More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2586 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3214  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  71.98 
 
 		 514 aa  724    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4549  NADH dehydrogenase subunit M  87.45 
 
 		 502 aa  862    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.899725  normal  0.177769 
 
 
-
 
NC_004310  BR0814  NADH dehydrogenase subunit M  70.52 
 
 		 502 aa  704    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.669912  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1007  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  69.38 
 
 		 527 aa  671    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.244989  normal  0.172272 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4621  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  72.84 
 
 		 503 aa  742    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0225414 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1728  NADH dehydrogenase subunit M  71.23 
 
 		 512 aa  721    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.694351  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3286  NADH dehydrogenase subunit M  90.69 
 
 		 505 aa  916    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.573256  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1992  NADH dehydrogenase subunit M  66.47 
 
 		 513 aa  651    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0809  NADH dehydrogenase subunit M  70.31 
 
 		 502 aa  703    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1875  NADH dehydrogenase subunit M  84.39 
 
 		 502 aa  832    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.123353  normal  0.162516 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1190  NADH dehydrogenase subunit M  66.8 
 
 		 513 aa  662    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.602239  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1073  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  68.6 
 
 		 527 aa  673    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.397792  normal  0.614174 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2529  NADH dehydrogenase subunit M  66.6 
 
 		 513 aa  660    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0432269  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1202  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  68.6 
 
 		 527 aa  674    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1273  NADH dehydrogenase subunit M  71.83 
 
 		 503 aa  706    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.218995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0790  NADH dehydrogenase subunit M  65.7 
 
 		 489 aa  658    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0146664  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2386  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  67.07 
 
 		 507 aa  694    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0446554  normal  0.771852 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2047  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  68.84 
 
 		 506 aa  658    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.688388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4138  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  70 
 
 		 506 aa  697    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.68162  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2930  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  70.91 
 
 		 503 aa  718    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1365  NADH dehydrogenase subunit M  72.23 
 
 		 503 aa  707    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.288443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2820  NADH dehydrogenase subunit M  66.73 
 
 		 494 aa  649    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2586  NADH dehydrogenase subunit M  100 
 
 		 505 aa  1001    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.277846  normal  0.933861 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4402  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  69.39 
 
 		 506 aa  689    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1195  NADH dehydrogenase subunit M  67.27 
 
 		 514 aa  639    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2416  NADH dehydrogenase subunit M  88.41 
 
 		 506 aa  843    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185861  hitchhiker  0.00201163 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2873  NADH dehydrogenase subunit M  94.65 
 
 		 505 aa  943    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.593537  normal  0.190787 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2208  NADH dehydrogenase subunit M  82 
 
 		 502 aa  797    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2411  NADH dehydrogenase subunit M  71.43 
 
 		 502 aa  720    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0139684  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2232  NADH dehydrogenase subunit M  64.62 
 
 		 513 aa  635    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1034  NADH dehydrogenase subunit M  71.77 
 
 		 501 aa  726    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0902  NADH dehydrogenase subunit M  71.43 
 
 		 503 aa  712    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.485511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1328  NADH dehydrogenase subunit M  68.79 
 
 		 515 aa  663    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0365587 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1567  NADH dehydrogenase subunit M  63.95 
 
 		 510 aa  628  1e-179  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0145309  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0759  NADH dehydrogenase subunit M  65.2 
 
 		 521 aa  627  1e-178  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1367  NADH dehydrogenase subunit M  62.55 
 
 		 504 aa  619  1e-176  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.73718  normal  0.0186615 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3623  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  59.04 
 
 		 497 aa  575  1.0000000000000001e-163  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0933316 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1297  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  57.09 
 
 		 517 aa  541  9.999999999999999e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.310609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2288  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  58.67 
 
 		 516 aa  529  1e-149  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2997  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  58.56 
 
 		 508 aa  530  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1817  NADH dehydrogenase subunit M  54.29 
 
 		 496 aa  518  1e-146  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1448  NADH dehydrogenase subunit M  54.29 
 
 		 496 aa  518  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5565  NADH dehydrogenase subunit M  54.4 
 
 		 496 aa  519  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0400022  normal  0.331028 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1142  NADH dehydrogenase subunit M  54.29 
 
 		 496 aa  518  1e-146  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.400671  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0725  NADH dehydrogenase subunit M  54.29 
 
 		 496 aa  518  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10971  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1311  NADH dehydrogenase subunit M  54.29 
 
 		 496 aa  518  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0425  NADH dehydrogenase subunit M  54.29 
 
 		 496 aa  518  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.271774  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1302  NADH dehydrogenase subunit M  54.29 
 
