More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2461 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2461  50S ribosomal protein L9  100 
 
 
196 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384902  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3490  50S ribosomal protein L9  87.76 
 
 
195 aa  317  5e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2988  50S ribosomal protein L9  93.68 
 
 
194 aa  315  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2293  50S ribosomal protein L9  81.25 
 
 
198 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.14836  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1694  50S ribosomal protein L9  75.79 
 
 
202 aa  275  3e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0817246  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3812  50S ribosomal protein L9  74.6 
 
 
197 aa  272  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.740565  normal  0.136797 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2415  50S ribosomal protein L9  75.13 
 
 
202 aa  268  5e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.295062  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3121  ribosomal protein L9  60.69 
 
 
193 aa  211  5.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0566  50S ribosomal protein L9  58.64 
 
 
189 aa  200  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1051  50S ribosomal protein L9  53.57 
 
 
192 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.289991 
 
 
-
 
NC_004310  BR0452  50S ribosomal protein L9  58.64 
 
 
189 aa  199  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.206752  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0458  50S ribosomal protein L9  58.64 
 
 
189 aa  197  7.999999999999999e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0738  50S ribosomal protein L9  52.63 
 
 
191 aa  196  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.823068  normal  0.564603 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1194  50S ribosomal protein L9  52.6 
 
 
192 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.762079  normal  0.0731596 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4414  50S ribosomal protein L9  55.08 
 
 
190 aa  195  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.248049 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4307  50S ribosomal protein L9  55.08 
 
 
190 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3939  50S ribosomal protein L9  55.08 
 
 
190 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613806  normal  0.190537 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3363  ribosomal protein L9  56.02 
 
 
201 aa  194  6e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0901  50S ribosomal protein L9  59.39 
 
 
189 aa  193  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0476125 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1516  50S ribosomal protein L9  55.56 
 
 
191 aa  192  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.101233  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1918  50S ribosomal protein L9  53.93 
 
 
196 aa  192  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5418  50S ribosomal protein L9  58.9 
 
 
190 aa  191  5e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0206045  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2306  50S ribosomal protein L9  58.18 
 
 
189 aa  189  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.891012  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0491  ribosomal protein L9  55.92 
 
 
179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0141  50S ribosomal protein L9  56.88 
 
 
189 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1774  50S ribosomal protein L9  56.88 
 
 
189 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1350  50S ribosomal protein L9  55.62 
 
 
189 aa  180  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3040  50S ribosomal protein L9  49.42 
 
 
188 aa  179  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.186174 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0889  50S ribosomal protein L9  56.88 
 
 
194 aa  179  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.301047  normal  0.514488 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2593  50S ribosomal protein L9  58.28 
 
 
189 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0267673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4634  50S ribosomal protein L9  57.67 
 
 
189 aa  175  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.269406  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2188  50S ribosomal protein L9  55 
 
 
209 aa  174  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1510  ribosomal protein L9  55 
 
 
186 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2510  50S ribosomal protein L9  51.88 
 
 
194 aa  170  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.531472  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1620  50S ribosomal protein L9  53.75 
 
 
211 aa  169  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0645747  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0411  50S ribosomal protein L9  56.3 
 
 
195 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.112533  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0083  50S ribosomal protein L9  47.57 
 
 
202 aa  162  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584189  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1210  50S ribosomal protein L9  48.9 
 
 
209 aa  161  6e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0873917  normal  0.750153 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1043  50S ribosomal protein L9  52.5 
 
 
204 aa  161  7e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1414  50S ribosomal protein L9  46.49 
 
 
199 aa  160  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1902  50S ribosomal protein L9  51.55 
 
 
210 aa  150  8e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.171336 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2458  50S ribosomal protein L9P  42.95 
 
 
149 aa  126  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.174518 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5226  ribosomal protein L9  43.45 
 
 
150 aa  121  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3666  50S ribosomal protein L9  45.89 
 
 
149 aa  121  8e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.006093  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1329  50S ribosomal protein L9P  44.14 
 
 
148 aa  121  8e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.556068  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3034  50S ribosomal protein L9  44.83 
 
 
150 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000136909  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4535  50S ribosomal protein L9  43.71 
 
 
153 aa  118  6e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2841  50S ribosomal protein L9  40.82 
 
