More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3121 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3121  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
267 aa  534  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.780645 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  48.67 
 
 
257 aa  224  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 
252 aa  211  7.999999999999999e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.15 
 
 
263 aa  207  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.02 
 
 
254 aa  196  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
268 aa  197  2.0000000000000003e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 
250 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.53 
 
 
271 aa  186  4e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4572  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  41.98 
 
 
258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.48 
 
 
269 aa  181  9.000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.157293  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 
251 aa  180  2e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
250 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
250 aa  176  5e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.92 
 
 
245 aa  173  2.9999999999999996e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.54 
 
 
251 aa  172  6.999999999999999e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 
244 aa  171  1e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5514  cyclopentanol dehydrogenase  40.45 
 
 
264 aa  169  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
253 aa  169  5e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00078495  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
251 aa  168  7e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
254 aa  168  9e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0883  putative dehydrogenase  39.16 
 
 
282 aa  167  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
255 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.201856  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
255 aa  165  6.9999999999999995e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 
249 aa  165  6.9999999999999995e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
255 aa  165  6.9999999999999995e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
255 aa  165  8e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.515672  normal  0.0696546 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138252  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.74 
 
 
256 aa  163  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1368  short chain dehydrogenase  37.88 
 
 
261 aa  163  3e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
246 aa  162  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000018635 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3534  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase  37.74 
 
 
244 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
256 aa  162  6e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3543  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
259 aa  162  8.000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0875  short chain dehydrogenase  39.33 
 
 
259 aa  160  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0875261  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4649  short chain dehydrogenase  37.64 
 
 
261 aa  160  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21279  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1174  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.37 
 
 
252 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.252044 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
245 aa  157  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1576  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.26 
 
 
268 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.29701  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
256 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.28835 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
248 aa  154  1e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 
250 aa  154  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.168106  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
244 aa  154  2e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 
254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
254 aa  152  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7132  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.05 
 
 
257 aa  152  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.928828  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 
251 aa  151  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 
248 aa  151  8.999999999999999e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.767749  normal  0.280666 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7160  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41 
 
 
252 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
251 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
253 aa  150  2e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
246 aa  150  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
248 aa  150  2e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0242  Short-chain alcohol dehydrogenase  36.33 
 
 
253 aa  150  2e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17790  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  40.91 
 
 
288 aa  150  2e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.40467 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
258 aa  150  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
251 aa  149  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.64 
 
 
253 aa  149  4e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  35.85 
 
 
262 aa  149  4e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.88 
 
 
249 aa  149  5e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.2 
 
 
258 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143319  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.37 
 
 
252 aa  149  6e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
249 aa  148  7e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.83 
 
 
257 aa  148  8e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  37.69 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0628218  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.74 
 
 
262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.64 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0610793 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 
263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
260 aa  146  3e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
246 aa  146  3e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1514  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
252 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  0.744647 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 
250 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
261 aa  145  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.12 
 
 
247 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
251 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
251 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
258 aa  145  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.88 
 
 
245 aa  144  1e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  37.22 
 
 
261 aa  144  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
266 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1966  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 
262 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.783196 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0232  acetoin reductases  36.12 
 
 
259 aa  144  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.02 
 
 
246 aa  145  1e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0283  short chain dehydrogenase  34.56 
 
 
259 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.879782  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.84 
 
 
248 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000504993 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.57 
 
 
253 aa  143  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2511  short chain dehydrogenase  34.7 
 
 
267 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  37.36 
 
 
272 aa  143  2e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1627  short chain dehydrogenase  34.56 
 
 
259 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_642  oxidoreductase, short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
265 aa  144  2e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100952  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  37.36 
 
 
272 aa  143  2e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2649  short chain dehydrogenase  34.56 
 
 
259 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
252 aa  144  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.09 
 
 
269 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
254 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
270 aa  143  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1430  short chain dehydrogenase  34.7 
 
 
265 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>