More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3099 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3099  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
261 aa  507  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.83 
 
 
277 aa  228  5e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0283642  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.29 
 
 
273 aa  222  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.84 
 
 
273 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7629  putative ABC transporter permease protein  45.38 
 
 
282 aa  214  9e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.31 
 
 
281 aa  202  5e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1169  putative ABC transporter permease protein  41.91 
 
 
279 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0367  ABC transporter permease  38.04 
 
 
265 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0446  putative ABC transporter, permease protein  38.04 
 
 
257 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0357  ABC transporter, permease  38.04 
 
 
265 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4878  putative ABC transporter, permease protein  38.04 
 
 
255 aa  182  6e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0424  putative ABC transporter, permease protein  38.04 
 
 
257 aa  182  7e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0381  ABC transporter permease  38.04 
 
 
257 aa  182  7e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0491  ABC transporter, permease protein, putative  38.04 
 
 
257 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0354  ABC transporter, permease  37.98 
 
 
265 aa  180  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0493  putative ABC transporter, permease protein  37.65 
 
 
257 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.15 
 
 
255 aa  175  6e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.33 
 
 
274 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0454164  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 
256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116723  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.89 
 
 
270 aa  172  6.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2545  binding-protein-dependent transport system protein  35.95 
 
 
287 aa  170  2e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.240068  normal  0.521676 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.53 
 
 
254 aa  170  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.63161  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0637  ABC transporter, permease  38.74 
 
 
250 aa  168  7e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00537874  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0693  ABC transporter permease  38.74 
 
 
250 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0637  ABC transporter, permease  38.74 
 
 
250 aa  167  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
251 aa  167  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0727  ABC transporter permease  38.74 
 
 
250 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0363276  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0784  putative ABC transporter, permease protein  38.58 
 
 
250 aa  167  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.605831  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0804  putative ABC transporter, permease protein  38.74 
 
 
250 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.22036e-46 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0797  ABC transporter, permease protein, putative  38.19 
 
 
250 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0881  putative ABC transporter, permease protein  37.8 
 
 
251 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00328051  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4547  putative ABC transporter, permease protein  38.19 
 
 
251 aa  166  4e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.113137  normal  0.441246 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.07 
 
 
283 aa  161  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0441349  normal  0.902161 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.78 
 
 
284 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
257 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000865  hydroxymethylpyrimidine ABC transporter transmembrane component  35.18 
 
 
266 aa  156  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3166  ABC transporter, inner membrane subunit  37.85 
 
 
281 aa  155  9e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.26 
 
 
253 aa  154  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
281 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.53 
 
 
253 aa  153  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06840  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system permease component  34.8 
 
 
266 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.95 
 
 
246 aa  151  8e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.98 
 
 
303 aa  151  8.999999999999999e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.674946  normal  0.833857 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.38 
 
 
257 aa  150  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
265 aa  149  4e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000457845  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.9 
 
 
258 aa  148  9e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.44 
 
 
268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
271 aa  145  6e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.18 
 
 
258 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
279 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.667278  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
247 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
279 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.568124  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
255 aa  144  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
279 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
289 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.239724 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.35 
 
 
260 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.566245  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
250 aa  142  6e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.61 
 
 
256 aa  142  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7650  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  35.4 
 
 
247 aa  141  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621765  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.12 
 
 
268 aa  141  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.223421 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
272 aa  140  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.025765  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
264 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  0.743835 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13670  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  35.62 
 
 
249 aa  141  9.999999999999999e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0344  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
286 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113814  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1719  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.44 
 
 
264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.157809 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.29 
 
 
263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.99074 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.35 
 
 
254 aa  140  3e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00112586  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2962  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
280 aa  139  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0794658  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.38 
 
 
259 aa  139  6e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.318112 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2376  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  32.64 
 
 
265 aa  139  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0211  ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
258 aa  138  7e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0202  ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
258 aa  138  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3460  ABC transporter membrane spanning protein  33.73 
 
 
288 aa  138  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
253 aa  137  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.283078  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.91 
 
 
375 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.75 
 
 
286 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0488  putative binding protein-dependent transport system, membrane component  34.82 
 
 
272 aa  135  5e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.970837  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.19 
 
 
267 aa  135  6.0000000000000005e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.6 
 
 
375 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.149558 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
264 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0240883  normal  0.166534 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.08 
 
 
294 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0684117  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.96 
 
 
255 aa  133  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.88 
 
 
258 aa  133  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.90454  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1834  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32 
 
 
268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.101401  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.44 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00657833 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
281 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58323  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
293 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.877762  normal  0.739003 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.56 
 
 
259 aa  133  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.947992  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
254 aa  133  3e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3093  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.54 
 
 
259 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.942666 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2703  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.28 
 
 
263 aa  133  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.88688  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3877  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.27 
 
 
282 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.901388  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
272 aa  132  5e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0848141 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3278  ABC transporter related protein  34.87 
 
 
257 aa  132  5e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000407876  normal  0.0335836 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1308  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.02 
 
 
254 aa  132  5e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000169849 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>