 		 496 aa  518  1e-146  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1040  NADH dehydrogenase subunit M  54.19 
 
 		 496 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.926201  normal  0.336803 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1073  NADH dehydrogenase subunit M  53.88 
 
 		 496 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2154  NADH dehydrogenase subunit M  54.23 
 
 		 496 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.575239  normal  0.457666 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1625  NADH dehydrogenase subunit M  54.19 
 
 		 496 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.209377  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2275  NADH dehydrogenase subunit M  54.43 
 
 		 496 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.229712  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2237  NADH dehydrogenase subunit M  54.19 
 
 		 496 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.759454  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2261  NADH dehydrogenase subunit M  54.19 
 
 		 496 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.796685  normal  0.444802 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2618  NADH-quinone oxidoreductase, M subunit  54.43 
 
 		 494 aa  508  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2245  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  54.43 
 
 		 494 aa  508  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000177754 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2050  NADH dehydrogenase subunit M  53.28 
 
 		 488 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.232549  normal  0.0955875 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2049  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  52.88 
 
 		 495 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0939  NADH dehydrogenase subunit M  53.39 
 
 		 488 aa  507  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.573933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4232  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  50.4 
 
 		 525 aa  504  1e-141  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0177133  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2202  NADH dehydrogenase subunit M  53.27 
 
 		 488 aa  502  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.866282  normal  0.474832 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1879  NADH dehydrogenase subunit M  53.27 
 
 		 488 aa  503  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.493129  normal  0.822984 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0998  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  52.09 
 
 		 504 aa  504  1e-141  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1952  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  51 
 
 		 507 aa  501  1e-140  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0417902  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1355  NADH dehydrogenase subunit M  52.76 
 
 		 496 aa  498  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000992227  normal  0.0345123 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3343  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  49.8 
 
 		 519 aa  498  1e-140  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3202  NADH dehydrogenase subunit M  53.66 
 
 		 496 aa  501  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.422188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1997  NADH dehydrogenase subunit M  52.13 
 
 		 497 aa  496  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.425538  normal  0.176809 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0350  NADH dehydrogenase I, M subunit  49.8 
 
 		 522 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0973  NADH dehydrogenase subunit M  52.16 
 
 		 488 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0836349  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2819  NADH dehydrogenase subunit M  51 
 
 		 502 aa  492  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3914  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  49.8 
 
 		 535 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0719914  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0720  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  52.1 
 
 		 504 aa  489  1e-137  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.362005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0252  NADH dehydrogenase subunit M  51.59 
 
 		 501 aa  490  1e-137  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01299  NADH dehydrogenase subunit M  51.12 
 
 		 491 aa  486  1e-136  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.648189  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1415  NADH dehydrogenase (quinone)  53.28 
 
 		 491 aa  486  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.508375  normal  0.0193211 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2553  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  51 
 
 		 504 aa  487  1e-136  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.668765  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0281  NADH dehydrogenase subunit M  51.39 
 
 		 501 aa  484  1e-135  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.540456  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0933  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  51.79 
 
 		 505 aa  482  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0829  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  50 
 
 		 504 aa  481  1e-134  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3998  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  49.12 
 
 		 535 aa  481  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000144113 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1958  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  48.9 
 
 		 501 aa  475  1e-133  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280811 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0961  NADH dehydrogenase subunit M  52.15 
 
 		 494 aa  473  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0280946  normal  0.49186 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1154  NADH dehydrogenase subunit M  52.05 
 
 		 494 aa  474  1e-132  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.408177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1103  NADH dehydrogenase subunit M  51.23 
 
 		 495 aa  472  1e-132  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135594  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1754  NADH dehydrogenase subunit M  51.53 
 
 		 493 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.494513  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1039  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  51.61 
 
 		 488 aa  468  9.999999999999999e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1513  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  51.35 
 
 		 490 aa  462  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00366776 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0884  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  51.84 
 
 		 491 aa  464  1e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1753  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  50.69 
 
 		 505 aa  464  1e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3126  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  49.19 
 
 		 535 aa  464  1e-129  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2801  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  51.64 
 
 		 491 aa  461  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0834945  normal  0.364272 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1275  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  52.88 
 
 		 491 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.512446  normal  0.301879 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3625  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  50.82 
 
 		 491 aa  461  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5168  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  52.55 
 
 		 491 aa  461  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1505  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  50.51 
 
 		 491 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.185001  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0969  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  51.02 
 
 		 491 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.667144  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1436  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  51.75 
 
 		 491 aa  456  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.244005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0833  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  51.08 
 
 		 488 aa  457  1e-127  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>