More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3117 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 248 aa  510  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3413  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 246 aa  206  4e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5646  TetR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 233 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3101  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 230 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359837  normal  0.83525 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  40.83 
 
 		 218 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1048  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 210 aa  155  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1016  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 210 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00988275  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4577  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0622  TetR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 216 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4071  TetR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 235 aa  153  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365856  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1237  transcriptional regulator, TetR family  37.44 
 
 		 210 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.665439 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0851  TetR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 241 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5667  TetR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 210 aa  152  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3309  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 210 aa  152  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2364  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 210 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0952  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 210 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0602788  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0176  transcriptional regulator, TetR family  39.15 
 
 		 263 aa  150  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1713  TetR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 210 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.312899  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2325  TetR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 210 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2095  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 210 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  39.69 
 
 		 215 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  40.31 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6229  transcriptional regulator TetR family  38.42 
 
 		 240 aa  149  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.93873  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  40.4 
 
 		 239 aa  148  7e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_003296  RS02063  putative transcription regulator transcription regulator protein  38.42 
 
 		 224 aa  148  7e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0495626  normal  0.936254 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5697  TetR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 220 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4343  transcriptional regulator, TetR family  38.27 
 
 		 225 aa  145  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0349599  decreased coverage  0.000000750918 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3995  TetR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 243 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3710  TetR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 226 aa  145  8.000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4014  transcriptional regulator, TetR family  37.56 
 
 		 225 aa  144  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2244  TetR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 192 aa  143  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0015  TetR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 214 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.576639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2348  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 192 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105911 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4427  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 216 aa  142  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4502  TetR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 241 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.595773 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2226  transcriptional regulator, TetR family  38.38 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.407434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0873  transcriptional regulator, TetR family  38.27 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.326269 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3598  TetR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 227 aa  139  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.646734  normal  0.699465 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0938  transcriptional regulator, TetR family  38.78 
 
 		 231 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0638862 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5093  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 233 aa  139  6e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0355233 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5162  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 224 aa  138  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.122941 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4571  transcriptional regulator, TetR family  37.76 
 
 		 231 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0886  TetR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0116  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 218 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4633  TetR family transcriptional regulator  37 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3448  TetR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 240 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0328  putative transcriptional regulator  37.06 
 
 		 222 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4773  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 212 aa  135  5e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164473  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0891  TetR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 211 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2134  TetR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 212 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175968 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4682  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 212 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000014918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2131  regulatory protein, TetR  34.69 
 
 		 218 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00771887  normal  0.859247 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0685  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 232 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5451  transcriptional regulator TetR family  33.79 
 
 		 241 aa  133  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1991  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 232 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2347  transcriptional regulator, TetR family  33.63 
 
 		 223 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123383  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2087  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 232 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390005  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0377  TetR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 224 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.528926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1638  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 232 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0972  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 210 aa  133  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.299865  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0573  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 232 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0810713  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0773  TetR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 224 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0502  TetR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 224 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03010  TetR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 222 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000381229 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5516  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 270 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4322  transcriptional regulator, TetR family  35.44 
 
 		 242 aa  132  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3094  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 237 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5273  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 237 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.461714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4995  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 224 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3584  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 212 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5749  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 225 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2249  transcriptional regulator, TetR family  34.87 
 
 		 228 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.115177  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38090  TetR-family transcriptional regulatory protein  38.46 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0395776  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0653  TetR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4904  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 225 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1177  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 210 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1929  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 210 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434465  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1338  TetR family regulatory protein  35.38 
 
 		 210 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0841  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 210 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1185  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 210 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193625  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0307  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 210 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.45423  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1024  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 210 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.420909  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7595  transcriptional regulator TetR family  34.59 
 
 		 223 aa  127  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1888  TetR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 212 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3949  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 212 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.549729 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1587  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 255 aa  123  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 215 aa  122  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 215 aa  122  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  32.2 
 
 		 215 aa  121  8e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4747  transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 		 215 aa  121  9e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000342659  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0125  TetR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.493759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2510  TetR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2401  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 223 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853887 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3527  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 227 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0655225  normal  0.540257 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2247  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 227 aa  111  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5245  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 251 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 218 aa  105  7e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2513  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 214 aa  105  8e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.988711 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>