More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2419 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_2277  DNA topoisomerase I  45.32 
 
 
854 aa  643    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0137658 
 
 
-
 
NC_002978  WD1133  DNA topoisomerase I  48.14 
 
 
816 aa  782    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3535  DNA topoisomerase I  91.61 
 
 
911 aa  1561    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0729  DNA topoisomerase I  55.46 
 
 
891 aa  928    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.074453  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  61.78 
 
 
894 aa  1072    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0604  DNA topoisomerase I  62.37 
 
 
877 aa  1091    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0191  DNA topoisomerase I  45.86 
 
 
823 aa  647    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1295  DNA topoisomerase I  60.5 
 
 
884 aa  1045    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722616  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3847  DNA topoisomerase I  68.16 
 
 
977 aa  1167    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0674028 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4733  DNA topoisomerase I  87.05 
 
 
916 aa  1455    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.767724  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  57.31 
 
 
884 aa  925    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0323  DNA topoisomerase I  46.73 
 
 
820 aa  773    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0218677  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  48.22 
 
 
857 aa  744    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1712  DNA topoisomerase I  83.19 
 
 
911 aa  1535    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583112  normal  0.397735 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1756  DNA topoisomerase I  61.32 
 
 
904 aa  1064    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2178  DNA topoisomerase I  57.43 
 
 
884 aa  926    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1387  DNA topoisomerase I  60.9 
 
 
884 aa  1052    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903307  normal  0.17492 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3308  DNA topoisomerase I  65.6 
 
 
910 aa  1174    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.603325 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4350  DNA topoisomerase I  66.51 
 
 
913 aa  1157    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.350571  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3671  DNA topoisomerase I  62.02 
 
 
885 aa  1084    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3202  DNA topoisomerase I  56.53 
 
 
915 aa  964    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  49.57 
 
 
851 aa  649    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2419  DNA topoisomerase I  100 
 
 
911 aa  1853    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0527527  normal  0.116125 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1803  DNA topoisomerase I  57.43 
 
 
859 aa  916    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.120095  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0750  DNA topoisomerase I  47.38 
 
 
820 aa  794    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3160  DNA topoisomerase I  52.31 
 
 
907 aa  871    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.973259  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0932  DNA topoisomerase I  59.55 
 
 
914 aa  1053    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231933  normal  0.891499 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2239  DNA topoisomerase I  89.69 
 
 
922 aa  1512    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0515029  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  47.91 
 
 
845 aa  728    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3033  DNA topoisomerase I  94.53 
 
 
914 aa  1645    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298843  normal  0.412116 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2437  DNA topoisomerase I  87.62 
 
 
936 aa  1513    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0547767  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_41359  predicted protein  47.49 
 
 
840 aa  674    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0907147 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0569  DNA topoisomerase I  62.14 
 
 
877 aa  1084    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2339  DNA topoisomerase I  54.03 
 
 
893 aa  905    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.786994  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1211  DNA topoisomerase I  59.5 
 
 
849 aa  961    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3417  DNA topoisomerase I  67.14 
 
 
961 aa  1141    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0414891  normal  0.668216 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1354  DNA topoisomerase I  63.67 
 
 
849 aa  1107    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.75959  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1005  DNA topoisomerase I  67.33 
 
 
894 aa  1156    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.387965  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1505  DNA topoisomerase I  61.69 
 
 
896 aa  1018    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.143439 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  57.62 
 
 
880 aa  934    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1282  DNA topoisomerase I  60.31 
 
 
867 aa  1018    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.390974  normal  0.233625 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3631  DNA topoisomerase I  65.6 
 
 
910 aa  1172    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.391987 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3914  DNA topoisomerase I  70.23 
 
 
901 aa  1223    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445243  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0843  DNA topoisomerase I  57.78 
 
 
869 aa  1041    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.077347  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1137  DNA topoisomerase I  52.7 
 
 
900 aa  887    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  47.27 
 
 
783 aa  641    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3826  DNA topoisomerase I  57.72 
 
 
852 aa  903    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.801079  normal  0.0383535 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1645  DNA topoisomerase I  55.57 
 
 
924 aa  910    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.247282 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0659  DNA topoisomerase I  57.49 
 
 
851 aa  926    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579537  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3309  DNA topoisomerase I  67.92 
 
