80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2516 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2516  MOSC  100 
 
 
165 aa  320  8e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.406281  normal  0.326487 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2927  hypothetical protein  83.64 
 
 
165 aa  258  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113815  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7200  MOSC domain-containing protein  59.63 
 
 
167 aa  189  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.313237 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1459  MOSC domain-containing protein  54.27 
 
 
181 aa  172  2e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.126815 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2906  MOSC domain containing protein  50 
 
 
167 aa  160  7e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0530  alpha amylase domain-containing protein  54.55 
 
 
144 aa  155  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0007  MOSC domain-containing protein  50.54 
 
 
206 aa  153  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.278634  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00774  mosc  53.79 
 
 
151 aa  152  2e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00950006  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0767  MOSC domain-containing protein  49.68 
 
 
182 aa  150  6e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0265  MOSC domain containing protein  50 
 
 
184 aa  148  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.798311  normal  0.0276593 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4829  MOSC  45.91 
 
 
175 aa  144  4e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.142865  normal  0.399285 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3499  hypothetical protein  53.59 
 
 
178 aa  140  6e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.70844  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0791  MOSC  42.14 
 
 
177 aa  134  7e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0358  MOSC  52.11 
 
 
155 aa  130  7e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0919  MOSC domain protein  42.47 
 
 
174 aa  129  2e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2198  hypothetical protein  48.72 
 
 
159 aa  117  8e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58850  hypothetical protein  42.07 
 
 
149 aa  103  9e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.111042 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5172  hypothetical protein  41.38 
 
 
146 aa  103  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.634719  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1460  hypothetical protein  41.22 
 
 
160 aa  92  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.371187  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4111  putative sulferase  37.5 
 
 
174 aa  90.5  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.641133  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3073  MOSC domain containing protein  39.35 
 
 
153 aa  86.3  2e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5926  hypothetical protein  38.61 
 
 
189 aa  84.7  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0229267  normal  0.231206 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1741  MOSC domain-containing protein  38.46 
 
 
153 aa  84.3  7e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.296315  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0106  hypothetical protein  41.09 
 
 
190 aa  84  9e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2412  MOSC domain-containing protein  40.31 
 
 
162 aa  83.6  1e-15  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.255229  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3575  hypothetical protein  39.55 
 
 
190 aa  82  3e-15  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3206  MOSC domain containing protein  37.58 
 
 
200 aa  78.2  5e-14  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0881785  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1811  MOSC  37.76 
 
 
158 aa  78.2  5e-14  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.98215  normal  0.190966 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1008  MOSC  40.13 
 
 
181 aa  76.6  1e-13  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4831  hypothetical protein  36.31 
 
 
189 aa  75.9  3e-13  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  unclonable  8.5919e-08  hitchhiker  0.00670464 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2603  MOSC domain-containing protein  38.26 
 
 
151 aa  72.8  2e-12  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10057  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4639  MOSC domain containing protein  30.57 
 
 
163 aa  69.3  2e-11  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1758  MOSC domain containing protein  34.78 
 
 
143 aa  65.1  4e-10  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.175574  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1442  MOSC domain-containing protein  37.7 
 
 
158 aa  64.7  6e-10  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4294  hypothetical protein  36.28 
 
 
197 aa  63.5  1e-09  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.17157  normal  0.269993 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1526  MOSC domain containing protein  40.31 
 
 
178 aa  62.8  2e-09  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2298  MOSC domain containing protein  35.16 
 
 
142 aa  60.8  8e-09  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0011  hypothetical protein  30.28 
 
 
145 aa  60.8  9e-09  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0019  hypothetical protein  29.37 
 
 
146 aa  58.9  3e-08  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000110253 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1294  hypothetical protein  33.81 
 
 
176 aa  58.5  4e-08  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.247549  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0082  MOSC domain-containing protein  30.3 
 
 
164 aa  57  1e-07  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0491  MOSC domain containing protein  29.73 
 
 
154 aa  53.5  1e-06  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0514141  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1966  hypothetical protein  35.1 
 
 
156 aa  52.4  3e-06  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0292017  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0014  hypothetical protein  34.26 
 
 
146 aa  50.1  1e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0124057  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5597  hypothetical protein  34.03 
 
 
179 aa  50.1  1e-05  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.963565  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0205  MOSC domain containing protein  28.38 
 
 
147 aa  49.3  2e-05  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0214556  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0061  MOSC domain-containing protein  31.72 
 
 
201 aa  48.9  3e-05  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.489415 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1952  MOSC domain containing protein  34.96 
 
 
143 aa  48.9  3e-05  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2719  MOSC domain-containing protein  36.09 
 
 
148 aa  49.3  3e-05  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  decreased coverage  0.005456  normal  0.132425 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2674  MOSC domain-containing protein  36.09 
 
 
148 aa  49.3  3e-05  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.216386  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2705  MOSC domain-containing protein  36.09 
 
 
148 aa  48.5  4e-05  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705945  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1893  MOSC domain-containing protein  33.33 
 
 
218 aa  48.5  4e-05  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.552866  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0016  hypothetical protein  27.14 
 
 
155 aa  48.1  5e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000226962 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0020  MOSC domain-containing protein  34.29 
 
 
145 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.606276  hitchhiker  1.72861e-08 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0018  hypothetical protein  31.78 
 
 
145 aa  46.6  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0010  hypothetical protein  31.48 
 
 
150 aa  46.2  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.276585  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08310  hypothetical protein  34.9 
 
 
214 aa  46.6  0.0002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0821937  normal  0.516945 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2271  MOSC domain containing protein  33.33 
 
 
143 aa  45.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1147  MOSC domain-containing protein  32.54 
 
 
208 aa  46.2  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0779  MOSC domain-containing protein  31.25 
 
 
209 aa  45.8  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.161048  normal  0.0150919 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0313  MOSC domain containing protein  33.33 
 
 
212 aa  45.8  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0012  hypothetical protein  33.65 
 
 
145 aa  45.4  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  2.03173e-05 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2483  hypothetical protein  32.89 
 
 
179 aa  45.1  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0431097  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0012  hypothetical protein  28.78 
 
 
145 aa  45.4  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4234  MOSC domain-containing protein  31.21 
 
 
180 aa  45.1  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.37433  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0010  hypothetical protein  29.14 
 
 
147 aa  44.3  0.0007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2447  hypothetical protein  36.61 
 
 
187 aa  43.9  0.0009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.537217  decreased coverage  3.10841e-08 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5316  MOSC domain containing protein  32.65 
 
 
232 aa  43.5  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00687382  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1356  hypothetical protein  37.82 
 
 
188 aa  43.5  0.001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3658  MOSC domain containing protein  34.29 
 
 
217 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.192632 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1580  MOSC domain-containing protein  36.26 
 
 
235 aa  42.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000909232  normal  0.645323 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3827  MOSC domain containing protein  34.44 
 
 
590 aa  42  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0143963  normal  0.074311 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1967  hypothetical protein  28.23 
 
 
153 aa  41.6  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.2743e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1370  MOSC domain protein  30.2 
 
 
161 aa  41.2  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3570  MOSC domain-containing protein  33.33 
 
 
145 aa  41.2  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1617  MOSC domain containing protein  36.29 
 
 
218 aa  41.6  0.006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.891186  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2930  MOSC domain containing protein  34.48 
 
 
143 aa  41.2  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1839  3-alpha:MOSC  42.86 
 
 
241 aa  40.8  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1402  MOSC domain containing protein  29.92 
 
 
144 aa  40.4  0.01  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1701  MOSC domain-containing protein  32.81 
 
 
219 aa  40.4  0.01  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>