More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2464 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2464  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 159 aa  319  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3487  30S ribosomal protein S6  92.45 
 
 		 158 aa  252  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.289777  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2296  30S ribosomal protein S6  82.76 
 
 		 168 aa  221  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.220775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2985  30S ribosomal protein S6  95.33 
 
 		 160 aa  218  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.620365 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2355  30S ribosomal protein S6  85.16 
 
 		 147 aa  206  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22878  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3815  30S ribosomal protein S6  86.92 
 
 		 153 aa  202  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247483  normal  0.0901852 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1691  30S ribosomal protein S6  87.85 
 
 		 139 aa  202  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3118  30S ribosomal protein S6  70.75 
 
 		 152 aa  167  7e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.158791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1054  30S ribosomal protein S6  57.86 
 
 		 155 aa  164  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1197  30S ribosomal protein S6  57.86 
 
 		 155 aa  164  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.358566  normal  0.0253087 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0741  30S ribosomal protein S6  67.27 
 
 		 145 aa  159  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  0.125363 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2303  30S ribosomal protein S6  65.45 
 
 		 151 aa  159  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1520  30S ribosomal protein S6  66.98 
 
 		 153 aa  158  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.162884  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1416  30S ribosomal protein S6  66.67 
 
 		 120 aa  156  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2590  30S ribosomal protein S6  65.45 
 
 		 134 aa  153  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4637  30S ribosomal protein S6  64.55 
 
 		 134 aa  153  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329942  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0494  30S ribosomal protein S6  63.64 
 
 		 136 aa  153  1e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0898  30S ribosomal protein S6  62.26 
 
 		 146 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0179425 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0569  30S ribosomal protein S6  66.35 
 
 		 151 aa  149  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0461  30S ribosomal protein S6  65.38 
 
 		 156 aa  147  5e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0455  30S ribosomal protein S6  65.38 
 
 		 148 aa  147  7e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0189276  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3942  30S ribosomal protein S6  60.38 
 
 		 151 aa  142  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.262713 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4310  30S ribosomal protein S6  60.38 
 
 		 151 aa  142  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751589 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4417  30S ribosomal protein S6  59.43 
 
 		 151 aa  140  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.316855 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  59.05 
 
 		 155 aa  140  7e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1916  30S ribosomal protein S6  60 
 
 		 148 aa  139  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136895  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5421  30S ribosomal protein S6  58.1 
 
 		 154 aa  138  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0549173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1352  30S ribosomal protein S6  50.71 
 
 		 132 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105388  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1900  30S ribosomal protein S6  55.66 
 
 		 122 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3038  30S ribosomal protein S6  51.64 
 
 		 161 aa  130  9e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.59116  normal  0.184677 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0891  30S ribosomal protein S6  54.72 
 
 		 131 aa  126  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  0.483607 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2512  30S ribosomal protein S6  52.1 
 
 		 126 aa  125  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0414  30S ribosomal protein S6  50.94 
 
 		 160 aa  124  5e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2186  30S ribosomal protein S6  49.06 
 
 		 117 aa  123  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0139  30S ribosomal protein S6  50 
 
 		 132 aa  121  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1772  30S ribosomal protein S6  50 
 
 		 135 aa  121  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.468472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1212  30S ribosomal protein S6  47.5 
 
 		 117 aa  120  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134172  normal  0.709191 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1045  30S ribosomal protein S6  48.11 
 
 		 117 aa  117  4.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.146697 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1512  30S ribosomal protein S6  47.83 
 
 		 158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589185  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1622  30S ribosomal protein S6  48.11 
 
 		 117 aa  115  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0541746  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0794  30S ribosomal protein S6  38.81 
 
 		 130 aa  85.9  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00576366  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1818  30S ribosomal protein S6  38.18 
 
 		 124 aa  84.3  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.195181  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  41.58 
 
 		 142 aa  83.6  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5229  30S ribosomal protein S6  39.09 
 
 		 120 aa  83.6  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3037  30S ribosomal protein S6  40.91 
 