 
888 aa  1182    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3508  DNA topoisomerase I  65.06 
 
 
909 aa  1176    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.989959 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  49.57 
 
 
851 aa  649    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  49.21 
 
 
841 aa  633  1e-180  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0594  DNA topoisomerase I  39.21 
 
 
827 aa  627  1e-178  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  49.26 
 
 
759 aa  622  1e-177  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  46.93 
 
 
768 aa  621  1e-176  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  49.26 
 
 
759 aa  622  1e-176  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  49.5 
 
 
758 aa  620  1e-176  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2632  DNA topoisomerase I  44.93 
 
 
797 aa  620  1e-176  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.080388  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  47.85 
 
 
756 aa  617  1e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3591  DNA topoisomerase I  46.11 
 
 
824 aa  611  1e-173  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.405231  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  48.67 
 
 
758 aa  608  9.999999999999999e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04049  DNA topoisomerase I  44.75 
 
 
830 aa  606  9.999999999999999e-173  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  47.41 
 
 
776 aa  606  9.999999999999999e-173  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000697651  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  46.6 
 
 
779 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  49.11 
 
 
757 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3010  DNA topoisomerase I  43.85 
 
 
783 aa  601  1e-170  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.846821  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  46.32 
 
 
779 aa  602  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  45.49 
 
 
765 aa  596  1e-169  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2090  DNA topoisomerase I  44.09 
 
 
834 aa  595  1e-168  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475207  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1869  DNA topoisomerase I  43.91 
 
 
815 aa  591  1e-167  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  45.35 
 
 
765 aa  592  1e-167  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000043689  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2326  DNA topoisomerase I  44.86 
 
 
799 aa  588  1e-166  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.240337  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1934  DNA topoisomerase I  43.71 
 
 
815 aa  586  1e-166  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2200  DNA topoisomerase I  40.11 
 
 
895 aa  578  1.0000000000000001e-163  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.170187  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3437  DNA topoisomerase I  41.03 
 
 
872 aa  573  1.0000000000000001e-162  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.500167 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  47.28 
 
 
836 aa  571  1e-161  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  46.82 
 
 
789 aa  567  1e-160  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26120  DNA topoisomerase I  41.21 
 
 
904 aa  567  1e-160  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650116  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0657  DNA topoisomerase I  39.5 
 
 
913 aa  561  1e-158  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  44.44 
 
 
793 aa  555  1e-156  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4545  DNA topoisomerase I  41.46 
 
 
926 aa  555  1e-156  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0027  DNA topoisomerase I  39.21 
 
 
874 aa  553  1e-156  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3274  DNA topoisomerase I  39.32 
 
 
910 aa  555  1e-156  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.384669 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35810  DNA topoisomerase I  40.13 
 
 
921 aa  552  1e-155  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.203227 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4953  DNA topoisomerase I  41.2 
 
 
946 aa  549  1e-155  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.47647  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0873  DNA topoisomerase I  39.86 
 
 
877 aa  548  1e-154  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.143011 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0846  DNA topoisomerase I  39.86 
 
 
877 aa  548  1e-154  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2197  DNA topoisomerase I  39.46 
 
 
923 aa  545  1e-153  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.777958  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32680  DNA topoisomerase I  39.48 
 
 
962 aa  545  1e-153  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  44.43 
 
 
780 aa  543  1e-153  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000873362  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8444  DNA topoisomerase I  39.85 
 
 
944 aa  544  1e-153  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0264145 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  46.4 
 
 
711 aa  545  1e-153  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0605  DNA topoisomerase I  39.96 
 
 
954 aa  540  9.999999999999999e-153  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3149  DNA topoisomerase I  38.83 
 
 
912 aa  540  9.999999999999999e-153  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0497  DNA topoisomerase I  40.45 
 
 
919 aa  542  9.999999999999999e-153  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.324618  normal  0.923376 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1416  DNA topoisomerase I  40.32 
 
 
883 aa  540  9.999999999999999e-153  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1026  DNA topoisomerase I  46.65 
 
 
697 aa  540  9.999999999999999e-153  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00786254  unclonable  0.0000000108626 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4305  DNA topoisomerase I  39.98 
 
 
1049 aa  539  9.999999999999999e-153  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3355  DNA topoisomerase I  38.44 
 
 
911 aa  537  1e-151  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>