More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3253 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  100 
 
 
310 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  84.19 
 
 
315 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  82.79 
 
 
314 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  63.06 
 
 
317 aa  386  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3194  hypothetical protein  66.13 
 
 
310 aa  359  4e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.684444 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  57.49 
 
 
313 aa  320  3e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  56.31 
 
 
311 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  39.18 
 
 
292 aa  203  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  39.18 
 
 
292 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  40.36 
 
 
292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  40.07 
 
 
292 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  40.36 
 
 
292 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  40.07 
 
 
311 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  39.36 
 
 
295 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3713  hypothetical protein  38.21 
 
 
307 aa  187  3e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.991979  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  36.88 
 
 
292 aa  182  7e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09840  hypothetical protein  41.22 
 
 
295 aa  176  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2344  hypothetical protein  39.36 
 
 
288 aa  175  8e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  36.93 
 
 
304 aa  172  6.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1133  hypothetical protein  35.56 
 
 
294 aa  169  6e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000153397  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  37.91 
 
 
320 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1796  hypothetical protein  35.54 
 
 
317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4050  membrane protein  34.49 
 
 
317 aa  156  5.0000000000000005e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.146235  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0796  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.94 
 
 
339 aa  155  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0746717 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1274  hypothetical protein  36.98 
 
 
308 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.154699  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0870  hypothetical protein  33.75 
 
 
347 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0477491 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  34.68 
 
 
331 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0830  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.12 
 
 
333 aa  152  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_003296  RS02987  hypothetical protein  34.54 
 
 
316 aa  151  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0991563  normal  0.534543 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1323  hypothetical protein  31.58 
 
 
293 aa  149  6e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10369  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3486  protein of unknown function DUF6 transmembrane  36.82 
 
 
298 aa  148  9e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.736924 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0858  RhaT family transporter  35.93 
 
 
317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2517  hypothetical protein  35.93 
 
 
317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3237  hypothetical protein  35.05 
 
 
300 aa  147  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1004  putative transmembrane protein  34.22 
 
 
301 aa  145  8.000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.583779  hitchhiker  0.00109211 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3854  hypothetical protein  32.89 
 
 
301 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0943127  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  34.16 
 
 
294 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0175  hypothetical protein  36.5 
 
 
281 aa  142  8e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.812407  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.33 
 
 
325 aa  142  9e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0706  hypothetical protein  33.33 
 
 
319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227695  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0601  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.09 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0826683 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0880  hypothetical protein  34.3 
 
 
307 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2583  hypothetical protein  32.58 
 
 
310 aa  139  3.9999999999999997e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00791641 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.35 
 
 
318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102364  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1548  hypothetical protein  33.56 
 
 
291 aa  139  6e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.756376  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0163  hypothetical protein  34.58 
 
 
317 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.397417  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  32.73 
 
 
289 aa  138  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2006  hypothetical protein  34.54 
 
 
307 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353305  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0364  RarD family protein  34.54 
 
 
307 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2075  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.3 
 
 
306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0315  hypothetical protein  33.55 
 
 
319 aa  136  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25781  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  33.1 
 
 
294 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  33.1 
 
 
294 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2120  hypothetical protein  33.54 
 
 
317 aa  134  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1431  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.77 
 
 
293 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.516158 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3465  hypothetical protein  33.56 
 
 
305 aa  134  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.354024  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3586  hypothetical protein  32.53 
 
 
299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3386  hypothetical protein  33.33 
 
 
295 aa  132  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2504  permease  33.22 
 
 
312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  34.17 
 
 
317 aa  132  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.64 
 
 
305 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1608  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.89 
 
 
293 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.646472  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1547  hypothetical protein  32.51 
 
 
289 aa  129  8.000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.190164  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0570  hypothetical protein  35.79 
 
 
314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  30.14 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4275  hypothetical protein  30.34 
 
 
331 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122751  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3656  hypothetical protein  31.06 
 
 
309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.896528  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1859  hypothetical protein  29.74 
 
 
285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00103759 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0148  hypothetical protein  31.07 
 
 
295 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0292713  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2983  hypothetical protein  32.53 
 
 
313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.000000753467  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2932  permease  30.33 
 
 
342 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5037  hypothetical protein  32.85 
 
 
295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.67 
 
 
305 aa  126  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1583  hypothetical protein  33.56 
 
 
302 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0899842  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49940  DUF6 family membrane protein  34.62 
 
 
288 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.363771  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1260  hypothetical protein  33.1 
 
 
299 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2376  hypothetical protein  30.61 
 
 
317 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.545392 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0373  hypothetical protein  31.34 
 
 
295 aa  124  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2368  hypothetical protein  33.44 
 
 
311 aa  123  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0364  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.99 
 
 
295 aa  123  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0758833  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2264  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.49 
 
 
302 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0912257  normal  0.0283432 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  33.45 
 
 
320 aa  123  5e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03092  integral membrane protein DUF6  34.95 
 
 
285 aa  122  6e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5188  hypothetical protein  34.47 
 
 
308 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0422445 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3275  hypothetical protein  30.87 
 
 
301 aa  122  9e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0564956  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1722  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.34 
 
 
307 aa  121  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.328831  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0751  hypothetical protein  35.08 
 
 
313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.27541 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.8 
 
 
292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38160  hypothetical protein  33.8 
 
 
288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.863568  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0080  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.5 
 
 
328 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.109193 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2623  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31 
 
 
318 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.876782 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2071  hypothetical protein  37.9 
 
 
297 aa  119  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  29.41 
 
 
309 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0556  hypothetical protein  30.07 
 
 
297 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28664  DMT family transporter: drug/metabolite  30.21 
 
 
309 aa  117  3e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1965  hypothetical protein  31.13 
 
 
324 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.124551  normal  0.159447 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1559  hypothetical protein  30.69 
 
 
316 aa  116  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3918  hypothetical protein  31.25 
 
 
285 aa  116  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00805  integral membrane protein  33.21 
 
 
303 aa  115  6.9999999999999995e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0905837  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0714  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.68 
 
 
322 aa  115  7.999999999999999e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>