  7e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.61 
 
 		 496 aa  96.7  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 		 385 aa  96.7  7e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 		 394 aa  96.7  7e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 		 370 aa  95.5  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 		 363 aa  95.5  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  26.26 
 
 		 393 aa  94.4  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 		 592 aa  94  4e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  27.98 
 
 		 497 aa  94  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 		 390 aa  93.6  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 		 386 aa  93.2  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.64 
 
 		 392 aa  92.8  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 		 367 aa  92.4  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  34.95 
 
 		 382 aa  92  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>