More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3007 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_5843  1A family penicillin-binding protein  62.36 
 
 
808 aa  1010    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.36925  normal  0.15552 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0911  putative penicillin-binding protein 1A  58.75 
 
 
819 aa  998    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.477143  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4669  1A family penicillin-binding protein  66.95 
 
 
804 aa  1129    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0916  penicillin-binding protein 1A, putative  58.62 
 
 
819 aa  996    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.274618  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4201  putative membrane carboxypeptidase/penicillin-binding protein  84.45 
 
 
835 aa  1457    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603081  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2266  1A family penicillin-binding protein  58.26 
 
 
819 aa  994    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1797  penicillin-binding protein 1a  57.75 
 
 
818 aa  920    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0727  penicillin-binding protein, 1A family  62.77 
 
 
804 aa  1054    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1716  penicillin-binding protein 1A  86.14 
 
 
831 aa  1492    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0706575  normal  0.372111 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1624  1A family penicillin-binding protein  44.94 
 
 
849 aa  673    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521017  normal  0.641281 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2978  penicillin-binding protein 1A (PBP-1a)  44.81 
 
 
849 aa  671    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4359  1A family penicillin-binding protein  62.11 
 
 
810 aa  994    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2730  penicillin-binding protein, 1A family  90.62 
 
 
832 aa  1513    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0803  penicillin-binding protein, 1A  55.17 
 
 
823 aa  910    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2147  penicillin-binding protein 1A  52.74 
 
 
831 aa  818    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.173589  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3007  penicillin-binding protein 1A  100 
 
 
830 aa  1692    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.160235 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2534  penicillin-binding protein 1A  44.32 
 
 
854 aa  675    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.175244 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2852  penicillin-binding protein 1A  89.88 
 
 
830 aa  1526    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.456684  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3276  1A family penicillin-binding protein  53.41 
 
 
908 aa  808    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.658356  normal  0.980736 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0934  1A family penicillin-binding protein  61.93 
 
 
803 aa  1055    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.305447  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2444  penicillin-binding protein 1A  96.09 
 
 
830 aa  1613    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.257563  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1824  penicillin-binding protein 1A  86.87 
 
 
843 aa  1502    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0792156  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2574  1A family penicillin-binding protein  44.96 
 
 
791 aa  655    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.95541 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0867  penicillin-binding protein 1A  45.63 
 
 
835 aa  685    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371617  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3955  penicillin-binding protein, 1A family  62.06 
 
 
805 aa  1006    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.204833  normal  0.755336 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1857  1A family penicillin-binding protein  45.11 
 
 
849 aa  686    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.874221 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1708  1A family penicillin-binding protein  57.61 
 
 
818 aa  943    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0960  1A family penicillin-binding protein  56.76 
 
 
817 aa  927    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0340726 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1395  penicillin-binding protein, 1A family  58.56 
 
 
809 aa  944    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47778  normal  0.639288 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1304  penicillin-binding protein, 1A family  57.8 
 
 
819 aa  939    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0651627 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1298  1A family penicillin-binding protein  50.06 
 
 
833 aa  782    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.144183  normal  0.788784 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3662  1A family penicillin-binding protein  62.06 
 
 
833 aa  1007    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3949  penicillin-binding protein, 1A family  62.53 
 
 
805 aa  996    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1171  penicillin-binding protein  48.01 
 
 
840 aa  692    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0742026  normal  0.682279 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6049  penicillin-binding protein, 1A family  61.65 
 
 
805 aa  1018    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141532  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1816  1A family penicillin-binding protein  43.53 
 
 
845 aa  652    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0319957 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3176  glycosyl transferase family protein  45.22 
 
 
838 aa  633  1e-180  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.632903 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3846  1A family penicillin-binding protein  44.93 
 
 
824 aa  624  1e-177  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2316  peptidoglycan glycosyltransferase  42.16 
 
 
844 aa  581  1e-164  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.067837  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0324  penicillin-binding protein, 1A family  40.42 
 
 
802 aa  571  1e-161  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2321  1A family penicillin-binding protein  41.5 
 
 
862 aa  565  1.0000000000000001e-159  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.10527  normal  0.723891 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1687  1A family penicillin-binding protein  40.75 
 
 
875 aa  546  1e-154  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983861  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4406  1A family penicillin-binding protein  39.7 
 
 
818 aa  545  1e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000928316  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2630  penicillin-binding protein, 1A family  41 
 
 
807 aa  544  1e-153  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2326  1A family penicillin-binding protein  38.99 
 
 
807 aa  537  1e-151  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.774073  unclonable  0.0000291309 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0171  penicillin-binding protein, 1A family  39.02 
 
 
829 aa  533  1e-150  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000166752 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3215  penicillin-binding protein, 1A family  40.4 
 
 
778 aa  533  1e-150  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3133  1A family penicillin-binding protein  39.6 
 
 
796 aa  530  1e-149  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2085  penicillin-binding protein, 1A family  41.57 
 
