More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3306 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3306  Phage integrase  100 
 
 		 450 aa  918    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.889733  normal  0.962231 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0217  phage-related integrase  36.57 
 
 		 413 aa  229  7e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838235  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1844  phage integrase family protein  33.18 
 
 		 426 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  34.17 
 
 		 400 aa  212  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 413 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  35.68 
 
 		 414 aa  208  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6722  integrase family protein  34.94 
 
 		 413 aa  195  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2900  phage integrase  32.71 
 
 		 391 aa  156  6e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.211341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1170  phage integrase family protein  29.71 
 
 		 412 aa  151  3e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00333929  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  28.64 
 
 		 417 aa  145  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  27.65 
 
 		 433 aa  144  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2211  phage integrase  30.93 
 
 		 423 aa  142  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.684899  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2460  integrase family protein  32.34 
 
 		 415 aa  140  6e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1859  phage integrase family protein  28.09 
 
 		 427 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0222826  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4935  putative phage-like integrase  28.33 
 
 		 434 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3121  phage integrase family protein  28.1 
 
 		 449 aa  127  5e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0366  integrase family protein  28.21 
 
 		 439 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.134449 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  30.23 
 
 		 412 aa  121  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  26.59 
 
 		 414 aa  119  9e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  26.14 
 
 		 414 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0615  Phage integrase  25.58 
 
 		 399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.862313  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3997  integrase family protein  27.56 
 
 		 419 aa  111  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0393  integrase family protein  26.36 
 
 		 403 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000451154 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0064  integrative genetic element Gsu32, integrase  27.63 
 
 		 439 aa  109  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1761  integrase family protein  30.74 
 
 		 361 aa  109  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  25.17 
 
 		 410 aa  108  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004339  integrase  26.5 
 
 		 398 aa  107  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2709  putative prophage integrase  29.3 
 
 		 418 aa  107  6e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.865285 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1726  phage integrase family protein  25.99 
 
 		 395 aa  107  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3683  phage integrase family protein  26.91 
 
 		 444 aa  106  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15350  putative integrase  27.55 
 
 		 400 aa  106  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000000770896  unclonable  1.43377e-21 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4070  site-specific recombinase, phage integrase family  27.16 
 
 		 439 aa  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4162  integrase family protein  28 
 
 		 422 aa  105  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806899  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0362  phage integrase family site specific recombinase  25.52 
 
 		 402 aa  105  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.613827  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  26.11 
 
 		 406 aa  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2656  phage integrase family site specific recombinase  26.77 
 
 		 395 aa  105  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000325439  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3935  site-specific recombinase, phage integrase family  26.68 
 
 		 420 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.191126  decreased coverage  0.00000299734 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0919  integrase family protein  26.6 
 
 		 448 aa  104  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.295922  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2546  phage integrase family protein  26.85 
 
 		 400 aa  102  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40023  hitchhiker  0.00168033 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0354  Phage integrase  26.39 
 
 		 402 aa  102  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3779  phage integrase family protein  26.71 
 
 		 404 aa  102  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.794944 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  25.87 
 
 		 409 aa  102  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0357  integrase family protein  25.11 
 
 		 389 aa  101  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  25.06 
 
 		 409 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  25.28 
 
 		 414 aa  100  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  25.28 
 
 		 409 aa  100  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  27.96 
 
 		 401 aa  99.4  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3013  phage integrase family site specific recombinase  25.62 
 
 		 419 aa  99  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3082  phage integrase family protein  24.61 
 
 		 437 aa  99  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1371  phage integrase family protein  25.16 
 
 		 453 aa  98.2  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0054  phage integrase family site specific recombinase  27.25 
 
 		 422 aa  97.8  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2900  phage integrase family protein  25.75 
 
 		 432 aa  97.4  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  24.94 
 
 		 413 aa  95.9  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  25.56 
 
 		 410 aa  94.7  3e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  30.83 
 
 		 388 aa  94.7  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001829  integrase  26.07 
 
 		 405 aa  93.6  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.854488  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3867  phage integrase  30 
 
 		 400 aa  93.6  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  26.45 
 
 		 387 aa  93.2  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  25.88 
 
 		 402 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  26.97 
 
 		 420 aa  92.8  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2279  Phage integrase  26.59 
 
 		 414 aa  91.7  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0066545  normal  0.0551798 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2463  phage integrase family protein  25.06 
 
 		 414 aa  91.3  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.384114  normal  0.0605266 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2668  phage integrase family site specific recombinase  26.03 
 
 		 411 aa  90.5  5e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0927  phage integrase family protein  26.41 
 
 		 425 aa  90.5  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000881827 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3112  integrase family protein  25 
 
 		 418 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  25.68 
 
 		 393 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  24.84 
 
 		 403 aa  86.7  7e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0317  phage integrase  26.12 
 
 		 404 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  24.77 
 
 		 391 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3754  integrase family protein  24.26 
 
 		 407 aa  85.5  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.290204  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3095  integrase family protein  27.33 
 
 		 392 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000033184 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2496  phage integrase family protein  25.17 
 
 		 408 aa  84.7  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0214559 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2612  phage integrase family protein  26.87 
 
 		 443 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04051  site-specific recombinase, phage integrase family protein  26.21 
 
 		 415 aa  83.2  0.000000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0372  phage family integrase  23.99 
 
 		 422 aa  83.2  0.000000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  22.54 
 
 		 438 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2541  putative CP4-like integrase  26.06 
 
 		 412 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.016489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1465  phage integrase  23.84 
 
 		 418 aa  82.8  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.595385 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2823  putative phage integrase  23.57 
 
 		 440 aa  81.6  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.339344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3062  phage integrase  24.68 
 
 		 418 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.361431  normal  0.0996208 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  24.57 
 
 		 420 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2942  phage integrase family protein  24.7 
 
 		 392 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000983731 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0318  hypothetical protein  25 
 
 		 515 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3385  site-specific recombinase, phage integrase family  23.42 
 
 		 391 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059991  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2336  Phage integrase  24.26 
 
 		 426 aa  81.3  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4160  phage integrase family protein  25.98 
 
 		 419 aa  81.6  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0690268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2021  phage integrase family protein  24.94 
 
 		 418 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.713949  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3273  phage integrase family protein  24.6 
 
 		 401 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0956673  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1172  integrase family protein  22.65 
 
 		 418 aa  80.5  0.00000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.69238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3563  integrase family protein  22.65 
 
 		 418 aa  80.5  0.00000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  27.42 
 
 		 389 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3540  phage integrase family protein  23.27 
 
 		 420 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.216413  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0444  integrase family protein  25.06 
 
 		 461 aa  79.7  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.737271 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  23.53 
 
 		 404 aa  79.3  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  24.72 
 
 		 401 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1262  integrase family protein  23.62 
 
 		 418 aa  79.7  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2119  integrative genetic element Gsu56, integrase  24.74 
 
 		 453 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3410  integrase family protein  24.37 
 
 		 401 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134022  hitchhiker  0.000868318 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  26.43 
 
 		 402 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  24.56 
 
 		 414 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>