More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2701 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  74.27 
 
 		 686 aa  1026    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  61.55 
 
 		 710 aa  842    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  73.87 
 
 		 685 aa  1009    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  64.86 
 
 		 725 aa  857    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  65.12 
 
 		 702 aa  880    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  60.65 
 
 		 716 aa  829    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  71.18 
 
 		 689 aa  1003    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  63.32 
 
 		 712 aa  833    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  60.65 
 
 		 716 aa  829    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  62.81 
 
 		 745 aa  837    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 686 aa  1400    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  79.54 
 
 		 687 aa  1117    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  71.74 
 
 		 717 aa  1011    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  65.52 
 
 		 708 aa  900    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  86.03 
 
 		 687 aa  1191    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  92.74 
 
 		 688 aa  1266    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  78.03 
 
 		 689 aa  1103    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  65.16 
 
 		 702 aa  860    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  76.45 
 
 		 694 aa  1073    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  66.24 
 
 		 720 aa  914    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  72.93 
 
 		 686 aa  994    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  64.06 
 
 		 750 aa  893    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  49.71 
 
 		 700 aa  612  1e-173  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  43.49 
 
 		 676 aa  449  1e-125  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  39.33 
 
 		 681 aa  427  1e-118  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  35.38 
 
 		 754 aa  396  1e-109  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  37.35 
 
 		 655 aa  397  1e-109  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  38.84 
 
 		 669 aa  387  1e-106  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  40.22 
 
 		 745 aa  385  1e-105  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  40.63 
 
 		 725 aa  384  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  40.47 
 
 		 726 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  40.31 
 
 		 726 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  37.6 
 
 		 714 aa  380  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  36.17 
 
 		 648 aa  353  7e-96  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  36.17 
 
 		 648 aa  353  7e-96  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  38.66 
 
 		 724 aa  352  2e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  39.24 
 
 		 719 aa  350  4e-95  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  35.66 
 
 		 742 aa  348  1e-94  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  36.02 
 
 		 656 aa  347  3e-94  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  35.87 
 
 		 719 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  33.23 
 
 		 733 aa  335  1e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  36.93 
 
 		 768 aa  330  4e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  35.25 
 
 		 789 aa  325  2e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  33.5 
 
 		 630 aa  321  3e-86  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  31.64 
 
 		 706 aa  320  6e-86  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  35.31 
 
 		 668 aa  315  1.9999999999999998e-84  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  31.86 
 
 		 735 aa  314  3.9999999999999997e-84  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  31.68 
 
 		 625 aa  307  4.0000000000000004e-82  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  32.42 
 
 		 749 aa  304  4.0000000000000003e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.89 
 
 		 858 aa  301  3e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  32.62 
 
 		 706 aa  300  8e-80  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.97 
 
 		 857 aa  299  1e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  31.82 
 
 		 773 aa  298  2e-79  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.25 
 
 		 773 aa  298  2e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  34.95 
 
 		 673 aa  297  6e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.54 
 
 		 755 aa  295  2e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.8 
 
 		 718 aa  295  2e-78  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.49 
 
 		 829 aa  295  3e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.8 
 
 		 725 aa  294  3e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  34.33 
 
 		 739 aa  293  7e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.02 
 
 		 762 aa  293  7e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.84 
 
 		 742 aa  292  1e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.69 
 
 		 754 aa  291  2e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.86 
 
 		 785 aa  290  4e-77  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.33 
 
 		 781 aa  290  7e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  29.87 
 
 		 724 aa  290  7e-77  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.05 
 
 		 763 aa  290  7e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  35.13 
 
 		 725 aa  289  1e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  31.89 
 
 		 783 aa  289  1e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03230  DNA-dependent helicase II  34.41 
 
 		 728 aa  288  2e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.38 
 
 		 768 aa  288  2.9999999999999996e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  32.44 
 
 		 721 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  32.16 
 
 		 768 aa  287  4e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3764  DNA-dependent helicase II  32.8 
 
 		 724 aa  287  5e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  31.4 
 
 		 789 aa  286  5.999999999999999e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  32.89 
 
 		 722 aa  286  9e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  32.99 
 
 		 722 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  32.99 
 
 		 722 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  32.99 
 
 		 722 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.89 
 
 		 729 aa  285  3.0000000000000004e-75  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  31.88 
 
 		 736 aa  285  3.0000000000000004e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  34.01 
 
 		 707 aa  285  3.0000000000000004e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.03 
 
 		 715 aa  284  3.0000000000000004e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3947  DNA-dependent helicase II  33.15 
 
 		 730 aa  284  4.0000000000000003e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  33.23 
 
 		 722 aa  284  5.000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  33.89 
 
 		 762 aa  283  7.000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  32.94 
 
 		 722 aa  283  1e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7996  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.77 
 
 		 806 aa  282  1e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  32.94 
 
 		 722 aa  282  1e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  34.82 
 
 		 705 aa  281  2e-74  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  31.37 
 
 		 720 aa  281  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  32.08 
 
 		 757 aa  282  2e-74  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  34.35 
 
 		 726 aa  282  2e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  33.09 
 
 		 722 aa  281  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  31.37 
 
 		 720 aa  281  3e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  31.37 
 
 		 720 aa  281  3e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.54 
 
 		 781 aa  281  3e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  31.37 
 
 		 720 aa  281  3e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  31.37 
 
 		 720 aa  281  3e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  31.37 
 
 		 720 aa  281  3e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>