 
904 aa  530  1e-149  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.535891  normal  0.507146 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0189  penicillin-binding protein, 1A family  38.9 
 
 
827 aa  529  1e-149  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0010  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1A  40.82 
 
 
797 aa  527  1e-148  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000754529  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0354  penicillin-binding protein 1A  40.28 
 
 
841 aa  528  1e-148  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.75585  normal  0.103015 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2676  1A family penicillin-binding protein  39.59 
 
 
795 aa  527  1e-148  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.21019 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3195  1A family penicillin-binding protein  39.12 
 
 
773 aa  527  1e-148  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0754  penicillin-binding protein, 1A family  40.86 
 
 
818 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000281003  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0324  penicillin-binding protein 1A  39.54 
 
 
830 aa  513  1e-144  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0987  hypothetical protein  35.84 
 
 
794 aa  509  1e-143  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0956  hypothetical protein  35.47 
 
 
794 aa  510  1e-143  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3124  penicillin-binding protein 1A  38.96 
 
 
807 aa  511  1e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.31223  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0541  1A family penicillin-binding protein  37.62 
 
 
803 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0201  peptidoglycan glycosyltransferase  37.91 
 
 
793 aa  504  1e-141  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.558494 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0246  penicillin-binding protein 1A  36.64 
 
 
814 aa  504  1e-141  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2078  penicillin-binding protein 1A  38.53 
 
 
777 aa  503  1e-141  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.162741  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2534  1A family penicillin-binding protein  37.28 
 
 
804 aa  501  1e-140  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.401637  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2918  penicillin-binding protein 1A  38.14 
 
 
797 aa  499  1e-140  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.850822  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5134  1A family penicillin-binding protein  37.77 
 
 
817 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3022  Peptidoglycan glycosyltransferase  38.06 
 
 
817 aa  498  1e-139  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.369948  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0825  1A family penicillin-binding protein  36.79 
 
 
846 aa  498  1e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.397118  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0381  1A family penicillin-binding protein  37.47 
 
 
817 aa  495  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5084  penicillin-binding protein, 1A family  37 
 
 
817 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.846696  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5133  penicillin-binding protein  37.68 
 
 
814 aa  492  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0554788  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4957  1A family penicillin-binding protein  37 
 
 
817 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0671  1A family penicillin-binding protein  38.57 
 
 
805 aa  492  1e-137  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.152404 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2462  penicillin-binding protein 1A  37.72 
 
 
791 aa  489  1e-137  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0995  1A family penicillin-binding protein  40.1 
 
 
797 aa  491  1e-137  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2253  1A family penicillin-binding protein  39.68 
 
 
803 aa  492  1e-137  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.816825  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0402  peptidoglycan glycosyltransferase  37.65 
 
 
814 aa  488  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.527889  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0729  1A family penicillin-binding protein  39.35 
 
 
794 aa  486  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.239456  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0404  penicillin-binding protein 1A  37.64 
 
 
815 aa  489  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0818527  normal  0.504343 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5582  1A family penicillin-binding protein  38.86 
 
 
824 aa  488  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2754  1A family penicillin-binding protein  38.45 
 
 
800 aa  488  1e-136  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2091  penicillin-binding protein 1A  37.97 
 
 
793 aa  484  1e-135  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2976  penicillin-binding 1 transmembrane protein  38.55 
 
 
801 aa  483  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.893289  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0698  penicillin-binding protein, 1A family  39.51 
 
 
779 aa  484  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4121  1A family penicillin-binding protein  35.64 
 
 
814 aa  483  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.739203  hitchhiker  0.00000203551 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0118  multimodular transpeptidase-transglycosylase PBP 1A  37.84 
 
 
793 aa  483  1e-135  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3408  1A family penicillin-binding protein  40.06 
 
 
766 aa  481  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000649652 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0024  penicillin-binding protein, 1A family  39.51 
 
 
802 aa  482  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3274  penicillin-binding protein 1A  38.25 
 
 
792 aa  482  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5782  penicillin-binding protein 1A  35.65 
 
 
823 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66670  penicillin-binding protein 1A  35.53 
 
 
823 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4271  peptidoglycan glycosyltransferase  35.63 
 
 
843 aa  477  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.600271 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0780  penicillin-binding protein 1A  38.33 
 
 
804 aa  476  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1918  penicillin-binding protein, 1A family  37.45 
 
 
812 aa  473  1e-132  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.176585  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3254  penicillin-binding protein, 1A family  39.54 
 
 
777 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0272171  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0088  penicillin-binding protein, 1A family  38.51 
 
 
778 aa  473  1e-132  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.129531  normal  0.0128257 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2056  penicillin-binding protein 1A  36.62 
 
 
804 aa  475  1e-132  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000993377  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45310  Penicillin binding protein 1A  36.28 
 
 
819 aa  475  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2907  penicillin-binding protein, 1A family  39.41 
 
 
777 aa  473  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0114663 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0354  putative penicillin-binding 1 (peptoglycansynthetase) transmembrane protein, MrcA  37.94 
 
 
799 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0136569 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>