208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2617 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2617  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 207 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.923721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3359  transcriptional regulator, TetR family  35.75 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000478711  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2560  transcriptional regulator, TetR family  34.5 
 
 		 225 aa  71.2  0.000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000391327  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1824  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 203 aa  69.3  0.00000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0882089  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1871  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 203 aa  69.3  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.516108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1805  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 203 aa  69.3  0.00000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.386636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5101  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 188 aa  66.2  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375326  normal  0.313411 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3610  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 191 aa  65.9  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.140089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3510  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 197 aa  64.7  0.0000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1277  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0101868  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3878  transcriptional regulator, TetR family  32.02 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0129032  normal  0.838393 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31710  hypothetical protein  36.89 
 
 		 189 aa  57  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.547253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4038  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 166 aa  55.1  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.796052  normal  0.0190621 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1763  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 221 aa  54.3  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3555  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 221 aa  54.3  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31350  hypothetical protein  51.67 
 
 		 203 aa  53.5  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112877  normal  0.357558 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1372  regulatory protein, TetR  27.89 
 
 		 193 aa  53.9  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0306025  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2375  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 184 aa  53.1  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.90143  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38620  hypothetical protein  28.32 
 
 		 186 aa  52.8  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19140  hypothetical protein  28.07 
 
 		 188 aa  53.1  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0125477  normal  0.347466 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1768  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 181 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0908345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1935  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 188 aa  52.8  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.551285  hitchhiker  0.00334969 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10790  hypothetical protein  34.69 
 
 		 207 aa  52.4  0.000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1252  regulatory protein, TetR  29.41 
 
 		 201 aa  51.6  0.000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.409819  normal  0.484115 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2089  transcriptional regulator, TetR family  27.7 
 
 		 184 aa  50.8  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.850407  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  21.46 
 
 		 225 aa  51.2  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7862  transcriptional regulator, TetR family  27.64 
 
 		 240 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0504045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30040  hypothetical protein  42.03 
 
 		 193 aa  50.8  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.000857921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 203 aa  51.2  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1451  transcriptional regulator, TetR family  28.03 
 
 		 428 aa  50.1  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1090  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 204 aa  50.1  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.141216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3536  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 208 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1672  transcriptional regulator, TetR family  33.59 
 
 		 184 aa  49.7  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1138  TetR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 248 aa  49.7  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3867  TetR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 225 aa  49.7  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.53155  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2858  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 225 aa  49.7  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.211856  hitchhiker  0.00171809 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1141  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 218 aa  49.7  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.864063  hitchhiker  0.000033846 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6891  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 196 aa  49.7  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4065  transcriptional regulator, TetR family  32.58 
 
 		 208 aa  49.3  0.00004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3582  transcriptional regulator, TetR family  33.09 
 
 		 187 aa  49.3  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1681  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 225 aa  49.3  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296499  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7555  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 414 aa  48.9  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.838529  normal  0.947596 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 213 aa  48.9  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2273  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 236 aa  49.3  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.702073 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3573  transcriptional regulator, TetR family  28.68 
 
 		 196 aa  48.9  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1720  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 221 aa  48.9  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000768968 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 205 aa  48.9  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2528  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 190 aa  48.5  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.56508  normal  0.0962635 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2779  transcriptional regulator, TetR family  27.82 
 
 		 185 aa  48.5  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.441306  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 215 aa  48.1  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4264  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 189 aa  48.1  0.00009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5992  transcriptional regulator, TetR family  38.98 
 
 		 199 aa  48.1  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.396143  normal  0.47391 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0308  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 190 aa  48.1  0.00009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000556725 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5896  transcriptional regulator  40.91 
 
 		 199 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371414  normal  0.0197091 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3896  transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 199 aa  47.4  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.971829  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3685  transcriptional regulator, TetR family  36.23 
 
 		 199 aa  47.8  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2383  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 218 aa  47.8  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00360847 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1610  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 202 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3937  transcriptional regulator, TetR family  26.71 
 
 		 187 aa  48.1  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00797355  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3981  transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 198 aa  47.4  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000890193 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19020  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 197 aa  47.8  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  37.14 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1497  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 238 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  0.986291 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4477  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 208 aa  47  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47529  normal  0.773196 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0068  TetR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 193 aa  46.6  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  25.76 
 
 		 367 aa  47  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1948  transcriptional regulator BetI  37.1 
 
 		 198 aa  46.6  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.200723  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0096  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 		 186 aa  47  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3503  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 198 aa  47.4  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5376  putative transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 207 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0545475 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22570  hypothetical protein  27.82 
 
 		 193 aa  46.6  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.487793  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4225  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 234 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2260  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0104994  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1102  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 234 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2786  transcriptional regulator, TetR family  43.08 
 
 		 190 aa  46.6  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4120  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 234 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4569  TetR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 203 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.591722  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2529  transcriptional regulator, TetR family  30.51 
 
 		 202 aa  46.6  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000510912 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0069  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 		 219 aa  46.6  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4657  TetR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 203 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.287751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5148  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 199 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0095  transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 		 198 aa  46.2  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0478352 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4952  TetR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 203 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.150878 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2258  transcriptional regulator, TetR family  48.98 
 
 		 218 aa  46.6  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0562664  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1840  transcriptional regulator, TetR family  26.39 
 
 		 415 aa  46.2  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1439  putative transcriptional regulator  25.14 
 
 		 237 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1067  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.530116 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 216 aa  45.8  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 250 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 215 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2499  transcriptional regulator, TetR family  25.36 
 
 		 178 aa  45.8  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0999  transcriptional regulator, TetR family  25.36 
 
 		 178 aa  45.8  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.252522 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3172  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 216 aa  45.8  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.547125 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 216 aa  45.8  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2796  TetR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 178 aa  45.8  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117516  normal  0.243308 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3893  transcriptional regulator, TetR family  27.61 
 
 		 194 aa  45.8  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0918  TetR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 178 aa  45.8  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2809  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 206 aa  45.4  0.0005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00640157  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0873  TetR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 178 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25560  transcriptional regulator  33.14 
 
 		 207 aa  45.8  0.0005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>