More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2894 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  73.42 
 
 		 490 aa  664    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  81.96 
 
 		 463 aa  779    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  72.46 
 
 		 461 aa  643    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  100 
 
 		 460 aa  922    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  79.96 
 
 		 464 aa  753    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  87.39 
 
 		 522 aa  820    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  76.64 
 
 		 487 aa  689    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  53.86 
 
 		 463 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  53.09 
 
 		 518 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  50.11 
 
 		 478 aa  436  1e-121  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  49.13 
 
 		 480 aa  437  1e-121  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  50.68 
 
 		 488 aa  429  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  48.5 
 
 		 489 aa  427  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  50.46 
 
 		 497 aa  428  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  50.46 
 
 		 488 aa  427  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  47.71 
 
 		 463 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  49.02 
 
 		 472 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  49.02 
 
 		 472 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  49.32 
 
 		 438 aa  392  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  47.7 
 
 		 483 aa  389  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  49.23 
 
 		 472 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  52.73 
 
 		 553 aa  384  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  47.16 
 
 		 469 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.27 
 
 		 456 aa  336  5e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.52 
 
 		 461 aa  322  8e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.89 
 
 		 464 aa  318  1e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  40.09 
 
 		 538 aa  307  3e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  39.33 
 
 		 472 aa  303  3.0000000000000004e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  40.77 
 
 		 452 aa  303  5.000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  40.56 
 
 		 456 aa  301  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.27 
 
 		 455 aa  298  1e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.38 
 
 		 497 aa  243  3.9999999999999997e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1003  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.97 
 
 		 462 aa  232  1e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1781  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.75 
 
 		 517 aa  222  9.999999999999999e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0863506  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.84 
 
 		 462 aa  216  5.9999999999999996e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.39 
 
 		 494 aa  215  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.36 
 
 		 562 aa  214  3.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  34.78 
 
 		 456 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2583  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.89 
 
 		 497 aa  213  7e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0186  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.44 
 
 		 485 aa  209  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.48 
 
 		 428 aa  207  3e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  34.62 
 
 		 466 aa  206  9e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.4 
 
 		 466 aa  202  9e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2262  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.75 
 
 		 497 aa  196  9e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0148702  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2024  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.5 
 
 		 465 aa  194  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3542  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.26 
 
 		 477 aa  186  6e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0685  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.07 
 
 		 405 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000118649  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2727  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.33 
 
 		 464 aa  177  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2597  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.7 
 
 		 492 aa  176  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1991  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.29 
 
 		 473 aa  171  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.533391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1445  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.63 
 
 		 460 aa  165  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.40462 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4823  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.57 
 
 		 446 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0722  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.85 
 
 		 449 aa  149  7e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.278359  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1020  putative outer membrane protein TolC  29.04 
 
 		 423 aa  142  8e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.808388  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0823  Outer membrane efflux protein  25.36 
 
 		 432 aa  138  2e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0383439  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0246  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.66 
 
 		 538 aa  135  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  25.17 
 
 		 469 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.44 
 
 		 472 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.18 
 
 		 444 aa  129  9.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.15 
 
 		 471 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  25.58 
 
 		 445 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  23.97 
 
 		 471 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.77 
 
 		 471 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.77 
 
 		 471 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.88 
 
 		 471 aa  127  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  25.12 
 
 		 436 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.1 
 
 		 473 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.1 
 
 		 473 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.55 
 
 		 472 aa  127  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.95 
 
 		 470 aa  126  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.32 
 
 		 475 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.99 
 
 		 501 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.49 
 
 		 472 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.17 
 
 		 470 aa  124  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.4 
 
 		 524 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  23.53 
 
 		 436 aa  123  7e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.24 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.15 
 
 		 468 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.44 
 
 		 442 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.14 
 
 		 519 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.65 
 
 		 484 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  23.99 
 
 		 469 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  24.64 
 
 		 425 aa  116  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.66 
 
 		 633 aa  115  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  24.15 
 
 		 430 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.77 
 
 		 456 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.29 
 
 		 607 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  22.54 
 
 		 437 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.2 
 
 		 450 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  23.67 
 
 		 423 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.94 
 
 		 609 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.87 
 
 		 455 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.75 
 
 		 471 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.83 
 
 		 457 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.32 
 
 		 658 aa  109  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  24.52 
 
 		 440 aa  109  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.62 
 
 		 472 aa  109  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.11 
 
 		 431 aa  108  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0729  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.01 
 
 		 444 aa  107  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000668163 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0575  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.01 
 
 		 444 aa  107  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>