68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3295 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3295  malonate decarboxylase gamma subunit  100 
 
 		 294 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1060  malonate decarboxylase gamma subunit  88.78 
 
 		 294 aa  524  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0857455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1325  hypothetical protein  74.23 
 
 		 297 aa  442  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1243  malonate decarboxylase, gamma subunit  38.02 
 
 		 267 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4929  malonate decarboxylase gamma subunit  36.86 
 
 		 273 aa  119  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.616549  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5083  malonate decarboxylase, gamma subunit  32.29 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2442  malonate decarboxylase, gamma subunit  38.17 
 
 		 263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.556713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0296  malonate decarboxylase subunit gamma  36.32 
 
 		 268 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.526825  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0950  malonate decarboxylase gamma subunit  33.73 
 
 		 268 aa  115  7.999999999999999e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2608  malonate decarboxylase, gamma subunit  38.22 
 
 		 266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0803004  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3775  malonate decarboxylase gamma subunit  38.95 
 
 		 266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0108609 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10320  Malonate decarboxylase gamma subunit  33.33 
 
 		 268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.056312  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5083  malonate decarboxylase, gamma subunit  37.31 
 
 		 272 aa  112  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172964  normal  0.178528 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0446  malonate decarboxylase gamma subunit  37.89 
 
 		 266 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02590  malonate decarboxylase gamma subunit  38.2 
 
 		 268 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0619996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2879  malonate decarboxylase, gamma subunit  37.1 
 
 		 263 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.994306 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4943  malonate decarboxylase, gamma subunit  36.98 
 
 		 276 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0583911 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3867  malonate decarboxylase, gamma subunit  36.98 
 
 		 276 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5298  malonate decarboxylase gamma subunit  39.66 
 
 		 261 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.47948  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1848  putative malonate decarboxylase gamma subunit  35.71 
 
 		 272 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.415688  normal  0.0801286 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4817  malonate decarboxylase, gamma subunit  33.95 
 
 		 272 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0587607  normal  0.0256459 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4589  malonate decarboxylase gamma subunit  34.39 
 
 		 280 aa  99.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0076  malonate decarboxylase, gamma subunit  30.96 
 
 		 233 aa  91.3  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.658515 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3656  malonate decarboxylase gamma subunit  32.63 
 
 		 264 aa  90.9  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2892  malonate decarboxylase gamma subunit  31.51 
 
 		 233 aa  89.7  5e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.473236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1143  putative malonate decarboxylase gamma subunit  28.16 
 
 		 238 aa  89  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.216529  normal  0.546838 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1765  malonate decarboxylase, gamma subunit  29.62 
 
 		 233 aa  87.4  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1078  malonate decarboxylase, gamma subunit  31.68 
 
 		 236 aa  85.9  8e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5371  malonate decarboxylase, gamma subunit  30.97 
 
 		 233 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0278339  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1846  malonate decarboxylase gamma subunit  31.52 
 
 		 232 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336793  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0791  malonate decarboxylase gamma subunit  34.44 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0107616  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2495  hypothetical protein  27.78 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1244  malonate decarboxylase, gamma subunit  28.64 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.58858  normal  0.076268 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2893  malonate decarboxylase gamma subunit  31.98 
 
 		 226 aa  72.8  0.000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.187079  normal  0.0693579 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1162  malonate decarboxylase, gamma subunit  27.41 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.166916 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4017  malonate decarboxylase gamma subunit  33.88 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0791  malonate decarboxylase gamma subunit  27.92 
 
 		 235 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.107283  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1272  malonate decarboxylase gamma subunit  27.92 
 
 		 235 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00955431  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4415  malonate decarboxylase gamma subunit  27.41 
 
 		 235 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.664444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1150  malonate decarboxylase gamma subunit  27.41 
 
 		 235 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.945666  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2047  malonate decarboxylase, gamma subunit  27.44 
 
 		 235 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0170  malonate decarboxylase, gamma subunit  28.65 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.212333  normal  0.869946 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4289  malonate decarboxylase gamma subunit  27.1 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.399455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0049  malonate decarboxylase, gamma subunit  26.42 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.210818  normal  0.0466048 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0027  malonate decarboxylase, gamma subunit  26.05 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.2409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6854  malonate decarboxylase, gamma subunit  25.86 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2800  malonate decarboxylase, gamma subunit  26.23 
 
 		 241 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176554  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3154  malonate decarboxylase, gamma subunit  28.4 
 
 		 238 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3034  malonate decarboxylase, gamma subunit  26.27 
 
 		 241 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1585  malonate decarboxylase, gamma subunit  26.27 
 
 		 241 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.911971  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1259  malonate decarboxylase, gamma subunit  26.27 
 
 		 241 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0611  malonate decarboxylase, gamma subunit  26.27 
 
 		 241 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.345802  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1455  malonate decarboxylase, gamma subunit  26.27 
 
 		 241 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0490368  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0542  malonate decarboxylase, gamma subunit  26.27 
 
 		 241 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.960263  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1485  malonate decarboxylase, gamma subunit  26.27 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.359721  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0028  malonate decarboxylase, gamma subunit  27.81 
 
 		 238 aa  56.2  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.31944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0379  carboxyl transferase  29.79 
 
 		 514 aa  55.1  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.184287  normal  0.887348 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3189  malonate decarboxylase, gamma subunit  26.67 
 
 		 245 aa  55.1  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.620399 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0272  carboxyl transferase  27.56 
 
 		 515 aa  52.4  0.000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00889461 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0216  carboxyl transferase  31.62 
 
 		 518 aa  49.7  0.00006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1632  acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase component  29.11 
 
 		 540 aa  48.1  0.0002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6634  acetyl-CoA carboxylase, carboxyl transferase, alpha subunit  31.21 
 
 		 317 aa  47.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0214  carboxyl transferase  26.96 
 
 		 515 aa  46.2  0.0007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0212  carboxyl transferase  26.47 
 
 		 515 aa  45.4  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1363  carboxyl transferase  24.24 
 
 		 508 aa  43.9  0.003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00300636  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0553  carboxyl transferase  25.32 
 
 		 518 aa  43.5  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.965666  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1198  carboxyl transferase domain protein  26.32 
 
 		 548 aa  43.1  0.006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000462076 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0156  carboxyl transferase  28.12 
 
 		 513 aa  42.7  0.008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.344953  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>