170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3011 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3011  BioY protein  100 
 
 
187 aa  345  3e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.131178  normal  0.563491 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2725  BioY protein  75.14 
 
 
195 aa  252  2e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.318668  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21300  hypothetical protein  49.12 
 
 
197 aa  134  8e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.380414 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1198  BioY protein  50 
 
 
191 aa  131  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1719  BioY family protein  47.65 
 
 
191 aa  123  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1662  BioY family protein  47.65 
 
 
191 aa  123  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2689  BioY protein  43.53 
 
 
197 aa  120  2e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0776  BioY protein  48.45 
 
 
200 aa  117  1e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.656127  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0018  BioY protein  48.75 
 
 
205 aa  116  2e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000199845 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4523  BioY protein  50 
 
 
206 aa  111  7e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.850691  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1156  BioY protein  44.24 
 
 
199 aa  111  8e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1671  BioY protein  47.27 
 
 
207 aa  110  1e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000998664 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0996  BioY protein  44.32 
 
 
191 aa  107  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07160  hypothetical protein  47.5 
 
 
205 aa  105  5e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.635094  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2139  BioY protein  42.94 
 
 
192 aa  104  9e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.990413  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0539  BioY protein  45.75 
 
 
203 aa  103  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.203446  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3231  BioY protein  34.34 
 
 
184 aa  102  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  2.66759e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4329  BioY protein  43.41 
 
 
212 aa  101  7e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.794239  normal  0.373185 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0693  BioY protein  44.05 
 
 
199 aa  99.8  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0509  BioY family protein  43.5 
 
 
199 aa  98.2  6e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0506  BioY family protein  43.5 
 
 
199 aa  98.2  6e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.529292  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3677  BioY protein  37.13 
 
 
182 aa  97.1  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  9.40294e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0230  BioY protein  44.17 
 
 
204 aa  97.1  1e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.949273  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3005  BioY protein  40.76 
 
 
200 aa  96.7  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.312874  normal  0.884214 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3745  BioY protein  35.59 
 
 
190 aa  95.5  4e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  4.21582e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2134  putative BioY protein  42.13 
 
 
197 aa  95.5  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2445  BioY protein  46.52 
 
 
198 aa  94.4  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  2.83482e-06  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1123  BioY protein  39.89 
 
 
197 aa  94  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.432616  normal  0.483731 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8405  BioY family protein  42.86 
 
 
189 aa  92  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0575  BioY protein  42.59 
 
 
185 aa  90.5  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0586  biotin synthesis BioY protein  35.58 
 
 
187 aa  90.1  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1704  BioY protein  48.09 
 
 
200 aa  89  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00848972  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_002978  WD1206  bioY family protein  38.04 
 
 
175 aa  88.6  5e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1588  BioY protein  37.06 
 
 
167 aa  88.2  6e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  1.11141e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1274  BioY protein  47.37 
 
 
196 aa  84.7  6e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0638  BioY family protein  40.68 
 
 
196 aa  84.7  7e-16  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.532905  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3185  BioY protein  37.66 
 
 
178 aa  84.3  9e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4638  BioY protein  45.22 
 
 
203 aa  84.3  9e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.395619 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0901  BioY protein  43.8 
 
 
208 aa  84  1e-15  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1924  BioY family protein  42.95 
 
 
145 aa  84  1e-15  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.930651  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1961  BioY protein  31.45 
 
 
187 aa  83.2  2e-15  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3688  BioY protein  36.56 
 
 
190 aa  82.8  2e-15  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.983357  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0357  hypothetical protein  30.17 
 
 
182 aa  82  4e-15  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0991  BioY protein  39.11 
 
 
199 aa  80.9  9e-15  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02210  hypothetical protein  34.46 
 
 
194 aa  81.3  9e-15  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2725  BioY protein  29.94 
 
 
184 aa  79.7  2e-14  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.401651  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1432  BioY protein  45.57 
 
 
185 aa  80.1  2e-14  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.776822 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3685  BioY protein  36.84 
 
 
189 aa  79.3  3e-14  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1749  BioY protein  40.83 
 
 
182 aa  78.2  6e-14  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.969315  normal  0.0325978 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_967  biotin biosynthesis protein BioY  38.18 
 
 
215 aa  77.8  9e-14  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  8.44147e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0129  BioY protein  37.5 
 
 
169 aa  77.4  1e-13  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0127  BioY protein  37.5 
 
 
169 aa  77.4  1e-13  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0144  BioY protein  38.46 
 