 
148 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000145753  hitchhiker  0.000000000000102152 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2102  50S ribosomal protein L9P  40.14 
 
 
149 aa  115  6e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00744  50S ribosomal protein L9  40 
 
 
149 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.73532  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3675  50S ribosomal protein L9  40.14 
 
 
147 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0017578  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0760  50S ribosomal protein L9  44.52 
 
 
150 aa  112  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.242158  hitchhiker  0.000000266441 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4209  50S ribosomal protein L9  43.84 
 
 
150 aa  112  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.828057  hitchhiker  0.000279421 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2911  ribosomal protein L9  37.93 
 
 
147 aa  112  4.0000000000000004e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198897  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2610  50S ribosomal protein L9  39.31 
 
 
147 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.196058  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1403  50S ribosomal protein L9  42.18 
 
 
150 aa  112  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.318005  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2249  50S ribosomal protein L9  41.38 
 
 
150 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.128176  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1231  50S ribosomal protein L9  45.59 
 
 
150 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.662893  normal  0.0262623 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2196  50S ribosomal protein L9  42.76 
 
 
150 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0214296  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1310  50S ribosomal protein L9  41.04 
 
 
150 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2566  50S ribosomal protein L9  42.76 
 
 
150 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3213  50S ribosomal protein L9  42.76 
 
 
150 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3281  50S ribosomal protein L9  43.84 
 
 
150 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.134585  hitchhiker  0.000210385 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0668  50S ribosomal protein L9  40.82 
 
 
148 aa  109  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00124479  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4812  50S ribosomal protein L9  42.47 
 
 
149 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0162172  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4754  50S ribosomal protein L9  42.47 
 
 
149 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0190714  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1780  50S ribosomal protein L9  41.5 
 
 
150 aa  109  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.941111 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5171  50S ribosomal protein L9  40.82 
 
 
150 aa  109  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4790  50S ribosomal protein L9  42.47 
 
 
149 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.131212  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1808  50S ribosomal protein L9  41.5 
 
 
150 aa  109  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.432428  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04070  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 
149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3790  ribosomal protein L9  43.15 
 
 
149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00574678  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4736  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 
149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.257928  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3810  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 
149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0581092 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4764  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 
149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4447  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 
149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1894  50S ribosomal protein L9  41.5 
 
 
150 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000492255  hitchhiker  0.000000062237 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6208  50S ribosomal protein L9  41.5 
 
 
150 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4673  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 
149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5718  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 
149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.595872  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1871  50S ribosomal protein L9  41.5 
 
 
150 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.539407  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04032  hypothetical protein  43.15 
 
 
149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002335  LSU ribosomal protein L9p  41.1 
 
 
150 aa  108  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.178305  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4672  50S ribosomal protein L9  42.47 
 
 
149 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00136692  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4662  50S ribosomal protein L9  42.47 
 
 
149 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0630658  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2587  50S ribosomal protein L9  39.71 
 
 
150 aa  108  5e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.800649 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2780  50S ribosomal protein L9  40.58 
 
 
149 aa  108  7.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000928974  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0984  50S ribosomal protein L9  39.71 
 
 
150 aa  108  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3348  50S ribosomal protein L9  44.52 
 
 
150 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000169987  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2827  ribosomal protein L9  42.07 
 
 
150 aa  107  8.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2453  50S ribosomal protein L9  40 
 
 
150 aa  107  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0207068  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1096  50S ribosomal protein L9  36.99 
 
 
160 aa  107  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.547655  normal  0.0167988 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0761  50S ribosomal protein L9  39.19 
 
 
151 aa  107  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000425439  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3185  ribosomal protein L9  39.04 
 
 
148 aa  107  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.564436  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3589  50S ribosomal protein L9  41.61 
 
 
150 aa  106  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.229017  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1410  50S ribosomal protein L9  40.28 
 
 
171 aa  105  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000225617  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2761  50S ribosomal protein L9  38.78 
 
 
147 aa  105  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1529  50S ribosomal protein L9P  42.54 
 
 
150 aa  106  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00288476  normal  0.135454 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3583  50S ribosomal protein L9  45.21 
 
 
150 aa  105  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237319  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0777  50S ribosomal protein L9  41.22 
 
 
149 aa  105  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000131124  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>