293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2696 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  100 
 
 		 377 aa  759    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  50.14 
 
 		 380 aa  359  5e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  44 
 
 		 365 aa  300  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  46.53 
 
 		 383 aa  299  5e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  43.19 
 
 		 377 aa  295  7e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  40.37 
 
 		 381 aa  289  6e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  40.37 
 
 		 389 aa  288  8e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  40.37 
 
 		 389 aa  288  8e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  38.01 
 
 		 377 aa  278  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  42.24 
 
 		 375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  38.55 
 
 		 406 aa  271  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  37.23 
 
 		 365 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  42.21 
 
 		 370 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  38.81 
 
 		 378 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  36.84 
 
 		 375 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  38.27 
 
 		 378 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  36.84 
 
 		 375 aa  256  6e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  37.53 
 
 		 386 aa  256  6e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  38.24 
 
 		 383 aa  255  8e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  41.13 
 
 		 370 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  36.6 
 
 		 373 aa  252  8.000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  36.6 
 
 		 373 aa  249  7e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  37.18 
 
 		 371 aa  247  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  40.27 
 
 		 382 aa  245  9.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  37.8 
 
 		 383 aa  244  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  41.09 
 
 		 401 aa  244  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  35.96 
 
 		 370 aa  233  3e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.36 
 
 		 366 aa  233  4.0000000000000004e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  37.36 
 
 		 366 aa  233  4.0000000000000004e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  37.36 
 
 		 366 aa  233  4.0000000000000004e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  37.57 
 
 		 368 aa  229  5e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  37.32 
 
 		 369 aa  228  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  35.31 
 
 		 371 aa  220  3.9999999999999997e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  40.92 
 
 		 367 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  31.58 
 
 		 384 aa  208  1e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  36.18 
 
 		 374 aa  199  7e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  31.5 
 
 		 427 aa  195  1e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  31.69 
 
 		 394 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  32.16 
 
 		 372 aa  188  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  31.58 
 
 		 372 aa  188  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  30.41 
 
 		 375 aa  182  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  33.7 
 
 		 363 aa  179  8e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  29.24 
 
 		 374 aa  172  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  28.33 
 
 		 392 aa  159  1e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  30.4 
 
 		 360 aa  157  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  28.42 
 
 		 407 aa  152  8e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  30.47 
 
 		 429 aa  149  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  28.94 
 
 		 364 aa  140  3e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  28.32 
 
 		 365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  28.05 
 
 		 368 aa  130  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2396  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  26.55 
 
 		 375 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  27.98 
 
 		 363 aa  121  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  27.98 
 
 		 363 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  27.11 
 
 		 380 aa  112  8.000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  25.66 
 
 		 483 aa  109  9.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1321  periplasmic binding protein  26.18 
 
 		 366 aa  108  2e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.77394  normal  0.0125945 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  27.09 
 
 		 478 aa  106  6e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  28.92 
 
 		 377 aa  105  1e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0528  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 361 aa  104  3e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.147263  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0444  periplasmic binding protein  26.8 
 
 		 356 aa  99.8  7e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  29.05 
 
 		 358 aa  99.4  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0025  FMN-binding domain protein  25.93 
 
 		 517 aa  98.2  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  26.88 
 
 		 354 aa  96.7  7e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  26.74 
 
 		 354 aa  95.9  9e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  23.31 
 
 		 380 aa  95.9  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1645  periplasmic binding protein  24.93 
 
 		 354 aa  94.4  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.399451  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  27.17 
 
 		 402 aa  93.6  6e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1283  periplasmic binding protein  28.21 
 
 		 409 aa  93.2  7e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.907  normal  0.591849 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  26.28 
 
 		 409 aa  93.2  7e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1593  periplasmic binding protein  26.05 
 
 		 372 aa  92.4  1e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0653353  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1316  periplasmic binding protein  24.21 
 
 		 390 aa  89.7  7e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.867732  normal  0.0135564 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  26.09 
 
 		 360 aa  88.6  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  26.36 
 
 		 429 aa  88.6  2e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  24.89 
 
 		 359 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0426  periplasmic binding protein  24.12 
 
 		 375 aa  83.2  0.000000000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0219  periplasmic binding protein  26.24 
 
 		 370 aa  83.2  0.000000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0388  periplasmic binding protein  27.22 
 
 		 396 aa  81.6  0.00000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  26.04 
 
 		 362 aa  80.5  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  24.45 
 
 		 375 aa  79.7  0.00000000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  25.57 
 
 		 374 aa  78.6  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1151  hypothetical protein  27.27 
 
 		 333 aa  77.4  0.0000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0978  periplasmic binding protein  28.25 
 
 		 689 aa  77.4  0.0000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.194046 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1622  iron transport periplasmic binding protein  25.58 
 
 		 370 aa  76.3  0.0000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000308392  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0216  periplasmic binding protein  26.44 
 
 		 393 aa  74.7  0.000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.941778  normal  0.148136 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1559  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  21.71 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.307142  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0248  periplasmic binding protein  22.5 
 
 		 375 aa  74.7  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0774691  normal  0.65467 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1868  iron(III) dicitrate-binding protein  24.25 
 
 		 401 aa  73.6  0.000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.311818 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0059  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 688 aa  73.9  0.000000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.932595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0428  periplasmic binding protein  23.68 
 
 		 375 aa  73.6  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26430  Periplasmic binding protein  25.91 
 
 		 360 aa  73.2  0.000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0027542  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0435  periplasmic binding protein  26.73 
 
 		 362 aa  73.2  0.000000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000278634  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1419  periplasmic binding protein  23.91 
 
 		 375 aa  72.8  0.000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.364808  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1675  hypothetical protein  25.14 
 
 		 368 aa  72.8  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0836  periplasmic binding protein  25.07 
 
 		 397 aa  72  0.00000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00603144  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  23.43 
 
 		 361 aa  70.9  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  22.41 
 
 		 370 aa  71.2  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1132  periplasmic binding protein  23.53 
 
 		 378 aa  71.2  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0148173  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1494  periplasmic binding protein  24.15 
 
 		 374 aa  70.9  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  decreased coverage  0.00826016  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1598  periplasmic binding protein  25.68 
 
 		 369 aa  70.5  0.00000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.796704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2097  periplasmic binding protein  23.4 
 
 		 376 aa  70.5  0.00000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.328694  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>