More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3118 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
284 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.97 
 
 
257 aa  242  3.9999999999999997e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116723  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.25 
 
 
254 aa  234  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.63161  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
274 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0454164  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
283 aa  182  6e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0441349  normal  0.902161 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3093  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.13 
 
 
259 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.942666 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
281 aa  173  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.24 
 
 
256 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5406  ABC transporter membrane spanning protein  44.12 
 
 
251 aa  172  5.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408693  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
265 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000457845  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.94 
 
 
257 aa  169  6e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.15 
 
 
258 aa  168  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121812  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.74 
 
 
258 aa  167  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.52 
 
 
250 aa  167  1e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.09 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.68 
 
 
254 aa  163  3e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.157809 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06840  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system permease component  31.95 
 
 
266 aa  162  6e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
277 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0283642  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7650  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  38.94 
 
 
247 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621765  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.84 
 
 
247 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0877  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.61 
 
 
260 aa  158  9e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112184  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3099  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.5 
 
 
261 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.44 
 
 
273 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000865  hydroxymethylpyrimidine ABC transporter transmembrane component  30.83 
 
 
266 aa  156  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.96 
 
 
255 aa  156  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.323499  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.52 
 
 
256 aa  155  7e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
273 aa  155  8e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.72 
 
 
288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.173855  normal  0.365472 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0354  ABC transporter, permease  33.2 
 
 
265 aa  152  5e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
255 aa  152  5e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0493  putative ABC transporter, permease protein  33.6 
 
 
257 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0446  putative ABC transporter, permease protein  33.47 
 
 
257 aa  152  7e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.92 
 
 
253 aa  152  7e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0491  ABC transporter, permease protein, putative  33.2 
 
 
257 aa  151  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0367  ABC transporter permease  33.2 
 
 
265 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0357  ABC transporter, permease  33.2 
 
 
265 aa  151  1e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0381  ABC transporter permease  33.2 
 
 
257 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
275 aa  151  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0424  putative ABC transporter, permease protein  33.2 
 
 
257 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4878  putative ABC transporter, permease protein  33.47 
 
 
255 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
271 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
268 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7629  putative ABC transporter permease protein  38.39 
 
 
282 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2703  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.44 
 
 
263 aa  149  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.88688  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.6 
 
 
255 aa  149  4e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0666  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
272 aa  149  4e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0488  putative binding protein-dependent transport system, membrane component  34.43 
 
 
272 aa  149  6e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.970837  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3961  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.3 
 
 
256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.95 
 
 
275 aa  147  3e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
272 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.025765  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.02 
 
 
259 aa  146  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00657833 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4547  putative ABC transporter, permease protein  37.19 
 
 
251 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.113137  normal  0.441246 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
278 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13670  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  30.42 
 
 
249 aa  145  1e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.76 
 
 
254 aa  145  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.85 
 
 
268 aa  144  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.333865  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
258 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0347556  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0881  putative ABC transporter, permease protein  37.19 
 
 
251 aa  143  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00328051  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
251 aa  143  3e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.58 
 
 
255 aa  143  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.12 
 
 
250 aa  142  5e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0784  putative ABC transporter, permease protein  35.27 
 
 
250 aa  142  5e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.605831  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
264 aa  142  6e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  0.743835 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0801  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  35.98 
 
 
298 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0745387  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
257 aa  142  6e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.32 
 
 
272 aa  142  7e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0848141 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0693  ABC transporter permease  36.78 
 
 
250 aa  142  9e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0727  ABC transporter permease  36.78 
 
 
250 aa  142  9e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0363276  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0797  ABC transporter, permease protein, putative  36.78 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0637  ABC transporter, permease  36.78 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00537874  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0637  ABC transporter, permease  36.78 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0804  putative ABC transporter, permease protein  36.78 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.22036e-46 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
282 aa  141  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0113678 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0435  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.73 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.27 
 
 
260 aa  140  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.566245  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1719  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.98 
 
 
264 aa  140  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
254 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00112586  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.3 
 
 
259 aa  139  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.318112 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.239724 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1169  putative ABC transporter permease protein  33.99 
 
 
279 aa  139  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3877  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34 
 
 
282 aa  138  7.999999999999999e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.901388  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.61 
 
 
243 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.73 
 
 
268 aa  138  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.223421 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.95 
 
 
255 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
299 aa  137  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.19 
 
 
282 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0528385  normal  0.0939424 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.47 
 
 
249 aa  137  3.0000000000000003e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.33 
 
 
258 aa  136  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.42897 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
286 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.68 
 
 
222 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2376  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  28.52 
 
 
265 aa  136  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0654  ABC transporter, permease protein  31.15 
 
 
263 aa  136  4e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
267 aa  135  8e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.549296  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2545  binding-protein-dependent transport system protein  37.88 
 
 
287 aa  135  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.240068  normal  0.521676 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3124  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1643  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.61 
 
 
261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0353041  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.27 
 
 
303 aa  133  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.674946  normal  0.833857 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1263  ABC transporter permease  33.86 
 
 
262 aa  132  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165267 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
264 aa  132  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0240883  normal  0.166534 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>