 		 121 aa  83.6  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00243043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0774  30S ribosomal protein S6  39.29 
 
 		 130 aa  83.2  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000163074  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0981  ribosomal protein S6  39.09 
 
 		 141 aa  83.6  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1526  30S ribosomal protein S6  36.13 
 
 		 122 aa  82.8  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.153289  normal  0.214349 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2193  30S ribosomal protein S6  37.27 
 
 		 121 aa  82  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0141741  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2569  30S ribosomal protein S6  38.18 
 
 		 125 aa  81.6  0.000000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3216  30S ribosomal protein S6  38.18 
 
 		 125 aa  81.6  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2395  30S ribosomal protein S6  38.94 
 
 		 121 aa  81.3  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1228  30S ribosomal protein S6  37.27 
 
 		 125 aa  80.9  0.000000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0123058 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2038  30S ribosomal protein S6  38.52 
 
 		 136 aa  80.9  0.000000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421442  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3793  ribosomal protein S6  37.5 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00794169  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5716  30S ribosomal protein S6  37.5 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.394601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4444  30S ribosomal protein S6  37.5 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4761  30S ribosomal protein S6  37.5 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4733  30S ribosomal protein S6  37.5 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.387811  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4671  30S ribosomal protein S6  37.5 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.980923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3813  30S ribosomal protein S6  37.5 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0560735 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04067  30S ribosomal protein S6  37.5 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04029  hypothetical protein  37.5 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4787  30S ribosomal protein S6  36.61 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.11072  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0888  SSU ribosomal protein S6P  37.31 
 
 		 135 aa  79.7  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2830  30S ribosomal protein S6  37.27 
 
 		 121 aa  79.3  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4669  30S ribosomal protein S6  36.61 
 
 		 131 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0711098  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3592  30S ribosomal protein S6  37.27 
 
 		 130 aa  79  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3435  30S ribosomal protein S6  37.27 
 
 		 130 aa  79  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0120822  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4751  30S ribosomal protein S6  36.61 
 
 		 131 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.502035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4659  30S ribosomal protein S6  36.61 
 
 		 131 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4809  30S ribosomal protein S6  36.61 
 
 		 131 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.16196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03778  30S ribosomal protein S6  36.75 
 
 		 133 aa  78.6  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0683  30S ribosomal protein S6  35.71 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3639  30S ribosomal protein S6  35.71 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3784  30S ribosomal protein S6  35.71 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0308  30S ribosomal protein S6  31.78 
 
 		 109 aa  78.6  0.00000000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.389439  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2824  30S ribosomal protein S6  38.26 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.254018  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2446  30S ribosomal protein S6  38.26 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0045402 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0371  30S ribosomal protein S6  36.61 
 
 		 131 aa  77.8  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.080214  normal  0.0305615 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0695  30S ribosomal protein S6  31.43 
 
 		 109 aa  77.4  0.00000000000007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.308714  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1476  30S ribosomal protein S6  30 
 
 		 134 aa  77.4  0.00000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100588 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  37.5 
 
 		 122 aa  77  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1786  30S ribosomal protein S6  34.58 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.226907 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1951  30S ribosomal protein S6  37.25 
 
 		 125 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.380092  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2386  30S ribosomal protein S6  34.59 
 
 		 137 aa  76.6  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2456  30S ribosomal protein S6  34.58 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0929827  normal  0.188014 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0911  30S ribosomal protein S6  35.85 
 
 		 124 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0582  30S ribosomal protein S6  37.61 
 
 		 119 aa  77  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.147466  hitchhiker  0.0000000000000103542 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2764  30S ribosomal protein S6  30 
 
 		 134 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07640  30S ribosomal protein S6  39.05 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368868  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2291  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0333903  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0415  30S ribosomal protein S6  37.17 
 
 		 143 aa  75.9  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0111096  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1404  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0497703  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0002  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143432  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2416  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1168  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115875  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2179  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1895  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2252  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0770355  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>