 
189 aa  76.3  2e-13  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.964994 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3107  Na+/H+ antiporter  39.62 
 
 
192 aa  76.3  2e-13  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.468263  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1159  BioY protein  47.83 
 
 
231 aa  76.6  2e-13  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.934928  normal  0.98055 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1318  BioY protein  40.12 
 
 
189 aa  75.9  3e-13  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00324631 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1200  BioY family protein  36.73 
 
 
216 aa  75.9  3e-13  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.3254e-06 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0476  BioY protein  44.65 
 
 
182 aa  75.1  5e-13  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.014299 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0995  BioY protein  37.58 
 
 
215 aa  75.1  6e-13  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0610  BioY protein  34.71 
 
 
174 aa  74.7  7e-13  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  7.75885e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0622  BioY protein  40.74 
 
 
187 aa  73.6  2e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.560526  normal  0.0354097 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2544  BioY protein  32.39 
 
 
192 aa  72  4e-12  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  2.69732e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2875  BioY protein  38.27 
 
 
202 aa  71.6  5e-12  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  9.12957e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3648  bioY family protein  34.27 
 
 
191 aa  72  5e-12  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1597  hypothetical protein  34.25 
 
 
177 aa  72  5e-12  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839094  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0581  BioY protein  39.86 
 
 
187 aa  71.6  5e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.981929  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0659  BioY protein  35.56 
 
 
171 aa  71.2  7e-12  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.728186  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1014  BioY protein  35.93 
 
 
169 aa  70.5  1e-11  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.842683  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3444  BioY protein  35.43 
 
 
181 aa  70.5  2e-11  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.356601 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4207  BioY protein  44.64 
 
 
195 aa  70.1  2e-11  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.759379 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21370  hypothetical protein  37.5 
 
 
205 aa  70.1  2e-11  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.283174  normal  0.337859 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0144  BioY protein  38.2 
 
 
200 aa  69.7  2e-11  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3020  BioY protein  37.93 
 
 
201 aa  69.7  2e-11  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2330  BioY protein  39.02 
 
 
196 aa  69.3  3e-11  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1647  BioY protein  40.58 
 
 
169 aa  68.2  6e-11  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1580  bioY family protein  33.57 
 
 
191 aa  68.2  8e-11  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  7.0307e-10  normal  0.0383655 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05160  BioY protein  33.57 
 
 
184 aa  67.8  8e-11  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1788  BioY protein  37.91 
 
 
169 aa  67.4  1e-10  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.385852  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0498  BioY protein  42.86 
 
 
193 aa  67.4  1e-10  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.583343 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2735  BioY protein  38.06 
 
 
195 aa  67.4  1e-10  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3315  BioY protein  32.87 
 
 
191 aa  66.2  2e-10  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  1.66456e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2086  BioY protein  47.18 
 
 
197 aa  65.9  3e-10  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00325943  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1515  bioY family protein  32.14 
 
 
184 aa  65.5  4e-10  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00248245  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0169  BioY protein  34.15 
 
 
187 aa  65.1  5e-10  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  9.89963e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0886  BioY protein  33.58 
 
 
235 aa  65.1  6e-10  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.452064  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0283  BioY protein  34.48 
 
 
179 aa  65.1  6e-10  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0504  BioY protein  38.07 
 
 
210 aa  65.1  6e-10  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3287  BioY protein  37.84 
 
 
192 aa  65.1  6e-10  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.508525  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4131  BioY protein  39.46 
 
 
189 aa  64.7  7e-10  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.777139  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1068  BioY protein  39.26 
 
 
192 aa  64.7  7e-10  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0539  BioY protein  44.81 
 
 
193 aa  63.9  1e-09  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.252714  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1496  hypothetical protein  28.48 
 
 
165 aa  63.9  1e-09  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.41192 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1681  BioY protein  41.83 
 
 
225 aa  63.5  2e-09  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1184  BioY family protein  38.18 
 
 
215 aa  63.2  2e-09  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  3.30178e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2954  BioY family protein  41.54 
 
 
180 aa  62.8  3e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.716157  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1630  hypothetical protein  49.48 
 
 
199 aa  62.4  3e-09  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2947  BioY protein  34.96 
 
 
187 aa  62.4  4e-09  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  3.05792e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0726  biotin synthase  37.88 
 
 
179 aa  62.4  4e-09  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  1.4315e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1651  BioY family protein  31.03 
 
 
203 aa  62  5e-09  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  4.63296e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0571  BioY protein  45.7 
 
 
193 aa  60.8  1e-08  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>